Sulawesi est une île située entre deux fosses océaniques qui séparent les plateaux continentaux asiatique et australien. En raison de son isolement géographique et de sa géologie extraordinaire, Sulawesi a développé une flore et une faune très particulières, devenant un point chaud d'espèces endémiques (Whitten et al., 2002, Middleton et al 2019, Butarbutar et al., 2022). Deux écorégions distinctes peuvent être trouvées à Sulawesi : la forêt pluviale de plaine (LRF) et la forêt pluviale de montagne. Pour notre campagne d'échantillonnage, nous avons identifié un site pour sa concentration unique d'espèces endémiques et menacées : Le parc national de Rawa Aopa Watumohai (dans la LRF, au sud-est de Sulawesi). Le parc présente des forêts de mangroves, des forêts côtières, des savanes et des forêts marécageuses d'eau douce, qui sont notre principal objectif pour cette recherche. Nous collecterons des échantillons de sol, de végétation et de champignons. L'ADN sera extrait des échantillons de sol et les régions ITS, SSU et ARNr 16S seront amplifiées et séquencées avec le MinION d'Oxford Nanopore Technology (ONT). Nous pensons que la diversité remarquable de la flore et de la faune se reflète dans la communauté microbienne souterraine des forêts marécageuses de Sulawesi et que des taxons non découverts peuvent être trouvés dans les sites forestiers vierges. Des étudiants et des chercheurs de l'université de Tadulako, de l'université IPB et de la Fondation indonésienne pour les plantes indigènes collaboreront à ce projet.

Le bassin amazonien s'étend des Andes à l'océan Atlantique. Il s'agit de l'un des biomes les plus diversifiés au monde, qui englobe une série d'écosystèmes et de types de végétation. Le littoral amazonien est influencé par le fleuve Amazone et son bassin hydrographique. Il abrite environ 85 % des mangroves et 35 % des plaines côtières sablonneuses ("restingas") du Brésil. Les mangroves et les restingas prospèrent en dépit de plusieurs facteurs environnementaux limitants et fournissent de nombreux services écosystémiques, notamment en matière de loisirs et de tourisme, de protection des sols, de piégeage du carbone et de cycle des nutriments. Elles abritent également des communautés indigènes qui ont un lien profond avec elles. Comme ces écosystèmes côtiers se développent dans des conditions environnementales uniques, ils sont extrêmement fragiles et sensibles aux perturbations humaines. L'objectif de ce projet est d'identifier la diversité moléculaire de la communauté fongique et son rôle fonctionnel potentiel dans les mangroves et les restingas du nord-est de l'Amazonie. Nous visons également à identifier des espèces indicatrices ou des groupes fonctionnels associés à leurs conditions pédologiques spécifiques, afin de soutenir les projets de conservation et de réhabilitation. L'analyse de la diversité fongique nous permettra de comprendre les aspects qui contribuent au maintien, à la tolérance et même à la résilience des mangroves et des restingas face aux changements environnementaux émergents.

Cette recherche vise à remédier à la faible prise en compte des champignons dans les priorités de recherche et de conservation du Népal, en particulier dans le contexte plus large de la région himalayenne de l'Hindu-Kush. Elle vise à étudier la diversité et la composition des champignons mycorhiziens dans les forêts de conifères subalpines de l'Himalaya oriental du parc national de Sagarmatha, connu comme le royaume du mont Everest (8848 m). En examinant trois niveaux d'altitude (3000 m, 3400 m et 3800 m) et deux types d'utilisation des sols (forêts naturelles et prairies), l'étude cherche à comprendre comment les communautés mycorhiziennes varient en fonction de l'altitude et des modes d'utilisation des sols. Pour ce faire, le projet respectera les directives SPUN en matière de collecte d'échantillons et utilisera des techniques moléculaires avancées, telles que le métabarcodage de la région de l'ADNr. 

Un aspect important de cette étude est l'accent mis sur l'implication de la communauté dans le processus de recherche. Les résultats de la recherche seront diffusés par le biais de publications scientifiques évaluées par les pairs et de moyens de sensibilisation. En outre, le projet vise à contribuer au matériel pédagogique, notamment à la mise à jour des brochures du parc national de Sagarmatha et de la liste de contrôle nationale des champignons du Népal. En outre, en améliorant notre compréhension de la diversité mycorhizienne, cette recherche vise à souligner le rôle vital que jouent ces champignons dans l'écosystème himalayen et à plaider en faveur de leur préservation par le biais d'actions de conservation.

L'augmentation des températures dans la toundra entraîne une recrudescence des incendies de forêt, ce qui affecte profondément les communautés fongiques. Des recherches récentes mettent en évidence l'influence significative des champignons sur le bilan carbone des écosystèmes nordiques. Les champignons influencent la production primaire par l'acquisition de nutriments par les plantes, la formation de matière organique dans le sol et les pertes de carbone par l'amorçage. Il est essentiel de comprendre les changements de la diversité fongique après les incendies pour prévoir les conséquences des incendies et les rétroactions climatiques. Le delta du Yukon-Kuskokwim en Alaska reste relativement peu étudié. En analysant la diversité fongique dans des sites non brûlés, récemment brûlés et historiquement brûlés, nous pouvons évaluer les effets du feu sur les communautés fongiques. Les premiers résultats suggèrent que l'abondance des arbustes augmente au cours de la première décennie suivant le feu, ce qui pourrait favoriser les champignons ectomycorhiziens et mycorhiziens éricoïdes, car les plantes hôtes réagissent positivement aux brûlages de faible intensité qui ont un fort impact sur l'accumulation de carbone dans le sol et sur les taux de recyclage. S'appuyant sur une étude en cours des impacts des feux de forêt sur les composantes du bilan carbone des écosystèmes, y compris les flux de gaz à effet de serre et le carbone stocké dans la biomasse végétale et les sols, cette étude révèlera les identités taxonomiques des champignons qui peuvent être d'importants régulateurs de la dynamique de ces écosystèmes. Notre étude fournira de nouvelles informations sur les liens entre les identités fongiques et le traitement biogéochimique dans une région de toundra critique mais peu étudiée, et soutiendra les opportunités de formation pour les étudiants de premier cycle.

Le Matorral chilien présente un degré élevé d'endémisme végétal et une grande vulnérabilité due aux pressions anthropiques, principalement les incendies anthropiques, ce qui explique qu'il soit actuellement reconnu comme un point chaud de la biodiversité. Il est prouvé que les incendies peuvent réduire la richesse et l'abondance des micro-organismes dans le sol, y compris les champignons mycorhiziens, modifiant ainsi leur diversité. D'autre part, il est prouvé qu'après un incendie, il est possible de trouver des arbres qui survivent et sont capables de repousser, de sorte qu'ils fonctionnent comme des plantes nourricières et peuvent à leur tour être une source de champignons mycorhiziens pour une récupération potentielle du système affecté. Cela dit, dans cette étude, nous cherchons à tester l'effet du feu et des plantes nourricières sur la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules dans la forêt sclérophylle. Cette forêt est la formation végétale la plus représentative du Matorral chilien et les espèces végétales dominantes qui y sont présentes forment des mycorhizes à arbuscules. On s'attend à ce que la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules soit plus faible dans les sites touchés par les incendies et dépourvus de plantes nourricières que dans les sites non touchés par les incendies et pourvus de plantes nourricières en repousse. Ce projet comprend un travail avec les communautés locales afin de transférer les connaissances entre tous les participants.

Chez les espèces végétales terrestres, les relations symbiotiques entre les champignons et les racines sont courantes. Divers types de mycorhizes prévalent dans des biomes distincts, la colonisation des mycorhizes à arbuscules dépendant de contraintes évolutives et écologiques. Le Pérou s'enorgueillit d'une flore et d'une faune endémiques, nichées dans le point chaud de biodiversité mondialement reconnu des "Andes tropicales". Dans les Andes péruviennes se trouvent les prairies de la Puna et les forêts montagnardes, constituant l'écotone Puna-timberline, qui servent d'habitats à des espèces végétales et animales endémiques et abritent une biodiversité souterraine cachée. Notre projet SPUN vise à mettre en évidence ces régions en tant que points chauds potentiels de la biodiversité pour les champignons mycorhiziens, tout en reconnaissant qu'il s'agit de l'un des territoires les plus inexplorés pour la recherche sur les champignons du sol. Nous prévoyons d'observer des communautés fongiques distinctes, en particulier ectomycorhiziennes, avec un schéma de renouvellement de la diversité marqué dans les trois écosystèmes : forêts, écotones et prairies.

Cette étude se concentre sur les champignons mycorhiziens à arbuscules (AM) associés à ce qui est considéré par beaucoup comme l'écosystème tropical le plus menacé : les forêts arides hawaïennes indigènes. Ces forêts ont subi les effets négatifs de la conversion des terres, des espèces invasives et du changement climatique, notamment la sécheresse et l'augmentation de la fréquence des incendies. Ces impacts ont réduit l'étendue actuelle des forêts sèches indigènes à 5-10 % de leur aire de répartition historique. Hawaï est tristement célèbre pour être la capitale mondiale des espèces menacées. Plus de 25 % des espèces menacées d'Hawaï se trouvent dans ces forêts, mais seulement 3 % des forêts restantes sont considérées comme saines. Les forêts sèches revêtent également une grande importance culturelle pour les autochtones hawaïens. Des efforts de restauration actifs sont en cours pour préserver et restaurer ces écosystèmes, mais à ce jour, il n'y a pas eu d'évaluation des communautés fongiques mycorhiziennes associées aux plantes hôtes indigènes des forêts sèches, y compris de nombreuses espèces menacées et endémiques, dont la majorité devrait s'associer à des champignons MA. Les objectifs de ce projet sont les suivants 1) cataloguer la diversité des champignons MA trouvés à travers l'archipel hawaïen dans les dernières forêts sèches indigènes et 2) cultiver et préserver les champignons MA pour les essais d'inoculation de la végétation indigène et les projets de restauration.

