La limite des arbres alpins dans le nord-ouest de l'Himalaya constitue une frontière écologique distincte entre la limite supérieure des forêts à canopée fermée et la végétation alpine. Les arbres de cet écotone sont très sensibles au changement climatique, et les microbes du sol peuvent les aider à atténuer le stress climatique. L'étude de la réaction du mycobiome du sol aux changements environnementaux, y compris les variations de température et de précipitations associées au changement climatique, peut aider à prévoir et à atténuer les effets du changement climatique sur la fertilité des sols, le stockage du carbone et la stabilité des écosystèmes. Dans ce contexte, la documentation du mycobiome du sol dans l'écotone de la limite des arbres des paysages himalayens sensibles au climat est de la plus haute importance. Dans le cadre du présent projet, nous recueillerons des données de base sur le mycobiome du sol à l'aide de méthodes moléculaires (extraction de l'ADN du sol, amplification à l'aide d'amorces spécifiques et analyse ultérieure des données). Cela nous permettra d'obtenir des informations potentiellement utiles pour le suivi et l'évaluation de la fonctionnalité des écosystèmes et pour le suivi de l'impact sur les écosystèmes du changement climatique mondial imminent. Elles peuvent également être utilisées pour comprendre comment la diversité, la distribution et la fonctionnalité du mycobiome du sol lui-même peuvent être affectées par le changement climatique. Les connaissances précieuses acquises dans le cadre du projet proposé peuvent être appliquées aux programmes de restauration des écosystèmes.

L'Uruguay fait partie des prairies subhumides tempérées de la partie orientale de l'Amérique du Sud. Notre territoire est décrit comme Campos au sein du Biome Pampa selon des caractéristiques physionomiques, géomorphologiques et édaphiques. Cette région présente une activité photosynthétique tout au long de l'année et représente l'une des zones de prairies les plus diverses, les plus vastes et les moins transformées du monde. Malgré leur apparente homogénéité physionomique, ces prairies présentent une grande diversité d'espèces, les graminées étant la forme de vie dominante, à l'exception de quelques arbustes et arbres épars. Actuellement, l'Uruguay a perdu 10% de ses pâturages. Un travail de cartographie régionale du biome de la Pampa (Brésil, Argentine et Uruguay) montre la réduction de l'écosystème des prairies en deux décennies. Le principal facteur de perte de pâturages dans notre pays est l'agriculture, suivie par la sylviculture et les plantes envahissantes.

Le rôle clé des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) dans les écosystèmes terrestres est largement reconnu, car ils régulent les cycles des nutriments et du carbone, influençant la structure du sol, la communauté végétale et la multifonctionnalité de l'écosystème. Le rôle de la symbiose mycorhizienne a été généralement lié à son impact sur la nutrition minérale des plantes. Cependant, il a été démontré que ce processus symbiotique a un rôle clé dans la stabilité et la restauration des écosystèmes. L'AMF est un micro-organisme mutualiste qui relie les composantes biotiques et abiotiques des écosystèmes, en jouant un rôle de médiateur dans la compétition végétale et la distribution des nutriments. Notre question est la suivante : dans la région de Campos, quels sont les facteurs qui déterminent et modulent la biodiversité des MA ? Quatre sites représentant des prairies conservées seront échantillonnés ; nous combinerons différentes approches pour comprendre la diversité des MA en examinant les liens entre les MA et la structure des communautés végétales, la géochimie et les interactions des communautés microbiennes du sol.

Trois hypothèses sont proposées : (1) la diversité des AMF est affectée par le type de sol et les conditions environnementales physico-chimiques ; (2) la diversité des AMF répond aux changements de la diversité de la communauté végétale aérienne ; et (3) la diversité des AMF est affectée par les interactions avec les communautés microbiennes du sol (champignons et bactéries) qui coexistent dans le même site.

Au cours de ce projet, la motivation des communautés locales se fera par le biais de séminaires et de conférences. Les communautés locales, en particulier les élèves des écoles rurales, pourraient garder les communautés végétales sous observation dans le cadre de mini-projets de conservation passive et de restauration visant à les impliquer dans un changement d'état d'esprit concernant la santé des sols et la biodiversité souterraine et aérienne.

La région amazonienne possède un grand nombre d'écosystèmes, qui abritent une grande diversité biotique. Elle est considérée comme un hotspot pour les champignons du sol et protège un haut niveau d'endémisme fongique (Tedersoo et al. 2014, 2022). Le projet prévoit d'étudier les communautés fongiques du sol, y compris les mycorhizes à arbuscules et les ectomycorhizes, en trois points contrastés et distants de l'Amazonie colombienne, ce qui nous permettra d'en savoir plus sur les schémas de distribution des communautés fongiques du sol, et en particulier des mycorhizes. En plus de l'étude des forêts de sable blanc et des forêts de terra firme, les forêts des plaines alluviales ou várzea seront incluses, qui n'ont pas encore été étudiées.

Parmi les phytophysiognomies du biome du Cerrado, le deuxième biome le plus menacé au Brésil, les marécages à palmiers représentent les zones les plus sensibles à l'intervention humaine, principalement en raison des services écosystémiques qu'ils rendent en tant que stockage de carbone (stock de carbone dans le sol) et dans la régulation et la disponibilité de l'eau. La conversion de l'utilisation des terres peut modifier les niveaux d'humidité, les caractéristiques du sol, les schémas d'hétérogénéité environnementale, la composition de la végétation et la diversité microbienne, en particulier la communauté AM. Par conséquent, les schémas et les processus peuvent être modifiés, ce qui compromet le fonctionnement de l'écosystème. Le projet émet l'hypothèse que la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules dans les zones marécageuses de palmiers varie en fonction de la disponibilité de l'eau dans le sol, estimant que la diversité est plus grande dans les environnements plus drainés. L'analyse de la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules contribuera au maintien et à la résilience des zones de palmiers marécageux face aux changements environnementaux. Y compris l'identification des espèces qui peuvent favoriser l'établissement d'espèces végétales indigènes dans les zones en cours de régénération et de rétablissement.

