protocole d'échantillonnage

Échantillonnage du sol pour l'analyse moléculaire des séquences d'ADN des AMF et EMF, modifié à partir du protocole Silva Nova/SoilBon.

sur le terrain : équipement nécessaire
  1. Dispositif GPS
  2. Carnet de notes avec stylos
  3. Ruban de transect
  4. Sacs en plastique Mini-grip ou ZipLock (grand et petit format ; gallon et quart)
  5. Carottier en métal ou en PVC de 5 cm de diamètre x 10 cm de longueur (ou similaire)
  6. Maillet en caoutchouc ou marteau
  7. Gants en plastique ou en nylon
  8. Marqueur permanent
  9. Tubes ou sacs en plastique (50ml)
  10. Gel de silice
  11. Appareil photo
procédure
  1. Naviguez jusqu'à l'échantillonnage et placez deux transects à angle droit pour délimiter une zone d'échantillonnage de 900 m2 (30 m x 30 m). 9 sous-échantillons (5 cm de diamètre à 10 cm de profondeur) seront prélevés. Voir la figure ci-dessous pour l'échantillonnage global. Au total, vous aurez 9 échantillons de la même parcelle dans le sac en plastique. La grille peut être redimensionnée pour les études portant sur l'échantillonnage de sites plus petits qui ne peuvent pas entrer dans une grille de 30 m x 30 m, bien que la taille préférée soit de 30 m x 30 m.
  2. Remplissez la fiche de métadonnées.
    A. Notez le pays d'échantillonnage, le nom du chef d'expédition et les collaborateurs de l'échantillonnage.
    B. Classez l'utilisation du sol du site (par exemple, petite ferme, non agricole, urbain, brûlé).
    C. Enregistrez les coordonnées GPS (WGS1984) à l'aide d'un appareil GPS et idéalement en format décimal (par ex. -39.5818,-71.51917).
    D. Estimez grossièrement le nombre d'espèces végétales présentes et le % de couverture d'arbres par rapport à l'herbe/aux plantes plus petites. Il est important de documenter les plantes ectomycorhiziennes et les plantes mycorhiziennes éricoïdes (Ericaceae). Si les noms des plantes sont connus, notez-les.
    E : Notes finales : notez tout ce qui n'est pas mentionné ci-dessus.
  3. Mettez des gants. Retirer la couche de litière (matériau meuble) du point central.
  4. Au premier point central, enregistrez l'altitude et les coordonnées GPS à l'aide d'un appareil GPS.
  5. Prélevez le premier échantillon à partir de ce point central (5 cm de diamètre à 10 cm de profondeur) dans le grand sac en plastique. Enlever à la main les grosses racines et les cailloux s'ils sont présents. Inscrivez au marqueur sur chaque sac le nom du lieu d'échantillonnage, les coordonnées GPS, la date et le nom du collecteur. Prendre une photo du sac.
  6. Dans chaque direction cardinale à partir du point central, mesurez 15 m et prélevez 4 autres échantillons après avoir enlevé la litière. À partir des coins projetés des quatre échantillons, prélever les quatre autres échantillons après avoir enlevé la litière.
  7. Frotter l'extérieur du sac avec les mains, mélanger les échantillons soigneusement mais délicatement afin que le sol devienne un mélange homogène. Le mélange doit durer au moins 2 minutes pour assurer une homogénéisation suffisante.
  8. Prélevez un sous-échantillon de 10 à 20 grammes dans le petit sac ou le tube en plastique et conservez-le (par exemple, mettez-le dans un sac à dos). Ajoutez un sachet de thé propre contenant 10 à 20 grammes de gel de silice au sachet de terre. Si possible, conservez le sac au réfrigérateur avec de la glace ou des sachets froids jusqu'à ce que vous puissiez le sécher à l'air libre. Ne pas congeler explicitement car nous voulons éviter l'impact de la congélation et de la décongélation à plusieurs reprises.
  9. Naviguez jusqu'au site d'échantillonnage suivant et répétez les étapes 1 et 2. Au nouveau site, vérifiez que vous êtes à au moins 1 km du site d'échantillonnage précédent, vous pouvez le vérifier à l'aide de votre GPS.
  10. Effectuer un lavage du sol en prélevant une carotte de sol dans la zone d'échantillonnage et l'éliminer sur le sol.
  11. Répéter l'opération jusqu'à ce que tous les sites aient été collectés.
  12. Envoyer les échantillons à -80°C dès que tous les échantillons ont été collectés sur l'ensemble des sites.