Notre projet vise à échantillonner la diversité fongique et mycorhizienne dans les contreforts des Andes en Argentine, où l'on trouve une végétation sèche et arbustive - le Monte. Avec notre équipe, composée d'écologistes du paysage, d'experts en mycorhizes et d'étudiants, nous ciblerons des parcelles de Monte de Mendoza au nord de l'Argentine. Il est intéressant de noter que ces parcelles entourent les régions viticoles de l'Argentine et commencent à être considérées comme une niche majeure pour la biodiversité au niveau du paysage, devenant ainsi un pilier de l'agriculture durable. Le Monte est également un habitat où l'on trouve de nombreuses plantes médicinales et où les communautés locales prennent déjà soin des plantes et des sols. Nous discuterons de l'échantillonnage et des résultats avec les communautés locales et les viticulteurs afin de renforcer la conservation des sols, dans le Monte et dans leur paysage, et d'en savoir plus sur la grande diversité des AMF déjà observée dans nos résultats préliminaires. Nous nous attendons à trouver une plus grande diversité plus près des Andes, où les paysages sont plus continus. Nous espérons également en apprendre davantage sur la relation traditionnelle avec la conservation des sols dans les Andes et son impact potentiel sur la diversité fongique. Ce projet ajoutera des données cruciales aux cartes de la diversité fongique en Argentine, en ciblant les habitats les plus secs où les champignons souterrains n'ont jusqu'à présent jamais été explorés.

Il est essentiel de savoir comment le climat détermine la composition des champignons mycorhiziens à arbuscules dans les montagnes où le changement d'altitude correspond à des changements abiotiques importants sur des échelles spatiales relativement petites. Entre les basses et les hautes altitudes, les conditions deviennent plus fraîches et plus sèches (la température moyenne et les précipitations diminuent), ce qui peut influencer la distribution des champignons mycorhiziens dans le sol et la manière dont ils s'associent avec les plantes hôtes. Pour mieux comprendre le rôle écologique des AMF dans différents contextes abiotiques, nous devons également comprendre comment les AMF s'associent aux plantes hôtes à travers les gradients abiotiques. Cette étude permettra de découvrir les moteurs de la diversité et de la composition des AMF à travers un gradient d'altitude dans les Ghats occidentaux du Sud, qui font partie d'un point chaud de la biodiversité mondiale avec une grande diversité et un endémisme élevé des espèces de plantes. Nous documenterons les AMF dans le sol et enregistrerons les AMF associés aux racines pour six espèces d'arbres, deux avec une large gamme d'altitude et deux restreintes à des altitudes plus élevées et plus basses. Ces données constitueront la première documentation sur la diversité mycorhizienne dans cette région et ouvriront la voie à des évaluations approfondies de la manière dont les interactions plantes-fongus réagiront aux changements environnementaux mondiaux.

Malgré un vaste échantillonnage de l'ECM et de l'AMF à travers l'Amérique du Nord, il subsiste des écorégions non échantillonnées, en particulier les régions côtières le long des océans Atlantique, Pacifique et Arctique. Les îles-barrières, qui abritent des communautés végétales de dunes côtières, constituent l'une des formes de relief uniques qui composent ces écorégions côtières sous-échantillonnées, en particulier dans l'est des États-Unis. Bien que de nombreuses îles-barrières américaines contiennent des terres publiques protégées par le gouvernement fédéral, ces îles ont subi une érosion côtière importante en raison de l'élévation du niveau de la mer et des ondes de tempête. Les communautés végétales et mycorhiziennes qu'elles abritent sont donc très vulnérables. Outre les facteurs abiotiques qui menacent ces communautés mycorhiziennes, les champignons chytrides peuvent également constituer une menace réelle pour les réseaux mycorhiziens, en particulier dans les communautés végétales mal drainées communes dans l'écorégion de la plaine côtière du centre du littoral atlantique. Notre projet vise à découvrir la diversité des communautés de champignons microscopiques dans les îles-barrières de l'est des États-Unis et les communautés de chytrides qui leur sont associées, afin de mieux comprendre les menaces contemporaines auxquelles les communautés mycorhiziennes sont confrontées dans un monde plus humide et plus chaud.

Les prairies de la Pampa couvraient à l'origine près de 400 000 kilomètres carrés de plaines fertiles en Argentine. Aujourd'hui, elles sont fortement réduites et menacées par l'agriculture, la fragmentation et les plantes envahissantes. Il est essentiel de comprendre l'impact des activités actuelles sur le biote du sol pour repenser la gestion de ces prairies. Notre objectif est de caractériser les communautés d'AMF sur un gradient d'intensification de l'agriculture, allant des prairies pampéennes indigènes utilisées pour l'élevage extensif aux champs de soja hautement intensifiés. Les résultats du projet aideront à concevoir des paysages multifonctionnels qui équilibrent l'agriculture, la conservation et les services écosystémiques afin d'améliorer la production agricole et animale tout en favorisant la biodiversité.

En Argentine, l'Espinal se caractérise par la présence de forêts xérophiles à feuilles caduques dont la hauteur dépasse rarement 10 mètres. Dans cette écorégion, le district de Caldén est constitué d'une forêt ouverte où l'espèce dominante est le Neltuma caldenia (Burkart) C.E. Hughes & G.P. Lewis (caldén). Plus de 90 espèces de plantes endémiques et 50 espèces de plantes médicinales font partie de cet écosystème unique au monde. Au cours des 150 dernières années, la couverture arbustive a augmenté dans différentes zones. Le pâturage bovin extensif à forte pression, les incendies de forêt, l'abattage des arbres et le changement climatique sont associés à la perte de la couverture végétale, à l'érosion des sols et aux processus d'aridification. Différentes pratiques de gestion sont mises en œuvre dans la région de La Pampa afin de restaurer les forêts de caldén, de rétablir leur biodiversité et leur potentiel en tant que fournisseurs de services écosystémiques.

L'étude de la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules contribuera à la compréhension du rôle écologique de ces micro-organismes dans la restauration des zones dégradées. En outre, elle permettra d'établir des relations entre les champignons et les espèces végétales caldénales, améliorant ainsi l'intégration des plantes mycotrophes et contribuant au développement et à la survie des espèces végétales dans ces environnements semi-arides.

L'île de Santa Catarina, dans le sud du Brésil, est recouverte d'une forêt atlantique et possède des mangroves et des restinga qui agissent comme des tampons entre l'océan et la forêt tropicale. Les objectifs de ce projet sont de comprendre combien de taxons de champignons mycorhiziens sont partagés entre les restinga et la forêt et d'étudier la présence de mycorhizes dans les mangroves. Plusieurs espèces ligneuses poussent dans les conditions difficiles de la restinga, et quelques-unes d'entre elles poussent également dans la forêt adjacente. Ces plantes ont souvent des habitudes différentes, comme des arbustes dans le restinga et de grands arbres dans la forêt. Les mangroves ont leur propre flore distincte avec des espèces qui sont principalement limitées à cet environnement. Nous proposons deux hypothèses : 1) la communauté de champignons ectomycorhiziens dans le sol des restinga est similaire à celle de la forêt ; et 2) la diversité des champignons ectomycorhiziens dans les mangroves est faible. Les mangroves et les restinga sont menacés par le changement climatique et le développement immobilier. La propagation d'espèces exotiques de Pinus et d'Eucalyptus introduites sur l'île constitue un autre problème. On ne sait pas comment les communautés fongiques locales sont affectées par les champignons exotiques qui ont été introduits avec ces plantes. Connaître les communautés fongiques du sol nous permettra de mieux comprendre les effets des espèces envahissantes sur les plantes indigènes et de sélectionner des taxons indigènes potentiels à utiliser dans les projets de restauration.

Nous encouragerons les événements ouverts au public afin que les communautés locales et les étudiants puissent y participer. Par exemple, le Rick Foray et l'EctoSul comprendront des expéditions sur le terrain et des conférences qui souligneront l'importance des champignons dans le sol. Nous apprendrons également aux participants à rechercher des champignons ectomycorhiziens, à reconnaître et à collecter des ectomycorhizes sur le terrain, et nous leur montrerons des bouts de racines contenant des mycorhizes à l'aide de microscopes à dissection.