La Mésopotamie argentine est une région composée de trois provinces et de trois écorégions très différentes : l'écorégion de l'Espinal, la savane mésopotamienne du cône sud, où se trouvent les zones humides d'Iberá, la deuxième plus grande zone humide du monde, et la forêt atlantique du haut Paraná, où se trouve l'une des sept merveilles naturelles du monde, les chutes d'Iguazú, et où l'on trouve 52 % de la biodiversité du pays. Malgré l'importance écologique de cette région, elle concentre plus de 75 % du boisement du pays avec des espèces introduites il y a plus de 80 ans, le pin et l'eucalyptus, deux espèces exotiques à association mycorhizienne, étant les plus cultivées. Cependant, on ne sait pas combien d'espèces mycorhiziennes ont été introduites et comment elles ont affecté les champignons indigènes. L'objectif de ce projet est donc d'analyser la diversité des mycorhizes exotiques et indigènes afin d'évaluer l'impact du boisement sur la diversité mycorhizienne indigène et de mettre en place des mesures de sensibilisation et d'atténuation.

Cette étude porte sur la diversité fongique, et plus particulièrement sur la diversité fongique mycorhizienne, au sein des espèces de mangrove dominantes dans les Émirats arabes unis (EAU). Malgré leur importance, les écosystèmes de mangrove le long des côtes des Émirats arabes unis sont souvent négligés en tant que points chauds écologiques, alors qu'ils jouent un rôle écologique et culturel important tout en contribuant à l'atténuation du changement climatique. Grâce à un examen complet des communautés fongiques dans divers habitats caractérisés par des conditions environnementales variées, le projet vise à comprendre les adaptations écologiques et la composition des champignons mycorhiziens dans ces écosystèmes. En outre, l'étude vise à identifier les principaux taxons de champignons mycorhiziens qui peuvent être conservés dans différents environnements, fournissant ainsi des indices cruciaux pour les stratégies de conservation.

L'Amazonie brésilienne est confrontée à des menaces sans précédent, notamment l'augmentation de la déforestation et de la dégradation (incendies, sécheresses extrêmes, extraction de bois et effets de lisière) qui ont un impact collectif sur la moitié de la zone forestière d'origine. Les microbes du sol amazonien sont des indicateurs sensibles de la conversion des terres, qui a été liée à une augmentation des émissions de méthane microbien et des gènes résistants aux antibiotiques. Cependant, les communautés fongiques du sol ont été négligées dans les études sur l'utilisation des terres dans la région, avec des résultats incohérents d'une publication à l'autre. En outre, leurs réactions à la dégradation des forêts sont encore inconnues. Notre objectif est de combler ces lacunes en évaluant les communautés fongiques mycorhiziennes totales et à arbuscules dans les sols de l'est de l'Amazonie brésilienne. Des échantillons seront prélevés dans une forêt naturelle et dans des forêts soumises à divers processus de dégradation, ainsi que dans un pâturage et un champ de soja. Notre projet permettra d'élucider les liens complexes entre la dégradation des forêts, le microbiome du sol et la santé du sol, contribuant ainsi à la conservation et à la gestion durable du biome amazonien.

Le nombre d'espèces fongiques à Madagascar est inconnu. Ralaiveloarisoa (2022) a estimé qu'il pourrait y avoir entre 84 000 et 140 000 espèces à Madagascar, alors que moins de 1000 espèces (moins de 2%) ont été décrites. Beaucoup de ces espèces sont déjà menacées par l'agriculture itinérante et risquent de disparaître sans qu'on les connaisse. Ainsi, le métabarcodage de la communauté fongique serait impératif pour augmenter les connaissances sur les champignons malgaches plus rapidement que ne le permettent les méthodes traditionnelles avant qu'ils ne disparaissent. L'objectif est de produire des codes-barres ADN de l'ensemble de la communauté fongique au sein d'un échantillon en utilisant la technologie de séquençage ADN à haut débit et de comprendre plus rapidement la distribution et les rôles écologiques des champignons. Les résultats nous permettront de comparer la diversité fongique des forêts humides du centre et de l'est de Madagascar à celle présente dans les forêts sèches du sud-ouest. Les données produites au cours de ce projet augmenteront le nombre de séquences présentes dans les dépôts publics afin qu'elles puissent également être utilisées pour évaluer le statut de conservation des espèces malgaches.

Abritant plusieurs espèces endémiques, moins de 10 % du territoire de Paraíba, au Brésil, est officiellement protégé, dont 6 % de la forêt atlantique et seulement 1,2 % de l'ancienne formation de Caatinga. La déforestation, l'exploitation minière, l'extraction excessive de produits forestiers, les incendies, la surcharge animale sont quelques-unes des actions qui ont conduit à une plus grande fragmentation et menacé la survie des restinga, des fragments forestiers et des enclaves de Caatinga dans l'État. Connaître les communautés fongiques locales et la façon dont elles sont reliées entre les différents environnements nous permettra d'identifier des taxons potentiels à utiliser dans les stratégies de restauration des zones déjà si affectées. Nous proposons trois hypothèses : 1) la communauté fongique ectomycorhizienne est plus importante dans les régions humides de l'enclave de Caatinga que dans les restinga et les forêts ; 2) la composition des champignons dans les sols des restinga est différente de celle des sols forestiers, avec certains parallèles concernant les espèces plus résistantes ; 3) les restinga du nord-est ont une communauté ectomycorhizienne plus diversifiée que celle du sud du Brésil. Cette hypothèse sera testée à l'aide des données obtenues dans le cadre du projet SPUN Grantee dirigé par le Dr. Maria Alice Neves(How are mycorrhizae communities distributed in the mangrove, restinga and forest in Santa Catarina Island ?) Les données produites dans le cadre de ce projet nous permettront de comprendre comment l'habitat détermine le gradient de diversité ectomycorhizienne et comment les communautés du sol sont structurées dans ces écosystèmes. Nous espérons également fournir une vue d'ensemble plus complète des communautés fongiques de la restinga en combinant les données générées dans deux régions du pays. Le développement de cette proposition améliorera notre compréhension des communautés en complétant les études de taxonomie macrofongique précédemment menées, et permettra la formation de spécialistes dans l'étude des mycorhizes, favorisant la formation de groupes de recherche axés sur la diversité ectomycorhizienne.