Les Ghats occidentaux de l'Inde sont d'une importance mondiale considérable pour la protection de la biodiversité et constituent des zones d'une grande valeur géologique, culturelle et esthétique. Il s'agit d'une chaîne de montagnes parallèle à la côte occidentale de l'Inde, qui s'étend sur environ 1 600 kilomètres, du Gujarat au nord jusqu'au Tamil Nadu et au Kerala au sud. Le système montagneux des Ghats occidentaux, plus ancien que l'Himalaya, présente des caractéristiques géomorphologiques d'une importance considérable et des processus biophysiques et biologiques distincts. Les écosystèmes forestiers de haute montagne du site ont un impact sur le régime climatique de la mousson indienne. Le site, qui tempère le climat tropical de la région, est l'un des exemples les plus remarquables du système de mousson mondial. Il présente également un niveau élevé de diversité biologique et d'endémisme et est considéré comme l'un des huit "points chauds" de la diversité biologique dans le monde. Les forêts du site contiennent certains des meilleurs exemples de forêts tropicales sempervirentes non équatoriales et au moins 325 espèces de flore, de faune, d'oiseaux, d'amphibiens, de reptiles et de poissons menacés au niveau mondial. Les approches de métabarcodage permettront une évaluation complète des communautés fongiques du sol dans les Ghats occidentaux, en Inde, ce qui permettra de démêler les assemblages fongiques complexes et diversifiés de cette région. Les résultats démontreront des associations significatives entre la diversité fongique du sol et les variables environnementales, soulignant l'impact de facteurs tels que l'altitude, les pratiques d'utilisation des terres et les caractéristiques du sol sur la composition de la communauté fongique. Cette recherche contribuera aux implications en matière de conservation et aux orientations futures pour la protection de la diversité fongique unique des Ghâts occidentaux, en aidant au développement de stratégies de conservation efficaces pour cette région sous-explorée.

Mon projet de recherche porte sur la présence et la variabilité des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) dans les prairies arides de Masai, situées dans les basses terres du lac Turkana, au Kenya. La région comprend une zone écologique distincte caractérisée par de vastes étendues de terrain herbeux ouvert et une couverture arborée minimale. Les températures moyennes dans la région peuvent dépasser les 30°C (86°F) pendant les mois les plus chauds, avec des pointes occasionnelles encore plus élevées. Dans cet environnement aride, les précipitations sont rares, souvent inférieures à 300 mm, ce qui limite la végétation et les ressources en eau. Les prairies sont peuplées d'une série d'espèces végétales robustes adaptées aux conditions arides, et elles constituent des pâturages vitaux pour la faune indigène, y compris les herbivores et les espèces migratrices. Le climat et la topographie uniques de la région créent un environnement où les champignons mycorhiziens pourraient jouer un rôle crucial dans la santé et la productivité des plantes, ce qui en fait un centre d'intérêt intéressant pour la recherche écologique.

Cette étude vise à évaluer quantitativement les espèces d'AMF, à comparer la composition de leurs communautés dans divers sites géographiques et habitats, à évaluer leur impact sur la productivité des plantes et à identifier les facteurs clés qui influencent la distribution des communautés d'AMF. En combinant l'échantillonnage du sol, l'extraction de l'ADN, la PCR, le séquençage, l'analyse statistique et la cartographie.

Ce projet se concentre sur la Colombie, qui est le deuxième pays le plus riche en biodiversité au monde, mais qui reste moins exploré en termes de communautés souterraines. La grande biodiversité de la Colombie peut être attribuée à sa situation géographique et à sa topographie uniques. Cette expédition SPUN explore différentes écorégions en collectant des échantillons de sol sur deux transects d'échantillonnage, allant des hautes terres (landes, 3 000 m d'altitude) jusqu'au niveau de la mer, en passant par les moyennes altitudes et les basses terres. Cette expédition englobera plusieurs écorégions : Páramo, forêts de montagne (bosque andino), llanos (savanes tropicales) et côte caraïbe.

Les deux transects distincts couvrent des conditions environnementales et des types de végétation variés qui, avec l'aide de différentes communautés locales, nous permettront de découvrir la biodiversité fongique en Colombie. L'expédition est confrontée à des défis en raison de la topographie difficile, des itinéraires limités et des autorisations nécessaires pour accéder à certains endroits. Cependant, en surmontant ces obstacles, nous pourrions découvrir de nouvelles espèces mycorhiziennes et améliorer notre compréhension de l'écologie et des interactions entre les plantes et les mycorhiziens.

D'une manière générale, l'exploration de ces écorégions permettra d'obtenir une représentation plus précise et plus réaliste des ressources souterraines dans le monde. De même, au niveau local, l'expédition permettra aux communautés locales, aux parties prenantes et aux autorités de comprendre l'importance de leurs ressources naturelles et de lancer des initiatives de conservation, de surveillance et de restauration.

Nous cherchons à comprendre le rôle que jouent les champignons du sol et les associations plante-mycorhize dans la stabilisation de la limite des arbres dans la Cordillère des Andes orientale colombienne. La capacité des arbres des forêts andines à "migrer" et à trouver des températures adéquates dans un monde qui se réchauffe peut être limitée par l'absence de micro-organismes du sol appropriés et d'associations plante-mycorhize très spécifiques à des altitudes plus élevées. Pour comprendre le rôle que chacun de ces deux facteurs joue dans la détermination et la stabilisation de la limite des arbres, nous visiterons 10 sites autour de la ville de Bogota et, dans chacun d'eux, nous collecterons des échantillons de sol et de racines le long de 3 transects couvrant un gradient altitudinal allant de la forêt des hautes Andes (~3 000 m) à l'écorégion du Páramo (~3 400 m). Les écorégions de la haute forêt andine et du Páramo sont des points chauds de biodiversité gravement menacés par le changement climatique et les pressions exercées par de multiples activités humaines telles que l'agriculture, l'élevage et le développement urbain. Ces écosystèmes montagnards tropicaux sont également très importants en tant que stocks de carbone aériens et souterrains et peuvent servir de futurs "refuges de carbone" s'ils sont correctement préservés (Duque et al. 2021). Grâce au soutien de SPUN, nous découvrirons si l'absence des bons micro-organismes dans le sol met en péril les quelques vestiges de la forêt des hautes Andes en Colombie.

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) jouent un rôle essentiel dans la restauration et la durabilité des écosystèmes. Ces champignons forment des relations symbiotiques avec les plantes afin d'améliorer leur croissance, de les protéger contre les pathogènes racinaires et le stress environnemental, et de promouvoir la stabilité de l'écosystème. Par conséquent, la compréhension de la diversité des AMF sera très importante pour les pratiques de gestion et de conservation de l'utilisation des terres, en particulier dans les régions semi-arides. Ce projet se concentrera sur la détermination de la diversité des champignons AMF dans la région semi-aride de Dodoma, en Tanzanie, en comparant trois sites : une réserve forestière naturelle, une plantation d'arbres et une prairie de pâturage. Les AMF seront identifiés sur 30 échantillons à l'aide de la région ITS de l'ADN et d'une technique de séquençage à haut débit utilisant la plateforme Illumina. Les données obtenues dans le cadre de cette étude permettront non seulement de comprendre comment les différentes utilisations des sols influencent la diversité des AMF, mais aussi de contribuer à la conservation et à la gestion de ces écosystèmes et, en fin de compte, de favoriser la résilience écologique.

La région biogéographique du Chocó, en Colombie, est considérée comme l'un des points chauds de la biodiversité mondiale. Elle est fortement menacée par plusieurs actions anthropiques, telles que l'extraction de bois d'œuvre sans plans de gestion appropriés, l'exploitation minière et l'expansion des frontières agricoles. Pour ces raisons, il est nécessaire d'accroître les connaissances sur la zone, qui peuvent être utilisées dans les stratégies pour les plans de conservation et l'utilisation durable des ressources de cette région. Notre objectif est d'étudier les champignons ectomycorhiziens dans deux endroits du département de Chocó, l'un dans la forêt tropicale humide et pluviale de la municipalité de Nuquí, sous l'influence climatique de l'océan Pacifique, et l'autre dans la forêt tropicale humide de la baie de Capurganá, sous l'influence climatique de la mer des Caraïbes. Sur ces deux sites, nous travaillerons directement avec les communautés locales et les leaders environnementaux de la région pour renforcer le plaidoyer en faveur de la conservation et de la compréhension de la diversité fongique de cette zone biogéographique, afin que les communautés puissent s'approprier leurs ressources fongiques et les utiliser de manière appropriée. En outre, les informations seront partagées pour être utilisées dans de futures recherches sur la biodiversité, la systématique, la biogéographie, la restauration écologique ou même pour servir de base à la découverte de nouvelles espèces.

À ce jour, la plupart des informations sur les champignons ectomycorhiziens (ECM) en Indonésie proviennent de la partie occidentale de Wallace (Sumatra, Java et Bornéo). En revanche, dans la région orientale de Wallace (Sulawesi, Moluques, Papouasie), les informations sont limitées. Dans le cadre du projet "Communautés fongiques ectomycorhiziennes dans la ligne orientale de Wallace", notre objectif est de générer une liste d'espèces ECM à Gandang Dewata, Sulawesi occidental, Indonésie, sur la base d'informations ADN. La région ITS et le LSU seront utilisés pour le métabarcodage, et le séquençage Illumina sera la plateforme de séquençage choisie. En outre, nous recueillerons davantage d'informations sur l'écologie de ces champignons ECM en évaluant leurs hôtes et les fructifications aériennes existantes (champignons). De nouvelles espèces, de nouveaux enregistrements et de nouvelles collections pourraient être obtenus grâce à ce projet.

Notre projet vise à étudier la variation et la complexité des communautés fongiques dans différents lieux géographiques du Honduras : Wampusirpe, Gracias a Dios ; Catacamas, Olancho ; Tegucigalpa, Francisco Morazán y La Esperanza, Intibucá. En collectant 108 échantillons provenant de quatre sites différents, l'étude utilisera le métabarcodage de l'ARNr 16S et des régions ITS, à l'aide de la plateforme Illumina MiSeq, pour comprendre la diversité fongique dans les forêts tropicales humides, les terrains montagneux, les prairies et les paysages urbains. La recherche met l'accent sur la relation entre les pratiques d'utilisation des terres, les gradients écologiques et la structure des communautés fongiques. Cette exploration approfondie est très importante pour comprendre la dynamique des écosystèmes et fournira des informations précieuses pour les stratégies d'agriculture durable, de conservation et de gestion des terres. La collaboration avec les communautés indigènes, la connaissance de l'agriculture à petite échelle et l'alignement sur la mission de la Société pour la protection des réseaux souterrains (SPUN) font partie intégrante de cette recherche écologique vitale et fournissent des données précieuses pour les initiatives de conservation à l'échelle mondiale.

En Californie, la région de la vallée centrale s'étendait autrefois sur des prairies luxuriantes composées de graminées vivaces et d'herbes endémiques propres à une région au climat méditerranéen. Cependant, la colonisation et l'urbanisation qui s'en est suivie ont considérablement modifié cette précieuse écorégion. Les sites de l'ensemble du paysage ont subi des menaces aggravées dues au surpâturage, à la sécheresse, à la modification du régime des incendies et à l'invasion particulièrement intense d'espèces européennes. Les mesures de conservation actuelles comprennent la protection des habitats restants, l'amélioration de la gestion et, si possible, la conversion des terres en prairies restaurées. Ce projet contribue à ces efforts en étudiant la manière dont la communauté microbienne du sol a changé le long d'un gradient d'invasion. Par exemple, les associations avec des symbiotes fongiques pourraient conférer des avantages compétitifs ou provoquer des maladies dans la communauté réceptrice qui contribuent au succès de l'invasion. Nous en apprendrons davantage sur la manière dont les champignons participent à la modification du paysage, soit en tant que conséquence, soit en tant que vecteur de l'invasion des prairies.

Le projet s'intitule "Étude des champignons mycorhiziens souterrains pour la restauration du paysage dans les hautes terres de Miombo au Burundi". Le projet vise à générer des données de haute qualité sur la diversité souterraine des champignons ectomycorhiziens dans les forêts de miombo. L'échantillonnage sera effectué précisément dans les provinces de Buhunnyuza et d'Isale. Le travail sur le terrain comprendra diverses tâches telles que la collecte d'échantillons de sol et de racines et la réalisation d'enquêtes auprès des planteurs. Tous ces travaux seront documentés à l'aide de caméras GoPro. Un sous-échantillon de sol sera utilisé pour le métabarcodage de l'ADN, tandis qu'un autre sera utilisé pour évaluer la densité et l'abondance des spores d'AMF. Les sous-échantillons de sol seront conservés à -80°C jusqu'à ce que nous commencions le travail de laboratoire. Des échantillons de racines fines seront prélevés et conservés dans de l'éthanol afin de documenter et d'illustrer les rapports de dépendance à l'ECM. Les résultats du projet élucideront les liens entre les arbres indigènes et la diversité des champignons ECM et soutiendront les efforts des communautés locales pour restaurer le paysage à partir de ces espèces forestières indigènes.

Les forêts de montagne du Mont Cameroun et de Bioko appartiennent à la chaîne volcanique qui s'étend vers le nord le long de la frontière entre le Cameroun et le Nigeria, et vers le sud-ouest jusqu'aux îles de São Tomé, Príncipe et Annobón, et s'étend jusqu'aux hauteurs de l'île de Bioko Bioko (Guinée équatoriale). Le versant occidental du mont Cameroun est probablement la zone la plus diversifiée et la plus riche de la montagne. C'est la seule région d'Afrique occidentale et centrale où l'on trouve un gradient de végétation vierge de forêt tropicale sempervirente de plaine qui commence au niveau de la mer, traverse des forêts de montagne, des prairies de montagne et des prairies alpines près du sommet. Ce lien entre les écosystèmes est la principale source de la grande diversité biologique de la région. Six principaux types de végétation ont été identifiés sur la montagne. La forêt pluviale de plaine (0-800 m au-dessus du niveau de la mer), la forêt sub-montagnarde (800-1600 m au-dessus du niveau de la mer), la forêt de montagne (1600-1800 m au-dessus du niveau de la mer), le fourré de montagne (1800-2400 m au-dessus du niveau de la mer), la prairie de montagne (2000-3000 m au-dessus du niveau de la mer), et la prairie sub-alpine (3000-4100 m au-dessus du niveau de la mer). L'objectif général de ce projet est de déterminer la diversité des champignons mycorhiziens associée à la diversité des ressources floristiques dominantes du Mont Cameroun. Cependant, cette étude se concentre sur la réponse à des questions telles que : Les différents écosystèmes forestiers des forêts montagnardes du Mont Cameroun et de Bioko ont-ils les mêmes types de champignons mycorhiziens ? La diversité floristique des types de sol de chaque écosystème forestier détermine-t-elle les types de champignons mycorhiziens à arbuscules présents ? Les activités anthropiques menées dans cette zone ont-elles un impact sur la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules ? Notre engagement dans ce projet implique également les communautés locales. En accord avec les objectifs de développement durable, nous nous concentrerons sur : - Eduquer les communautés locales sur l'utilisation des CMA et leur importance dans la production agricole à travers des vidéos et des explications dans les langues locales (SDG - 4 et SDG -2). - Leur montrer l'impact de leurs diverses activités anthropogéniques sur la vie des champignons mycorhiziens du sol, tout en soulignant leur responsabilité en matière de conservation de la biodiversité (ODD -12). - Les hommes et les femmes des communautés locales seront éduqués ensemble, sans distinction ni priorité (ODD -5).

Les régions de haute altitude sont uniques de par leur biodiversité et font partie de celles qui sont confrontées au taux le plus élevé de changement climatique. Ce changement entraîne de nombreuses modifications irréversibles dans les écosystèmes de haute altitude, ce qui rend nécessaire l'élucidation de la biodiversité unique qui y est présente. Ce projet vise à tester l'effet de la température et des précipitations sur la diversité mycorhizienne en utilisant les gradients climatiques naturels de l'Himalaya occidental comme indicateur du climat. Outre l'effet du climat, nous testerons également l'influence de la diversité et des caractéristiques des plantes sur la diversité mycorhizienne. Pour atteindre l'objectif du projet, nous prévoyons d'échantillonner un total de 25 localités dans la région de l'Himalaya occidental. Ces localités représenteront une combinaison factorielle de températures et de précipitations. Pour estimer la diversité mycorhizienne, un fragment de 2,5 kb de l'ADNr sera séquencé. Nous impliquerons les populations locales et les chercheurs de la région de l'Himalaya dans le travail du projet. Nous espérons produire au moins une publication scientifique dans une revue écologique évaluée par des pairs. Les résultats du projet seront diffusés au public scientifique ainsi qu'au grand public afin d'en maximiser l'impact. Tous les ensembles de données générés au cours de ce projet seront en libre accès et pourront être utilisés par tous après leur publication.

Le Chili central fait partie d'un point chaud de la biodiversité mondiale. Cet écosystème méditerranéen comprend de nombreuses plantes sclérophylles endémiques. Il est actuellement menacé car il s'agit de la zone la plus densément peuplée du pays et d'un centre agricole. Cette zone présente la plus grande diversité de plantes vasculaires et constitue le centre de diversité de certains genres tels que le genre d'orchidée Chloraea. Certaines espèces d'orchidées chiliennes sont gravement menacées et des mesures urgentes sont nécessaires pour assurer leur conservation à long terme. Les orchidées chiliennes sont terrestres et s'associent à des champignons mycorhiziens (généralement de type Rhizoctonia) qui sont essentiels à leur germination et à leur croissance et survie ultérieures. Pour établir des programmes de propagation, de conservation et de restauration des orchidées chiliennes, il est nécessaire de bien comprendre la diversité et la distribution de leurs partenaires fongiques. En particulier, nous avons besoin de comprendre la spécificité orchidée-champignon, car les orchidées rares et/ou menacées pourraient être limitées par la présence de champignons orchidiens spécifiques dans le sol. Dans ce projet, nous visons à comprendre la diversité des champignons mycorhiziens dans le sol à proximité de différentes espèces d'orchidées trouvées dans un gradient latitudinal au Chili central et à comparer cette diversité avec les espèces fongiques que l'on peut trouver à l'intérieur du système racinaire des plantes.

Les écosystèmes de dunes côtières des îles-barrières le long des baies du sud du Texas dans le nord du Golfe du Mexique fournissent d'importants services écosystémiques tels que l'habitat de la faune et de la flore et servent de première ligne de défense contre les ouragans et l'élévation du niveau de la mer. Ils représentent un système unique car les estuaires et les baies du sud du Texas entourant les îles-barrières s'étendent le long d'un gradient de salinité (de 8 ppt à 40 ppt) mais sont considérés comme des écosystèmes à risque car ils sont également soumis à différents degrés de dégradations naturelles et anthropogéniques, y compris la pollution par les hydrocarbures. Il s'agit d'un système idéal pour étudier la diversité du mycobiome de l'écorégion, car il peut servir de substitut spatio-temporel des impacts des changements environnementaux sur les communautés fongiques souterraines. Notre projet vise à évaluer la diversité des communautés mycorhiziennes (et du mycobiome du sol) dans les écosystèmes dunaires côtiers des îles-barrières et la manière dont l'environnement et les changements concomitants façonnent ces communautés. Les connaissances acquises grâce à cette étude peuvent contribuer à la conservation des communautés souterraines et à la gestion du littoral, et éventuellement aider à trouver des solutions basées sur la nature pour la conservation et la réhabilitation des habitats des îles-barrières.  