La chaîne de montagnes de l'Hindu Kush, dans l'Himalaya, est un point chaud de la biodiversité, mais la diversité des champignons du sol y est encore sous-explorée. Elle présente de larges gradients environnementaux d'altitude ainsi que des gradients géographiques et temporels de précipitations. Ces montagnes abritent de nombreux arbres ectomycorhiziens comme les chênes, les pins et les cèdres. Ces sites seront explorés à la recherche de champignons ectomycorhiziens (EMF), notamment dans les forêts tempérées sèches et humides du Pakistan. Les forêts tempérées humides sont situées à Kaghan et Bahrian et les forêts tempérées sèches à Kalam et Parachinar. Les champignons ectomycorhiziens seront identifiés par amplification de l'ITS ainsi que de la région LSU (SSU, rpb si nécessaire). Les échantillons de sol seront analysés par séquençage illumina. La répétition de l'échantillonnage tout au long de l'année permettra de mieux déterminer les différences entre les saisons, en particulier par rapport à la mousson qui est un événement climatique clé dans la région où 80 % des précipitations annuelles tombent en trois mois. Les schémas de précipitations contrastés entre les habitats et les saisons permettront d'identifier les forces motrices de la distribution des taxons EMF en relation avec ce paramètre environnemental clé. Les données obtenues dévoileront le trésor caché des taxons fongiques symbiotiques des racines des plantes souterraines.

Les Podocarpaceae sont une famille de conifères présents dans les forêts à canopée fermée des tropiques, généralement sur des parcelles isolées de sol peu fertile. Les raisons de cette association ne sont pas claires. Cependant, la présence de racines fines nodulées fait partie de leurs adaptations à la limitation des nutriments. Bien qu'il n'y ait pas de preuve convaincante que la fixation de l'azote a lieu dans ces structures, des résultats préliminaires montrent que les nodules sont fortement colonisés par des champignons, y compris des mycorhizes à arbuscules et d'abondants Léotiomycètes. Nous profiterons de la diversité des habitats occupés par les espèces de podocarpes au Panama pour séquencer et identifier les symbiotes présents dans les racines et le sol environnant sur six sites situés sur les îles côtières des Caraïbes et du Pacifique, ainsi que dans les forêts de plaine et de montagne. Ces sites représentent presque toute la gamme des types de climat dans lesquels les Podocarpus sont présents sous les tropiques. Nous déterminerons également si les nodules abritent des communautés fongiques distinctes des sections de racines fines adjacentes non nodulées. Notre équipe de recherche comprend des étudiants de troisième cycle et des collaborateurs panaméens engagés dans la conservation et la gestion des plantes rares du Panama. Les résultats de cette étude permettront de mieux comprendre la fonction des nodules chez les podocarpes et la façon dont ces plantes inhabituelles ont survécu dans les forêts tropicales dominées par les angiospermes.

Le projet vise à répondre aux questions suivantes :(i) comment les communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) sont-elles structurées le long des zones indigènes et impactées (dégradées) du sud de l'Amazonie ? (ii) Les AMF habitent-ils et colonisent-ils la litière de feuilles de l'Amazonie ? (iii) Comment les communautés d'AMF diffèrent-elles entre le sol et la litière adjacente ? (iv) Quel est le degré de perte de diversité et de groupes fonctionnels entre les zones vierges et les zones dégradées - Quel est l'impact de la dégradation ? et(v) Quelles et comment les propriétés du sol et de la litière peuvent influencer la composition des communautés d'AMF dans différentes conditions de conservation ? Le projet représente une étude pionnière sur le séquençage environnemental des champignons mycorhiziens dans le sol et la litière en Amazonie. L'Amazonie abrite l'une des plus grandes parts de la biodiversité mondiale, en particulier des espèces végétales qui peuvent contribuer à une énorme diversité de micro-organismes dans le sol et la litière. Cependant, c'est le biome brésilien qui compte le moins d'inventaires de diversité pour de nombreux groupes de champignons, tels que les champignons microscopiques, en particulier dans la partie sud de l'Amazonie, où aucun travail n'a été publié.

Les forêts boréales de Mongolie se trouvent à la limite sud de la taïga et constituent une transition vers le biome forêt-steppe. Ces forêts, composées principalement de mélèzes de Sibérie (Larix sibirica), de pins de Sibérie (Pinus sibirica), de pins sylvestres (Pinus sylvestris), de pins blancs du Japon (Betula platyphylla) et d'épicéas de Sibérie (Picea obovate), connaissent des températures hivernales extrêmement basses avec un gel profond du sol, et sont fortement limitées par les précipitations.

Il existe peu d'études publiées sur les communautés ectomycorhiziennes dans les forêts mongoles. Cependant, des études menées dans d'autres biomes ont montré que certains genres d'arbres ont une gamme étroite de taxons ectomycorhiziens. Dans ce projet, nous étudierons les communautés ectomycorhiziennes dans les forêts mixtes et monospécifiques de la zone protégée de Bogd Khan, à Umnudelger, Binder soum, province de Khentii, et dans le site du patrimoine mondial de Burkhan Khaldun. Alors que la zone protégée de Bogd Khan est proche d'Oulan-Bator, le site du patrimoine mondial de Burkhan Khaldun est une zone vierge éloignée. Sur ces sites, nous collecterons des sols et des racines fines, et nous évaluerons la communauté ectomycorhizienne dans les sols en utilisant la métagénomique. La communauté ectomycorhizienne sur les racines fines sera évaluée en morphotypant les ectomycorhizes, et l'identification finale en utilisant les séquences d'ADN. Nous prévoyons que, dans ces conditions extrêmes, un certain nombre de taxons ectomycorhiziens uniques seront identifiés. Le projet sera réalisé à l'Université des sciences de la vie de Mongolie et à l'Institut d'écologie forestière de BOKU, à Vienne.