Le projet vise à répondre aux questions suivantes :(i) comment les communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) sont-elles structurées le long des zones indigènes et impactées (dégradées) du sud de l'Amazonie ? (ii) Les AMF habitent-ils et colonisent-ils la litière de feuilles de l'Amazonie ? (iii) Comment les communautés d'AMF diffèrent-elles entre le sol et la litière adjacente ? (iv) Quel est le degré de perte de diversité et de groupes fonctionnels entre les zones vierges et les zones dégradées - Quel est l'impact de la dégradation ? et(v) Quelles et comment les propriétés du sol et de la litière peuvent influencer la composition des communautés d'AMF dans différentes conditions de conservation ? Le projet représente une étude pionnière sur le séquençage environnemental des champignons mycorhiziens dans le sol et la litière en Amazonie. L'Amazonie abrite l'une des plus grandes parts de la biodiversité mondiale, en particulier des espèces végétales qui peuvent contribuer à une énorme diversité de micro-organismes dans le sol et la litière. Cependant, c'est le biome brésilien qui compte le moins d'inventaires de diversité pour de nombreux groupes de champignons, tels que les champignons microscopiques, en particulier dans la partie sud de l'Amazonie, où aucun travail n'a été publié.

Le nombre d'espèces fongiques à Madagascar est inconnu. Ralaiveloarisoa (2022) a estimé qu'il pourrait y avoir entre 84 000 et 140 000 espèces à Madagascar, alors que moins de 1000 espèces (moins de 2%) ont été décrites. Beaucoup de ces espèces sont déjà menacées par l'agriculture itinérante et risquent de disparaître sans qu'on les connaisse. Ainsi, le métabarcodage de la communauté fongique serait impératif pour augmenter les connaissances sur les champignons malgaches plus rapidement que ne le permettent les méthodes traditionnelles avant qu'ils ne disparaissent. L'objectif est de produire des codes-barres ADN de l'ensemble de la communauté fongique au sein d'un échantillon en utilisant la technologie de séquençage ADN à haut débit et de comprendre plus rapidement la distribution et les rôles écologiques des champignons. Les résultats nous permettront de comparer la diversité fongique des forêts humides du centre et de l'est de Madagascar à celle présente dans les forêts sèches du sud-ouest. Les données produites au cours de ce projet augmenteront le nombre de séquences présentes dans les dépôts publics afin qu'elles puissent également être utilisées pour évaluer le statut de conservation des espèces malgaches.

Les grandes plaines d'Amérique du Nord sont composées de vastes étendues de prairies à herbes courtes, mixtes et hautes. Chaque système est dominé par des espèces végétales uniques, comme Andropogon gerardii et Bouteloua gracilis . Les associations avec les champignons mycorhiziens à arbuscules jouent un rôle essentiel dans le maintien de la dominance des plantes dans ces systèmes, mais la distribution des champignons mycorhiziens à arbuscules dans cet important puits de carbone n'est pas bien connue. Avec l'augmentation de la fréquence et de la gravité des événements climatiques extrêmes, tels que la sécheresse, il est essentiel de comprendre comment ces événements modifient les associations plantes-fongus dans les Grandes Plaines. C'est pourquoi nous tirerons parti d'un réseau d'expériences de manipulation des précipitations récemment mises hors service pour étudier les effets potentiels de la sécheresse sur les communautés végétales et fongiques. Nous cherchons à mieux comprendre la distribution des genres AMF dominants, ainsi que la manière dont les sécheresses de différentes intensités influencent la composition de la communauté fongique à long terme. Nous nous associerons à des organisations locales à but non lucratif pour rencontrer les membres de la communauté, discuter de l'importance des champignons mycorhiziens dans la fourniture de services écosystémiques, et former les individus à étudier la diversité fongique autour d'eux.

La Mésopotamie argentine est une région composée de trois provinces et de trois écorégions très différentes : l'écorégion de l'Espinal, la savane mésopotamienne du cône sud, où se trouvent les zones humides d'Iberá, la deuxième plus grande zone humide du monde, et la forêt atlantique du haut Paraná, où se trouve l'une des sept merveilles naturelles du monde, les chutes d'Iguazú, et où l'on trouve 52 % de la biodiversité du pays. Malgré l'importance écologique de cette région, elle concentre plus de 75 % du boisement du pays avec des espèces introduites il y a plus de 80 ans, le pin et l'eucalyptus, deux espèces exotiques à association mycorhizienne, étant les plus cultivées. Cependant, on ne sait pas combien d'espèces mycorhiziennes ont été introduites et comment elles ont affecté les champignons indigènes. L'objectif de ce projet est donc d'analyser la diversité des mycorhizes exotiques et indigènes afin d'évaluer l'impact du boisement sur la diversité mycorhizienne indigène et de mettre en place des mesures de sensibilisation et d'atténuation.

La limite des arbres alpins dans le nord-ouest de l'Himalaya constitue une frontière écologique distincte entre la limite supérieure des forêts à canopée fermée et la végétation alpine. Les arbres de cet écotone sont très sensibles au changement climatique, et les microbes du sol peuvent les aider à atténuer le stress climatique. L'étude de la réaction du mycobiome du sol aux changements environnementaux, y compris les variations de température et de précipitations associées au changement climatique, peut aider à prévoir et à atténuer les effets du changement climatique sur la fertilité des sols, le stockage du carbone et la stabilité des écosystèmes. Dans ce contexte, la documentation du mycobiome du sol dans l'écotone de la limite des arbres des paysages himalayens sensibles au climat est de la plus haute importance. Dans le cadre du présent projet, nous recueillerons des données de base sur le mycobiome du sol à l'aide de méthodes moléculaires (extraction de l'ADN du sol, amplification à l'aide d'amorces spécifiques et analyse ultérieure des données). Cela nous permettra d'obtenir des informations potentiellement utiles pour le suivi et l'évaluation de la fonctionnalité des écosystèmes et pour le suivi de l'impact sur les écosystèmes du changement climatique mondial imminent. Elles peuvent également être utilisées pour comprendre comment la diversité, la distribution et la fonctionnalité du mycobiome du sol lui-même peuvent être affectées par le changement climatique. Les connaissances précieuses acquises dans le cadre du projet proposé peuvent être appliquées aux programmes de restauration des écosystèmes.

Les forêts de Miombo sont des forêts tropicales saisonnières très répandues en Afrique, dominées par des espèces végétales appartenant aux genres Brachystegia, Isoberlinia et Julbernardia. Les forêts de Miombo sont économiquement importantes pour la production de bois, la collecte de bois de chauffage et la fourniture de produits forestiers non ligneux, entre autres. Les forêts de Miombo sont également importantes pour le cycle des nutriments en raison de leur capacité à former des associations symbiotiques avec des microbes tels que les champignons. Alors que les microbes tels que les champignons sont indispensables à la médiation des fonctions de l'écosystème, la diversité et la composition de ces microbes dans les forêts de Miombo sont mal comprises en raison de l'insuffisance ou de l'absence de connaissances. D'autres activités anthropogéniques telles que la déforestation, associées au changement climatique mondial, constituent des menaces pour les écosystèmes forestiers, y compris les forêts de Miombo. Par conséquent, dans notre projet, nous explorerons la diversité et la composition des champignons associés au sol et aux racines par le biais du barcodage de l'ADN fongique dans les forêts de Miombo, en intégrant des sites (inexplorés pour les microbes) en Zambie qui présentent des variations dans les facteurs abiotiques (par exemple, les conditions climatiques et la disponibilité des nutriments dans le sol). Les connaissances acquises dans le cadre de ce projet permettront de mieux comprendre l'interaction entre les espèces des forêts de Miombo et les microbes, contribuant ainsi à la gestion durable de ces forêts.

Le projet sera réalisé dans le principal système montagneux biodiversifié du Guatemala, la Sierra de las Minas, un système géologique et naturel particulier issu de la rencontre d'anciens blocs de terre et de plaques tectoniques. C'est encore aujourd'hui la limite naturelle en Amérique des genres holartiques comme Abies et Acer, mais elle en contient beaucoup d'autres qui sont distribués en Amérique centrale ainsi que de nombreux genres néotropicaux. Le but de ce projet est d'identifier moléculairement la composition mycorhizienne de ses différentes forêts en fonction du gradient altitudinal. Ensuite, 1. identifier les genres et espèces fongiques dominants, 2. identifier ceux qui pourraient être utiles pour l'inoculum en sylviculture et 3. Déterminer ou confirmer l'identité taxonomique de nombreux corps fructifères de champignons ectomycorhiziens, principalement des basidiomycètes de l'ordre des Russulales, des Boletales et des Cantharellales, collectés avant et pendant l'échantillonnage. Il s'agit de la première étude moléculaire d'envergure qui fournira des informations sur la diversité fongique dans le pays.

Les forêts tropicales sèches sont des écosystèmes uniques qui sont rarement étudiés. Elles sont actuellement soumises à des menaces anthropiques constantes, telles que la déforestation et le changement climatique. Cependant, il existe très peu d'informations sur les communautés mycorhiziennes de ces types de forêts, en partie parce que l'attention s'est largement concentrée sur les écosystèmes les plus humides. Nous baserons notre étude sur l'un des derniers vestiges de ce type de forêt situé dans la communauté de Garachiné, dans la province de Darién, au Panama. Nous prélèverons de la terre dans cette zone et appliquerons ensuite des techniques moléculaires pour identifier les mycorhizes présentes. Notre projet est réalisé en collaboration avec des collègues de l'Université du Panama qui développent des études botaniques dans la région, ce qui nous permettra de mettre en relation la communauté mycorhizienne avec la flore typique de ce type d'écosystème. Nos résultats nous permettront de connaître la diversité des mycorhizes dans une zone jamais étudiée, ainsi que leurs relations possibles avec les espèces de plantes vasculaires présentes dans la forêt tropicale sèche. Les informations produites nous aideront à motiver la poursuite des recherches et la conservation de cet écosystème unique.

La Selva Paranaense abrite toute la forêt atlantique d'Argentine, l'une des plus grandes forêts vierges du monde. La Selva Paranaense abrite 52 % de la biodiversité argentine, avec plus de 150 espèces de mammifères, 564 espèces d'oiseaux, 260 espèces de poissons d'eau douce, 116 espèces de reptiles, 68 espèces d'amphibiens et des milliers d'espèces de plantes et de champignons. En raison des niveaux élevés de diversité biologique et de ses nombreuses espèces endémiques, elle est classée comme un point chaud de la biodiversité mondiale. La forêt de Paranaense est gravement menacée par la déforestation due à l'expansion de l'agriculture et par l'invasion d'espèces introduites et envahissantes. Au cours des 120 dernières années, 95 % de la forêt indigène a disparu, ce qui a gravement affecté la flore et la faune de la région. Il convient de noter qu'un grand nombre d'espèces végétales n'ont pas encore fait l'objet d'une classification complète. Le pendant de l'énorme diversité végétale reste à découvrir : les champignons mycorhiziens à arbuscules. Ces acteurs essentiels de la nature n'ont pas été étudiés jusqu'à présent dans les réserves nationales et provinciales cruciales. Grâce à SPUN, nous dévoilerons les réseaux souterrains des champignons mycorhiziens dans ces reliques inestimables.

Le nord-est de l'Inde est situé au confluent des domaines biogéographiques indo-malaisien, indochinois et indien, ce qui explique que la région abrite une culture riche et diversifiée, ainsi qu'une biodiversité et un endémisme élevés. Les types de végétation de la région vont de la forêt tropicale humide des contreforts aux prairies alpines et aux déserts froids, ce qui représente plus d'un tiers de la biodiversité totale du pays. La région est une partie importante du hotspot de biodiversité Indo-Myanmar, l'un des 12 méga hotspots de biodiversité du monde, et représente 50 % de la biodiversité indienne. Sept États montagneux, dont l'Arunachal Pradesh, le Manipur, le Meghalaya, le Mizoram, le Nagaland, le Sikkim et le Tripura, sont collectivement désignés sous le nom de région des collines du Nord-Est (North Eastern Hill Region - NEHR). Elle est située entre 21°58' et 29°30' de latitude nord et 88°58' et 97°30' de longitude est et s'étend sur une superficie de 1 83 741 km2. Le climat de la région varie du type tropical au type alpin, avec une très forte variation des précipitations. Les champignons MA sont des symbiotes obligatoires, dont la population et la diversité peuvent être déterminées par les espèces végétales présentes dans un écosystème donné. Le terrain vallonné du NEH est entrecoupé de vallées et de plaines ; l'altitude varie de presque le niveau de la mer à plus de 7 000 mètres au-dessus du niveau de la mer. Le changement d'altitude et de climat a permis à la végétation et aux forêts de se répartir en six grandes catégories : tropicale, subtropicale, tempérée, montagnarde, subalpine et alpine. La diversité floristique en surface a un impact sur le microbiome souterrain, en particulier sur les AMF. Les informations sur la distribution et la fréquence d'apparition de champignons AM spécifiques dans la biosphère Indo Myanmar de la région NEH sont très rares. Nous émettons donc l'hypothèse d'étudier l'abondance et la diversité des champignons AMF à travers les gradients de la biosphère de l'Indo Myanmar du NEH à la lumière des changements d'altitude et des variations climatiques en mode interactif et intra-actif avec la macroflore et la microflore indigènes, respectivement.

La biodiversité des sols joue un rôle clé dans la fourniture de services écosystémiques. Il est impératif de conserver les organismes du sol et de les inclure dans les agendas politiques. La forêt du Mont Kenya est un point chaud de la biodiversité, mais la diversité de la plupart des biotes du sol est inexplorée. Les champignons mycorhiziens sont un élément clé des écosystèmes forestiers et influencent différents processus biogéochimiques. Ce projet comparera la diversité des champignons mycorhiziens dans les zones protégées et non protégées de la forêt du Mont Kenya. Il donnera un aperçu du statut des champignons mycorhiziens et contribuera à la conservation et à la surveillance de la biodiversité du sol.

La zone d'étude est constituée des fragments forestiers sacrés de Kaya Kauma et Kaya Chivara, classés au patrimoine de l'UNESCO, dans la région côtière du Kenya (38,5° E et 41,5° E, entre 0° et 5° S), à 300 m au-dessus du niveau de la mer. La région connaît des précipitations faibles et imprévisibles, avec des sécheresses sévères fréquentes. La région se caractérise par une grande variété de types de sols et de minéraux. Les deux fragments de forêt sacrée, distants de 10,7 km, formaient autrefois un paysage forestier continu. Ils sont interceptés par des terres agricoles et des habitations, par l'érosion des ruisseaux et des ravines profondes. Les communautés végétales forment des associations avec des mycorhizes ecto-mycorhiziens et arbusculaires. La plantation d'arbres est une activité courante dans la région, mais les preuves de réussite sont limitées. Les symbiotes racinaires sont négligés dans l'établissement des arbres, et pourtant la relation peut aller de facultative à obligatoire. L'intégration de l'association mycorhizienne dans la gestion des semis en pépinière est importante pour la survie et l'établissement ultérieur des semis d'arbres. L'utilisation de mycorhizes indigènes peut garantir un meilleur succès. 

Un total de 24 échantillons de sol et de corps de fruits ectomycorhiziens seront prélevés en différents points. Les échantillons et les spécimens seront transférés au laboratoire pour la caractérisation des espèces de mycorhizes ecto et arbusculaires et l'analyse des minéraux. Des méthodes morphologiques et moléculaires impliquant l'extraction d'ADN et l'amplification par PCR nichée seront utilisées pour l'identification. Une évaluation du potentiel de l'inoculum mycorhizien sera effectuée à l'aide de la méthode du nombre le plus probable (NPP). Une sensibilisation sera entreprise pour expliquer aux groupes de pépiniéristes communautaires le rôle des mycorhizes dans les fonctions de l'écosystème et la gestion des pépinières. Un questionnaire semi-structuré sera utilisé pour évaluer la gestion des plants. L'état mycorhizien des plants de quatre pépinières sera inoculé et planté près du paysage dégradé de la forêt sacrée. Des membres de la communauté et des écoliers seront sélectionnés pour participer à l'observation en laboratoire des champignons mycorhiziens.

La chaîne de montagnes de l'Hindu Kush, dans l'Himalaya, est un point chaud de la biodiversité, mais la diversité des champignons du sol y est encore sous-explorée. Elle présente de larges gradients environnementaux d'altitude ainsi que des gradients géographiques et temporels de précipitations. Ces montagnes abritent de nombreux arbres ectomycorhiziens comme les chênes, les pins et les cèdres. Ces sites seront explorés à la recherche de champignons ectomycorhiziens (EMF), notamment dans les forêts tempérées sèches et humides du Pakistan. Les forêts tempérées humides sont situées à Kaghan et Bahrian et les forêts tempérées sèches à Kalam et Parachinar. Les champignons ectomycorhiziens seront identifiés par amplification de l'ITS ainsi que de la région LSU (SSU, rpb si nécessaire). Les échantillons de sol seront analysés par séquençage illumina. La répétition de l'échantillonnage tout au long de l'année permettra de mieux déterminer les différences entre les saisons, en particulier par rapport à la mousson qui est un événement climatique clé dans la région où 80 % des précipitations annuelles tombent en trois mois. Les schémas de précipitations contrastés entre les habitats et les saisons permettront d'identifier les forces motrices de la distribution des taxons EMF en relation avec ce paramètre environnemental clé. Les données obtenues dévoileront le trésor caché des taxons fongiques symbiotiques des racines des plantes souterraines.

Co-PIs :

Congrès international des mycologues arméniens ou ICAM : Claudia Victoroff-Bashian, Patricia Ononiwu Kaishian, PhD, Arik Joukhajian, Tania Kurbessoian, PhD

Le Congrès international des mycologues arméniens (ICAM) mène une enquête nationale sur les champignons du sol dans la République montagneuse d'Arménie, ciblant des microclimats uniques allant de la forêt mixte caducifoliée humide aux écosystèmes semi-désertiques regroupés sur une petite zone géographique. La région du Caucase et l'Asie du Sud-Ouest sont considérées comme des régions très importantes pour la conservation des champignons (Dahlberg et al., 2010), mais les menaces anthropogéniques qui pèsent sur les paysages arméniens ne cessent d'augmenter. Alors qu'il est toujours impossible ou peu pratique de se rendre dans certaines parties des régions touchées, l'imposante menace de guerre a créé une extrême urgence pour les études de biodiversité dans les écosystèmes adjacents. Comprendre l'identité et la distribution des champignons dans cette région est primordial pour la conservation des plantes et des champignons, et pour contribuer à une compréhension globale de la biogéographie des champignons du sol, mais peu d'études ont été menées dans la région du Caucase du Sud et encore moins en Arménie par rapport à ses voisins. En comparant la composition des espèces de champignons à travers un gradient environnemental marqué dans la petite zone géographique de l'Arménie, ce projet fournira des informations essentielles sur l'impact des conditions biotiques du sol sur la distribution des champignons mycorhiziens.