L'Amazonie brésilienne subit la pression constante de l'exploitation forestière illégale et de l'ouverture de nouvelles zones pour l'élevage de bétail et l'agro-industrie. La partie de ce biome présente dans l'État de Maranhão est limitée à de petites zones telles que la réserve biologique de Gurupi. L'accès à la diversité des champignons, en particulier des champignons mycorhiziens à arbuscules, dans cette zone de forêt tropicale non répertoriée jusqu'à présent est important pour (i) vérifier comment les communautés de champignons mycorhiziens répondent aux impacts anthropogéniques ; (ii) sélectionner des espèces résistantes susceptibles d'être utilisées dans des stratégies de régénération de l'environnement. Trois types d'utilisation des terres seront sélectionnés : Une forêt ancienne, une forêt secondaire et une forêt brûlée. Pendant la saison sèche, chaque type d'utilisation du sol sera échantillonné en trois exemplaires, au sommet des collines et dans les basses terres. Les échantillons de sol seront prélevés selon le protocole d'échantillonnage SPUN. L'ADN sera extrait de chaque échantillon de sol et amplifié pour le séquençage à l'aide d'Illumina. Des glomérospores seront également collectées pour l'identification morphologique. Nous procéderons à l'extraction et à la quantification des fractions de glomaline ainsi qu'à l'analyse chimique et physique du sol.

Les écosystèmes de dunes côtières des îles-barrières le long des baies du sud du Texas dans le nord du Golfe du Mexique fournissent d'importants services écosystémiques tels que l'habitat de la faune et de la flore et servent de première ligne de défense contre les ouragans et l'élévation du niveau de la mer. Ils représentent un système unique car les estuaires et les baies du sud du Texas entourant les îles-barrières s'étendent le long d'un gradient de salinité (de 8 ppt à 40 ppt) mais sont considérés comme des écosystèmes à risque car ils sont également soumis à différents degrés de dégradations naturelles et anthropogéniques, y compris la pollution par les hydrocarbures. Il s'agit d'un système idéal pour étudier la diversité du mycobiome de l'écorégion, car il peut servir de substitut spatio-temporel des impacts des changements environnementaux sur les communautés fongiques souterraines. Notre projet vise à évaluer la diversité des communautés mycorhiziennes (et du mycobiome du sol) dans les écosystèmes dunaires côtiers des îles-barrières et la manière dont l'environnement et les changements concomitants façonnent ces communautés. Les connaissances acquises grâce à cette étude peuvent contribuer à la conservation des communautés souterraines et à la gestion du littoral, et éventuellement aider à trouver des solutions basées sur la nature pour la conservation et la réhabilitation des habitats des îles-barrières.  

Dans le département de Castro Barros (province de La Rioja, Argentine), il existe une forme de culture ancestrale qui est encore vivante aujourd'hui. Les agriculteurs y ont une connaissance approfondie de l'environnement qui, associée à leurs pratiques héréditaires de gestion des sols, rend possible la culture du maïs et de la courge dans les zones les plus arides du désert de Monte. Ce projet propose d'étudier la diversité des mycorhizes à arbuscules présentes dans cette forme ancestrale de culture et dans le Desierto del Monte environnant. Notre hypothèse est que ces pratiques de gestion des agroécosystèmes conservent une grande diversité de champignons mycorhiziens à arbuscules. Les résultats obtenus démontreront les précieuses connaissances de ces agriculteurs pour réaliser une agriculture régénératrice dans le désert, et valoriser pour la société les produits qu'ils obtiennent sans intrants chimiques.

Dans les forêts pluviales tempérées côtières de la forêt nationale de Tongass, l'une des plus grandes migrations de biomasse de la mer vers la terre a lieu lorsque les saumons du Pacifique retournent dans leurs rivières d'origine pour frayer. Le saumon apporte un immense flux de nutriments d'origine marine dans le système terrestre, nourrissant les animaux, les forêts et le peuple Lingít pendant des milliers d'années. Une telle impulsion annuelle de nutriments peut rapidement augmenter les nutriments disponibles pour les plantes, mais les preuves sont mitigées quant à la manière dont ces apports de nutriments affectent la composition des communautés de plantes terrestres. Malgré l'importance des champignons mycorhiziens et saprotrophes dans la médiation du cycle des nutriments, on en sait encore moins sur la manière dont les champignons sont affectés par les nutriments d'origine marine provenant des retours de saumons. L'objectif principal de ce projet est de comprendre comment les apports en nutriments du saumon dans les forêts pluviales tempérées côtières affectent les communautés microbiennes du sol et comment ces microbes peuvent affecter la composition des communautés végétales dans un climat changeant. En particulier, nous nous concentrerons sur l'abondance et la diversité des champignons mycorhiziens qui s'associent à des plantes culturellement importantes et vulnérables telles que le cèdre jaune, la pruche et plusieurs types de baies. En fin de compte, cette étude fournira des informations essentielles sur le rôle microbien du cycle des nutriments d'origine marine dans ces forêts anciennes très productives.

Le projet s'intitule "Étude des champignons mycorhiziens souterrains pour la restauration du paysage dans les hautes terres de Miombo au Burundi". Le projet vise à générer des données de haute qualité sur la diversité souterraine des champignons ectomycorhiziens dans les forêts de miombo. L'échantillonnage sera effectué précisément dans les provinces de Buhunnyuza et d'Isale. Le travail sur le terrain comprendra diverses tâches telles que la collecte d'échantillons de sol et de racines et la réalisation d'enquêtes auprès des planteurs. Tous ces travaux seront documentés à l'aide de caméras GoPro. Un sous-échantillon de sol sera utilisé pour le métabarcodage de l'ADN, tandis qu'un autre sera utilisé pour évaluer la densité et l'abondance des spores d'AMF. Les sous-échantillons de sol seront conservés à -80°C jusqu'à ce que nous commencions le travail de laboratoire. Des échantillons de racines fines seront prélevés et conservés dans de l'éthanol afin de documenter et d'illustrer les rapports de dépendance à l'ECM. Les résultats du projet élucideront les liens entre les arbres indigènes et la diversité des champignons ECM et soutiendront les efforts des communautés locales pour restaurer le paysage à partir de ces espèces forestières indigènes.