Les forêts boréales de Mongolie se trouvent à la limite sud de la taïga et constituent une transition vers le biome forêt-steppe. Ces forêts, composées principalement de mélèzes de Sibérie (Larix sibirica), de pins de Sibérie (Pinus sibirica), de pins sylvestres (Pinus sylvestris), de pins blancs du Japon (Betula platyphylla) et d'épicéas de Sibérie (Picea obovate), connaissent des températures hivernales extrêmement basses avec un gel profond du sol, et sont fortement limitées par les précipitations.

Il existe peu d'études publiées sur les communautés ectomycorhiziennes dans les forêts mongoles. Cependant, des études menées dans d'autres biomes ont montré que certains genres d'arbres ont une gamme étroite de taxons ectomycorhiziens. Dans ce projet, nous étudierons les communautés ectomycorhiziennes dans les forêts mixtes et monospécifiques de la zone protégée de Bogd Khan, à Umnudelger, Binder soum, province de Khentii, et dans le site du patrimoine mondial de Burkhan Khaldun. Alors que la zone protégée de Bogd Khan est proche d'Oulan-Bator, le site du patrimoine mondial de Burkhan Khaldun est une zone vierge éloignée. Sur ces sites, nous collecterons des sols et des racines fines, et nous évaluerons la communauté ectomycorhizienne dans les sols en utilisant la métagénomique. La communauté ectomycorhizienne sur les racines fines sera évaluée en morphotypant les ectomycorhizes, et l'identification finale en utilisant les séquences d'ADN. Nous prévoyons que, dans ces conditions extrêmes, un certain nombre de taxons ectomycorhiziens uniques seront identifiés. Le projet sera réalisé à l'Université des sciences de la vie de Mongolie et à l'Institut d'écologie forestière de BOKU, à Vienne.

Les écosystèmes forestiers tropicaux conservent les plus hauts niveaux de biodiversité, ce qui en fait de grands contributeurs à la biodiversité totale de la Terre. Le Mont Mabu est une montagne située dans le nord du Mozambique d'environ 1700 mètres couvrant approximativement plus de 7000 hectares. On estime que le mont Mabu est la plus grande forêt pluviale de moyenne altitude d'Afrique, abritant une faune diverse, inconnue des scientifiques. Jusqu'à présent, seule la végétation des pentes inférieures du sud-est a été décrite - bois, forêt et broussailles/plaques de roseaux sur la roche nue, le reste étant inconnu. Les champignons mycorhiziens, un groupe très important de micro-organismes du sol, sont présents dans de nombreux habitats mais les connaissances concernant leur présence dans les régions tropicales sont encore rares. Les structures de leurs communautés sont diverses entre les montagnes à différentes altitudes, en particulier dans les forêts tropicales humides. On s'attend donc à ce que le mont Mabu, en tant que forêt inexplorée, puisse représenter un hotspot pour de nombreuses espèces, y compris les micro-organismes du sol tels que les champignons mycorhiziens. Pour y remédier, l'échantillonnage, les efforts de collaboration et l'utilisation de méthodologies moléculaires sont encouragés. Notre projet a pour but d'échantillonner et d'isoler les champignons mycorhiziens en utilisant des techniques morphologiques et moléculaires et enfin d'essayer de les cultiver en laboratoire.

Les interactions plantes-fongiques, telles que la symbiose mycorhizienne, sont des déterminants majeurs de la taille de l'aire de répartition biogéographique des plantes, de la dynamique des populations et de la composition des communautés végétales. Dans les écosystèmes forestiers tropicaux des îles océaniques, les communautés végétales indigènes et endémiques ont tendance à être remplacées par des communautés végétales introduites et invasives, ce qui entraîne des changements importants dans l'étage supérieur, le sous-étage et le sol forestier. Cependant, dans ces régions du monde, l'impact des invasions biologiques sur la biodiversité fongique du sol est peu documenté. Dans ce projet, nous proposons (1) de réaliser un inventaire moléculaire des champignons du sol dans les forêts humides de Mo'orea, une des îles hautes de la Polynésie française et (2) d'évaluer l'impact des plantes envahissantes Miconia calvescens et Spathodea campanulata sur ces communautés fongiques.

L'inventaire taxonomique des espèces fongiques sera basé sur des techniques de séquençage à haut débit de l'ADN ribosomal (métabarcoding). Il sera réalisé sur de l'ADN extrait des sols de la forêt pluviale de haute altitude dite " forêt nuageuse " et dans la forêt mésophile de basse altitude sur un site expérimental classé zone naturelle d'intérêt écologique et patrimonial (ENIEP d'Opunohu). Une meilleure connaissance des communautés fongiques dans les sols forestiers et les racines des arbres endémiques devrait nous informer sur les effets des communautés microbiennes fongiques sur la vulnérabilité et la résilience des forêts tropicales humides aux invasions végétales, dans un contexte de changement climatique.

Le projet vise à produire des données de haute qualité sur la diversité et l'abondance du mycobiome du sol dans les plantations de cacao de Côte d'Ivoire. La Côte d'Ivoire (Afrique de l'Ouest) est le plus grand producteur de cacao (Theobroma cacao) au monde avec trois régions de production (Est, Centre-Ouest, et Sud-Ouest). Les plantations de cacao sont soumises à différents régimes de gestion, y compris des systèmes agroforestiers à proximité de forêts denses naturelles. Nous avons émis l'hypothèse que les plantations soumises à un régime de gestion à long terme (anciennes plantations) ont une structure altérée du mycobiome du sol qui a conduit à une diminution de la diversité des champignons du sol. Trois régimes de gestion différents (+ forêts naturelles) provenant de quatre sites du projet CacaoSAF en cours (Alliance Bioversity - CIAT), seront considérés. Sur chacun des 14 sites d'échantillonnage, des carottes de sol composite et des racines fines seront prélevées sur un total de 10 cacaoyers et sur l'arbre le plus dominant dans les forêts denses. La dépendance mycorhizienne et l'identification et la densité des spores d'AMF seront effectuées à l'Université de Parakou au Bénin. Un double d'échantillons de sol sera envoyé à l'Université agricole de Suède pour le métabarcodage (NGS). Des entretiens semi-structurés seront menés avec les agriculteurs du projet CacaoSAF afin de recueillir des informations sur l'âge de la plantation, le régime de gestion, la productivité dans le temps et la forêt naturelle. Pour chaque échantillon, nous remplirons le formulaire de métadonnées. A la fin du projet, les agriculteurs du projet CacaoSAF pourront apprécier comment leurs pratiques de gestion affectent le mycobiome du sol. Les scientifiques partenaires de l'Institut National Polytechnique Félix Houphouët-Boigny bénéficieront des données moléculaires et de l'identification des AMF des cacaoyers de Côte d'Ivoire. Nous espérons générer au moins un article dans une revue d'écologie appliquée ou dans une revue sur la diversité des organismes. Les données de séquence générées seront partagées avec l'outil CacaoSAF développé par l'Alliance Bioversity-CIAT, ainsi que sur des plateformes internationales accessibles.

La région amazonienne possède un grand nombre d'écosystèmes, qui abritent une grande diversité biotique. Elle est considérée comme un hotspot pour les champignons du sol et protège un haut niveau d'endémisme fongique (Tedersoo et al. 2014, 2022). Le projet prévoit d'étudier les communautés fongiques du sol, y compris les mycorhizes à arbuscules et les ectomycorhizes, en trois points contrastés et distants de l'Amazonie colombienne, ce qui nous permettra d'en savoir plus sur les schémas de distribution des communautés fongiques du sol, et en particulier des mycorhizes. En plus de l'étude des forêts de sable blanc et des forêts de terra firme, les forêts des plaines alluviales ou várzea seront incluses, qui n'ont pas encore été étudiées.

L'Uruguay fait partie des prairies subhumides tempérées de la partie orientale de l'Amérique du Sud. Notre territoire est décrit comme Campos au sein du Biome Pampa selon des caractéristiques physionomiques, géomorphologiques et édaphiques. Cette région présente une activité photosynthétique tout au long de l'année et représente l'une des zones de prairies les plus diverses, les plus vastes et les moins transformées du monde. Malgré leur apparente homogénéité physionomique, ces prairies présentent une grande diversité d'espèces, les graminées étant la forme de vie dominante, à l'exception de quelques arbustes et arbres épars. Actuellement, l'Uruguay a perdu 10% de ses pâturages. Un travail de cartographie régionale du biome de la Pampa (Brésil, Argentine et Uruguay) montre la réduction de l'écosystème des prairies en deux décennies. Le principal facteur de perte de pâturages dans notre pays est l'agriculture, suivie par la sylviculture et les plantes envahissantes.