Les écosystèmes alpins de la région himalayenne sont essentiels à la régulation des ressources en eau, à la préservation de la biodiversité, au stockage du carbone et à la fourniture d'habitats indispensables à une flore et une faune uniques, ce qui contribue de manière cruciale à la subsistance de millions de personnes. Toutefois, l'empiètement des forêts dans ces régions alpines de haute altitude constitue une grave menace, car il perturbe leur équilibre délicat et met en péril les services écologiques qu'elles fournissent, y compris en dessous de la biodiversité. Grâce à la subvention SPUN, cette étude examine l'impact de l'expansion des forêts sur la biodiversité souterraine, en particulier la communauté fongique du sol, dans trois écosystèmes alpins de l'Himalaya oriental du Bhoutan. L'expansion des forêts a créé un écotone forestier-alpin important, ce qui nous permet de comparer les communautés fongiques dans la forêt, l'écotone et les zones alpines. L'empiètement des forêts n'a pas seulement des ramifications écologiques, mais aussi de profondes implications sociales, car ces écosystèmes sont des terrains de parcours alpins cruciaux pour le bétail, qui assurent la subsistance des communautés pastorales. C'est pourquoi cette étude explore également les impacts sociaux de l'expansion des forêts sur ces pâturages alpins. En abordant ces deux dimensions écologiques et sociales, cette recherche vise à fournir une compréhension globale des conséquences de l'expansion forestière dans les écosystèmes alpins, en aidant à la formulation de stratégies de conservation et de gestion durables.

Le Chili central fait partie d'un point chaud de la biodiversité mondiale. Cet écosystème méditerranéen comprend de nombreuses plantes sclérophylles endémiques. Il est actuellement menacé car il s'agit de la zone la plus densément peuplée du pays et d'un centre agricole. Cette zone présente la plus grande diversité de plantes vasculaires et constitue le centre de diversité de certains genres tels que le genre d'orchidée Chloraea. Certaines espèces d'orchidées chiliennes sont gravement menacées et des mesures urgentes sont nécessaires pour assurer leur conservation à long terme. Les orchidées chiliennes sont terrestres et s'associent à des champignons mycorhiziens (généralement de type Rhizoctonia) qui sont essentiels à leur germination et à leur croissance et survie ultérieures. Pour établir des programmes de propagation, de conservation et de restauration des orchidées chiliennes, il est nécessaire de bien comprendre la diversité et la distribution de leurs partenaires fongiques. En particulier, nous avons besoin de comprendre la spécificité orchidée-champignon, car les orchidées rares et/ou menacées pourraient être limitées par la présence de champignons orchidiens spécifiques dans le sol. Dans ce projet, nous visons à comprendre la diversité des champignons mycorhiziens dans le sol à proximité de différentes espèces d'orchidées trouvées dans un gradient latitudinal au Chili central et à comparer cette diversité avec les espèces fongiques que l'on peut trouver à l'intérieur du système racinaire des plantes.

Le sud-ouest du Nigeria fait partie des forêts guinéennes d'Afrique de l'Ouest et constitue un point chaud de la biodiversité, composé de forêts tropicales humides, de forêts de mangrove, de forêts d'altitude et de bois sacrés. La végétation dense des différentes strates de la canopée de ces forêts constitue un habitat favorable pour une faune variée, allant d'animaux comme les chimpanzés, les singes et les oiseaux à des populations microbiennes telles que les champignons mycorhiziens et les espèces bactériennes. Toutefois, quelques-uns de ces écosystèmes sont actuellement protégés par les communautés locales en raison de leur richesse en espèces et de leur endémisme. Ces caractéristiques particulières font donc de ces écosystèmes forestiers des sujets clés pour les études sur la conservation et la gestion de la biodiversité. Le sud-ouest du Nigeria se compose de six États principaux : Ekiti, Ondo, Osun, Ogun, Oyo et Lagos. Dans nos recherches précédentes, nous nous sommes concentrés sur la cartographie des communautés de champignons mycorhiziens arbusculaires (AMF) dans les racines et les sols d'une réserve forestière de l'État d'Ekiti afin d'identifier les réseaux d'interaction plante-fongus. Nos résultats préliminaires ont identifié des espèces de champignons mycorhiziens appartenant aux familles Glomeraceae, Acaulosporaceae, Gigasporaceae, Diversisporaceae, Ambisporaceae et Paraglomeraceae comme étant associées aux sols et aux espèces d'arbres dans une forêt tropicale humide de l'État d'Ekiti. L'étude indique en outre qu'il existe un réseau de partage mycorhizien entre les espèces d'arbres. Par conséquent, la subvention SPUN Underground Explorer déterminera comment la diversité et la structure de la communauté des champignons mycorhiziens diffèrent dans deux autres États, Ondo et Osun. Plus précisément, nous utiliserons le protocole d'échantillonnage établi par SPUN, les analyses moléculaires des échantillons de sol et de racines et le métabarcodage de la région 18S SSU rDNA pour caractériser les communautés de champignons mycorhiziens dans les sites d'étude. En outre, nous identifierons les espèces végétales perdues dans les zones dégradées des forêts par rapport aux zones vierges et nous verrons comment la diversité et l'abondance des mycorhizes diffèrent le long des différents gradients d'altitude (hautes et basses terres) des écosystèmes forestiers. Notre projet porte spécifiquement sur les objectifs de développement durable ; nous éclairerons donc les communautés locales, hommes et femmes, sur les aspects suivants : 11 (utilisation durable des communautés forestières), 14 (influence des réseaux de mycorhizes sur la régulation du climat, le cycle des nutriments et la stabilité des écosystèmes) et 15 (lutte contre la déforestation, arrêt de la dégradation des sols et perte de biodiversité telle que les microbes des plantes et du sol). Les communautés locales seront formées pour mieux comprendre les champignons mycorhiziens et le protocole d'échantillonnage des sols. L'accent sera mis sur le rôle des mycorhiziens dans l'écosystème terrestre et dans la conservation des forêts, tout en menant une campagne contre la surexploitation des ressources forestières. Pour faciliter l'apprentissage, des posters, des affiches et d'autres représentations picturales/vidéos sur les protocoles d'échantillonnage et l'importance des champignons mycorhiziens pour la stabilité et l'équilibre de l'écosystème seront utilisés. Ces activités visent à mettre en place des initiatives communautaires de conservation et de gestion des sites forestiers.

Les régions de haute altitude sont uniques de par leur biodiversité et font partie de celles qui sont confrontées au taux le plus élevé de changement climatique. Ce changement entraîne de nombreuses modifications irréversibles dans les écosystèmes de haute altitude, ce qui rend nécessaire l'élucidation de la biodiversité unique qui y est présente. Ce projet vise à tester l'effet de la température et des précipitations sur la diversité mycorhizienne en utilisant les gradients climatiques naturels de l'Himalaya occidental comme indicateur du climat. Outre l'effet du climat, nous testerons également l'influence de la diversité et des caractéristiques des plantes sur la diversité mycorhizienne. Pour atteindre l'objectif du projet, nous prévoyons d'échantillonner un total de 25 localités dans la région de l'Himalaya occidental. Ces localités représenteront une combinaison factorielle de températures et de précipitations. Pour estimer la diversité mycorhizienne, un fragment de 2,5 kb de l'ADNr sera séquencé. Nous impliquerons les populations locales et les chercheurs de la région de l'Himalaya dans le travail du projet. Nous espérons produire au moins une publication scientifique dans une revue écologique évaluée par des pairs. Les résultats du projet seront diffusés au public scientifique ainsi qu'au grand public afin d'en maximiser l'impact. Tous les ensembles de données générés au cours de ce projet seront en libre accès et pourront être utilisés par tous après leur publication.

Les forêts de montagne du Mont Cameroun et de Bioko appartiennent à la chaîne volcanique qui s'étend vers le nord le long de la frontière entre le Cameroun et le Nigeria, et vers le sud-ouest jusqu'aux îles de São Tomé, Príncipe et Annobón, et s'étend jusqu'aux hauteurs de l'île de Bioko Bioko (Guinée équatoriale). Le versant occidental du mont Cameroun est probablement la zone la plus diversifiée et la plus riche de la montagne. C'est la seule région d'Afrique occidentale et centrale où l'on trouve un gradient de végétation vierge de forêt tropicale sempervirente de plaine qui commence au niveau de la mer, traverse des forêts de montagne, des prairies de montagne et des prairies alpines près du sommet. Ce lien entre les écosystèmes est la principale source de la grande diversité biologique de la région. Six principaux types de végétation ont été identifiés sur la montagne. La forêt pluviale de plaine (0-800 m au-dessus du niveau de la mer), la forêt sub-montagnarde (800-1600 m au-dessus du niveau de la mer), la forêt de montagne (1600-1800 m au-dessus du niveau de la mer), le fourré de montagne (1800-2400 m au-dessus du niveau de la mer), la prairie de montagne (2000-3000 m au-dessus du niveau de la mer), et la prairie sub-alpine (3000-4100 m au-dessus du niveau de la mer). L'objectif général de ce projet est de déterminer la diversité des champignons mycorhiziens associée à la diversité des ressources floristiques dominantes du Mont Cameroun. Cependant, cette étude se concentre sur la réponse à des questions telles que : Les différents écosystèmes forestiers des forêts montagnardes du Mont Cameroun et de Bioko ont-ils les mêmes types de champignons mycorhiziens ? La diversité floristique des types de sol de chaque écosystème forestier détermine-t-elle les types de champignons mycorhiziens à arbuscules présents ? Les activités anthropiques menées dans cette zone ont-elles un impact sur la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules ? Notre engagement dans ce projet implique également les communautés locales. En accord avec les objectifs de développement durable, nous nous concentrerons sur : - Eduquer les communautés locales sur l'utilisation des CMA et leur importance dans la production agricole à travers des vidéos et des explications dans les langues locales (SDG - 4 et SDG -2). - Leur montrer l'impact de leurs diverses activités anthropogéniques sur la vie des champignons mycorhiziens du sol, tout en soulignant leur responsabilité en matière de conservation de la biodiversité (ODD -12). - Les hommes et les femmes des communautés locales seront éduqués ensemble, sans distinction ni priorité (ODD -5).

En Californie, la région de la vallée centrale s'étendait autrefois sur des prairies luxuriantes composées de graminées vivaces et d'herbes endémiques propres à une région au climat méditerranéen. Cependant, la colonisation et l'urbanisation qui s'en est suivie ont considérablement modifié cette précieuse écorégion. Les sites de l'ensemble du paysage ont subi des menaces aggravées dues au surpâturage, à la sécheresse, à la modification du régime des incendies et à l'invasion particulièrement intense d'espèces européennes. Les mesures de conservation actuelles comprennent la protection des habitats restants, l'amélioration de la gestion et, si possible, la conversion des terres en prairies restaurées. Ce projet contribue à ces efforts en étudiant la manière dont la communauté microbienne du sol a changé le long d'un gradient d'invasion. Par exemple, les associations avec des symbiotes fongiques pourraient conférer des avantages compétitifs ou provoquer des maladies dans la communauté réceptrice qui contribuent au succès de l'invasion. Nous en apprendrons davantage sur la manière dont les champignons participent à la modification du paysage, soit en tant que conséquence, soit en tant que vecteur de l'invasion des prairies.