Le rôle clé des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) dans les écosystèmes terrestres est largement reconnu, car ils régulent les cycles des nutriments et du carbone, influençant la structure du sol, la communauté végétale et la multifonctionnalité de l'écosystème. Le rôle de la symbiose mycorhizienne a été généralement lié à son impact sur la nutrition minérale des plantes. Cependant, il a été démontré que ce processus symbiotique a un rôle clé dans la stabilité et la restauration des écosystèmes. L'AMF est un micro-organisme mutualiste qui relie les composantes biotiques et abiotiques des écosystèmes, en jouant un rôle de médiateur dans la compétition végétale et la distribution des nutriments. Notre question est la suivante : dans la région de Campos, quels sont les facteurs qui déterminent et modulent la biodiversité des MA ? Quatre sites représentant des prairies conservées seront échantillonnés ; nous combinerons différentes approches pour comprendre la diversité des MA en examinant les liens entre les MA et la structure des communautés végétales, la géochimie et les interactions des communautés microbiennes du sol.

Trois hypothèses sont proposées : (1) la diversité des AMF est affectée par le type de sol et les conditions environnementales physico-chimiques ; (2) la diversité des AMF répond aux changements de la diversité de la communauté végétale aérienne ; et (3) la diversité des AMF est affectée par les interactions avec les communautés microbiennes du sol (champignons et bactéries) qui coexistent dans le même site.

Au cours de ce projet, la motivation des communautés locales se fera par le biais de séminaires et de conférences. Les communautés locales, en particulier les élèves des écoles rurales, pourraient garder les communautés végétales sous observation dans le cadre de mini-projets de conservation passive et de restauration visant à les impliquer dans un changement d'état d'esprit concernant la santé des sols et la biodiversité souterraine et aérienne.

Le but de ce projet est de comprendre si les plantes invasives non indigènes sont capables de déplacer avec succès leurs congénères indigènes en interagissant avec leurs symbiotes obligatoires indigènes : les champignons ectomycorhiziens. Le projet se déroulera dans la région orientale de la Patagonie, en Argentine, un écosystème de steppe, dominé par des plantes herbacées et arbustives xérophiles. Même si la steppe est l'écosystème dominant dans le cône sud de l'Amérique du Sud, les études du sous-sol dans les zones sèches de Patagonie sont sous-représentées par rapport aux forêts tempérées des Andes. Nous échantillonnerons le sol sous des populations riveraines indigènes et non indigènes envahissantes de Salix spp. (saules). Ces espèces d'arbres sont les seuls hôtes ectomycorhiziens dans cet habitat, qui constitue la limite de leur distribution méridionale, où les mutualismes devraient être essentiels pour leur établissement et leur survie. Étudier si les espèces végétales envahissantes peuvent interagir avec les champignons indigènes et les changements potentiels dans la communauté fongique indigène provoqués par les invasions, permettra de faire la lumière sur les impacts souterrains des invasions de plantes dans la steppe, jusqu'alors négligés, et ouvrira de nouvelles possibilités de gestion, contribuant à prévenir les pertes économiques et de biodiversité. Nous travaillerons activement avec les parties prenantes locales, le secteur privé et les communautés locales et autochtones, en les sensibilisant à la composante fongique des invasions et en les encourageant à s'impliquer dans l'idée que les champignons peuvent également être envahissants et que nous devons protéger les champignons indigènes de la dégradation.

Le Népal est un pays qui présente un gradient d'altitude abrupt, allant de 50 à 8848 mètres au-dessus du niveau de la mer, vers le nord, ce qui entraîne un climat et une formation d'habitats contrastés. Ce changement d'altitude et de climat permet la formation d'habitats diversifiés et la diversité de la flore et de la faune varie considérablement d'une région à l'autre. En outre, dans le gradient est-ouest, le régime des précipitations varie considérablement dans le pays. Pendant la saison de la mousson (juin-août), de fortes précipitations se produisent dans les régions de l'Est et la région de l'Ouest reçoit moins de précipitations. En hiver, la région occidentale reçoit plus de précipitations que la région orientale. Cependant, les précipitations totales de la saison hivernale sont inférieures à celles de la mousson. Cela crée un régime d'humidité du sol différent dans les régions Est-Ouest. Par conséquent, le gradient d'altitude et de climat vers le nord et le gradient de précipitations vers l'est et l'ouest font du Népal un pays riche en points chauds de la biodiversité de la flore et de la faune (au-dessus du sol), mais les points chauds de la biodiversité du sol (en dessous du sol) restent à déterminer. Nous supposons que le changement du gradient d'altitude et des types d'habitat a modifié la biodiversité du sol. L'échantillonnage du sol à travers les gradients d'altitude, de climat et de précipitations nous aidera à élucider la diversité de la flore et de la faune du sol. Nous aurons également l'occasion de comprendre et d'évaluer la biodiversité du sol dans les zones d'altitude supérieure, ce qui est unique dans les paysages népalais. Actuellement, nous collectons des échantillons de sol (volontairement) dans chacune des zones physiographiques. Nous n'avons que trois sites appariés pour cette évaluation. Nous avons suivi les protocoles du réseau de biodiversité des sols (SoilBON) pour collecter, préparer, stocker et expédier les échantillons. Ces sites couvrent largement l'état de la biodiversité des sols du Népal mais sont limités à la couverture de tous les types d'habitats vers les régions Nord-Sud et Est-Ouest. Par conséquent, nous aimerions étendre nos sites d'échantillonnage de 3 sites jumelés à 18 sites jumelés supplémentaires et les résultats contribueront directement à la réserve d'échantillons de SoilBON.

Il s'agit d'un projet interdisciplinaire d'envergure nationale auquel participent plus de 30 scientifiques de l'UNAM (Université nationale autonome du Mexique). Il fait partie du programme universitaire d'études interdisciplinaires des sols (PUEIS) développé principalement à l'Institut de biologie, à l'Institut d'écologie, à la Faculté des sciences et à la Faculté d'enseignement supérieur d'Iztacala.

Le sol constitue l'interface écologique qui abrite la plus grande biodiversité des écosystèmes terrestres. Le sol régule les cycles biogéochimiques mondiaux, soutient la diversité, l'activité et la productivité biologiques, et fournit les nutriments nécessaires à la croissance des plantes. Un sol préservé est un sol biodivers qui maintient des fonctions écologiques telles que l'activité microbienne, la minéralisation du carbone et de l'azote et l'activité enzymatique. Malgré l'importance du sol, cette ressource n'est pas renouvelable, et sa conservation est menacée par une mauvaise gestion et l'absence de stratégies de communication efficaces à son sujet. Au Mexique, 45% du territoire a des sols dégradés, ce qui signifie qu'ils ont perdu la capacité de maintenir leur fonction écologique, leur biodiversité et leur productivité. Une partie du problème réside dans le manque de données et d'informations sur la biodiversité et la fonction des sols dans de vastes zones géographiques du Mexique pour renforcer la prise de décision visant à leur gestion durable.

L'Atlas de la biodiversité des sols du Mexique repose sur trois principes directeurs (recherche, enseignement et sensibilisation de la société), chacun ayant l'objectif suivant. Recherche - générer des connaissances de pointe en utilisant des bases de données publiques sur la biodiversité, des réseaux de collaboration et les technologies les plus modernes de séquençage de l'ADN afin de produire la plus grande quantité possible de connaissances dans les plus brefs délais et au moindre coût. Enseignement - Produire des éléments d'apprentissage pour les niveaux secondaire, universitaire et postuniversitaire afin de promouvoir la connaissance de la vie dans les sols mexicains et la nécessité de protéger cette ressource non renouvelable. Sensibilisation - Créer une interface pour l'affichage et l'analyse des données afin de fournir des informations aux décideurs qui encouragent des pratiques de gestion respectueuses de la diversité des sols, ainsi que des programmes pour leur conservation et leur surveillance.

L'idée de notre projet au sein du SPUN est de fournir des preuves de la biodiversité du mycobiome racinaire autour des arbres monumentaux qui forment l'épine dorsale de la réserve de biosphère des Carpates orientales. Des ONG polonaises nous ont fourni les coordonnées GPS de 3675 "arbres monumentaux" qui devraient être considérés comme les "points chauds" de la région, mais qui sont toujours exploités à un rythme alarmant.

Nous avons l'intention de soutenir l'initiative visant à inclure ces sites inestimables dans le parc national de Bieszczady. Par conséquent, nous voulons partager les données scientifiques avec les communautés activistes et artistiques en Pologne afin de parler plus fort de l'importance des réseaux mycorhiziens forestiers.

Humboldt a signalé que la richesse des espèces végétales tropicales diminuait avec l'augmentation de l'altitude et la diminution de la température. Les régions tropicales abritent la majorité de la biodiversité mondiale, mais, étonnamment, les schémas de la diversité végétale et fongique sur les montagnes tropicales n'ont pas encore été décrits. Alexander von Humboldt a fait l'ascension des volcans Chimborazo, Antisana et Pichincha en Équateur. Il a enregistré la distribution des espèces végétales et des zones de végétation le long de ses pentes et dans les parties environnantes des Andes. Nous proposons de suivre les étapes de ces trois expéditions de Humbold, en suivant un transect andin traversant 3,5 à 5 km d'altitude (équivalent à une gamme de températures annuelles moyennes de 6,5°-26,4°C) pour vérifier si les espèces fongiques du sol, en particulier les mycorhizes, la diversité et la composition suivent des modèles biogéographiques similaires avec des facteurs environnementaux partagés. Cette étude sera réalisée pour la première fois en Équateur. Avec l'aide des archives historiques de l'expédition de Humboldt.