À la limite orientale du Texas Hill Country, l'intersection des écorégions du plateau d'Edwards et de la prairie noire crée un point chaud de biodiversité et abrite un certain nombre d'espèces endémiques à tous les niveaux trophiques. C'est là que les efforts de restauration du programme de recherche Hill Country se déroulent au Lady Bird Johnson Wildflower Center, le jardin botanique de l'État du Texas. Au cours des 23 dernières années, les gestionnaires des terres et les chercheurs ont eu recours à des brûlages dirigés et à des traitements de fauche pour lutter contre la propagation de la plante envahissanteBothriochloa ischaemum var songarica et promouvoir la biodiversité dans une savane de chênes d'une superficie de 75 acres. Les données sur la végétation qui en résultent suggèrent que la saisonnalité et la fréquence de ces perturbations peuvent avoir un impact significatif sur la composition et la productivité de la communauté végétale (Ewing et al, 2005). Les effets des traitements de restauration sur les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) associés n'ont pas encore été étudiés. L'étude de la réponse des communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules dans ce système permet d'établir un lien mécanique entre la perturbation et la régénération de la communauté végétale. Les principaux objectifs de cette étude sont 1) d'identifier les AMF uniques aux clairières calcaires et aux prairies résiduelles du sud des États-Unis, et 2) d'explorer l'impact des efforts de restauration à long terme sur la diversité et la distribution des communautés d'AMF de l'écorégion.

Notre projet vise à étudier la variation et la complexité des communautés fongiques dans différents lieux géographiques du Honduras : Wampusirpe, Gracias a Dios ; Catacamas, Olancho ; Tegucigalpa, Francisco Morazán y La Esperanza, Intibucá. En collectant 108 échantillons provenant de quatre sites différents, l'étude utilisera le métabarcodage de l'ARNr 16S et des régions ITS, à l'aide de la plateforme Illumina MiSeq, pour comprendre la diversité fongique dans les forêts tropicales humides, les terrains montagneux, les prairies et les paysages urbains. La recherche met l'accent sur la relation entre les pratiques d'utilisation des terres, les gradients écologiques et la structure des communautés fongiques. Cette exploration approfondie est très importante pour comprendre la dynamique des écosystèmes et fournira des informations précieuses pour les stratégies d'agriculture durable, de conservation et de gestion des terres. La collaboration avec les communautés indigènes, la connaissance de l'agriculture à petite échelle et l'alignement sur la mission de la Société pour la protection des réseaux souterrains (SPUN) font partie intégrante de cette recherche écologique vitale et fournissent des données précieuses pour les initiatives de conservation à l'échelle mondiale.

Les territoires insulaires français du sud de l'océan Indien (îles "subantarctiques" et "Eparse") font partie des habitats les plus isolés de la planète. Ils sont protégés par le gouvernement français dans le cadre des "Terres australes et antarctiques françaises" (TAAF, https://taaf.fr/), qui limitent considérablement les impacts humains et les introductions biologiques, et préservent la flore et la faune locales et menacées d'extinction. Ces îles volcaniques ont émergé il y a entre 130 millions et 700 000 ans et ont façonné des habitats uniques tels que des écosystèmes côtiers, de toundra et de tourbières, influencés par les vents tropicaux ou d'ouest. Sur ces îles, des études récentes ont révélé une majorité de champignons non classifiés, mais aucun champignon mycorhizien n'a encore été séquencé, alors que des observations ont été faites sur plusieurs plantes. Soutenus par la logistique de l'Institut Polaire Français (IPEV) et des TAAF, nous prélèverons des échantillons de sols dans différents districts : Crozet, Kerguelen et Amsterdam dans le secteur Subantarctique, et Tromelin dans le secteur Eparse, où la diversité des habitats fongiques reste largement inexplorée. Notre équipe d'experts se concentre sur la diversité mycorhizienne mais aussi sur les particules de poussière atmosphérique, ce qui nous permet d'évaluer dans quelle mesure la diversité locale peut être influencée par la dispersion à longue distance et les vents d'ouest qui traversent le sud de l'océan Indien.

La biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes à l'échelle mondiale sont fortement affectés par les activités humaines dans l'Anthropocène. Dans ce contexte, il a été proposé que les incendies intentionnels puissent être des promoteurs importants de la dégradation des écosystèmes. Les incendies anthropiques, qui font partie des changements d'utilisation des terres, entraînent des modifications dans la structure des réseaux d'interaction. Les sites perturbés où la végétation et d'autres organismes sont éliminés par le feu peuvent modifier les interactions des plantes avec les organismes situés au-dessus et au-dessous du sol. Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) colonisent les racines d'environ 80 % des plantes terrestres et jouent un rôle écologique crucial en ce qui concerne les schémas démographiques des espèces végétales en aidant à la colonisation des sites au cours des premiers stades de succession ou en permettant aux espèces végétales envahissantes de coloniser de nouveaux écosystèmes. En outre, elles sont impliquées dans de nombreux processus écologiques des plantes en surface, tels que la pollinisation, en raison de leur influence sur la production de fleurs. Cependant, les réseaux d'interaction entre les plantes, les pollinisateurs et les symbiotes fongiques sont peu étudiés, et les changements dans ces réseaux bipartites plantes-pollinisateurs et plantes-AMF ont encore moins été évalués dans la même étude en réponse à une perturbation. On ne sait donc pas ce qu'il advient de la structure des deux réseaux d'interactions bipartites (plante-AMF et plante-pollinisateur) dans une région soumise à des pressions anthropiques comme le Chaco Serrano. Dans cette étude, nous proposons d'évaluer l'influence des changements d'utilisation des terres (c'est-à-dire des incendies intentionnels) sur les réseaux d'interaction entre les plantes pollinisées par les papillons de nuit ("plantes sphingophiles"), leurs AMF et leurs pollinisateurs sphingidés dans la forêt du Chaco Serrano.

These forests have not been explored and are located between the provinces of San Martin and Lamas. The indano tree, although of high commercial value, has decreased in number and only a few individual patches remain, which are important for reforestation programs. However, these forests have been affected by deforestation, land use change, and loss of endemic species. The Peruvian Amazon has seven main soil types, with ultisols being the most common. Arbuscular mycorrhizal fungi have been observed to be tolerant of drought and soil acidity conditions. However, the biodiversity of these fungi in the Amazon basin has not been studied. It is hypothesized that there are significant differences in the diversity and structure of these fungi in trees of B. crassifolia in San Martín, Peru, both as a function of size and altitude.

Les populations mycorhiziennes jouent un rôle essentiel dans de multiples processus écosystémiques. Des recherches récentes ont établi un lien entre les types de souches mycorhiziennes et des fonctions spécifiques telles que la conservation de la biodiversité, l'augmentation du piégeage du carbone, l'amélioration de la fertilité des sols et le dépôt de macronutriments essentiels. L'étude de la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) dans tout écosystème, mais surtout dans les zones forestières, est un paramètre biologique important qui peut être utilisé pour évaluer les perturbations environnementales et les facteurs de stress climatiques inévitables. L'étude des mycorhizes indigènes du sol, telles que celles endémiques des forêts d'arganiers du Maroc, est une nécessité urgente pour contribuer à la conservation de la biodiversité, à la restauration des écosystèmes, à l'amélioration de la tolérance environnementale aux conditions locales, au faible risque écologique et à l'acclimatation rapide aux effets sévères du changement climatique. En effet, la biodiversité et les partenariats mutualistes entre les organismes microbiens et les plantes hôtes constituent la base de la stabilité et de la résilience de la plupart des écosystèmes.

Endémique au Maroc, l'arganier (Argania spinosa (L.) Skeels) est l'un des arbres les plus importants du Maroc. Des recherches ont montré que les forêts d'arganiers présentent de multiples avantages, notamment la capacité de préserver la stabilité écologique, d'améliorer la conservation de la biodiversité, de minimiser l'érosion des sols, de réduire la désertification et d'avoir une valeur socio-économique élevée (en raison de l'extraction de l'huile d'argan). Cependant, l'écosystème de l'arganier continue de souffrir d'une détérioration rapide et croissante due aux effets dévastateurs du changement climatique, des activités anthropogéniques et des pressions démographiques. Déclarées réserve de biosphère par l'UNESCO, les forêts d'arganeraie présentent un intérêt massif au Maroc. Pourtant, nous manquons d'études sur le rôle de la diversité des AMF et de la composition des communautés d'AMF dans les forêts d'arganiers du Maroc. Le projet proposé vise à utiliser des pipelines géospatiaux émergents pour cartographier les communautés mycorhiziennes des forêts d'arganiers et déterminer leur abondance, leur unicité (espèces et/ou souches) et leur diversité. Je m'intéresse en particulier aux niveaux d'endémisme fongique associés à cet arbre endémique. Des recherches antérieures ont montré que l'exploration des variantes locales des consortiums de champignons microscopiques et la sélection de symbiotes très performants peuvent grandement contribuer à la restauration des zones forestières dégradées, à l'amélioration de la biodiversité et à la conservation d'écosystèmes importants. Cependant, nous ne pouvons pas utiliser ces communautés locales si nous ne comprenons pas qui s'y trouve. En fin de compte, mon objectif est de déterminer la diversité des AMF associés aux écosystèmes de l'arganier par métabarcodage afin de protéger les réseaux mycorhiziens souterrains dans les régions du sud-ouest du Maroc, en particulier celles situées dans les zones édapho-climatiques. Il est prévu que cette étude aboutisse à la génération de données qualitatives relatives aux schémas de distribution de taxons spécifiques de ces AMF, ce qui est crucial lorsqu'il s'agit de déterminer les rôles fonctionnels, la spécificité des relations symbiotiques et la cooccurrence des espèces au sein de l'écosystème de l'arganeraie.

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La biodiversité des sols joue un rôle clé dans la fourniture de services écosystémiques. Il est impératif de conserver les organismes du sol et de les inclure dans les agendas politiques. La forêt du Mont Kenya est un point chaud de la biodiversité, mais la diversité de la plupart des biotes du sol est inexplorée. Les champignons mycorhiziens sont un élément clé des écosystèmes forestiers et influencent différents processus biogéochimiques. Ce projet comparera la diversité des champignons mycorhiziens dans les zones protégées et non protégées de la forêt du Mont Kenya. Il donnera un aperçu du statut des champignons mycorhiziens et contribuera à la conservation et à la surveillance de la biodiversité du sol.

À ce jour, la plupart des informations sur les champignons ectomycorhiziens (ECM) en Indonésie proviennent de la partie occidentale de Wallace (Sumatra, Java et Bornéo). En revanche, dans la région orientale de Wallace (Sulawesi, Moluques, Papouasie), les informations sont limitées. Dans le cadre du projet "Communautés fongiques ectomycorhiziennes dans la ligne orientale de Wallace", notre objectif est de générer une liste d'espèces ECM à Gandang Dewata, Sulawesi occidental, Indonésie, sur la base d'informations ADN. La région ITS et le LSU seront utilisés pour le métabarcodage, et le séquençage Illumina sera la plateforme de séquençage choisie. En outre, nous recueillerons davantage d'informations sur l'écologie de ces champignons ECM en évaluant leurs hôtes et les fructifications aériennes existantes (champignons). De nouvelles espèces, de nouveaux enregistrements et de nouvelles collections pourraient être obtenus grâce à ce projet.

Les forêts tropicales sèches sont des écosystèmes uniques qui sont rarement étudiés. Elles sont actuellement soumises à des menaces anthropiques constantes, telles que la déforestation et le changement climatique. Cependant, il existe très peu d'informations sur les communautés mycorhiziennes de ces types de forêts, en partie parce que l'attention s'est largement concentrée sur les écosystèmes les plus humides. Nous baserons notre étude sur l'un des derniers vestiges de ce type de forêt situé dans la communauté de Garachiné, dans la province de Darién, au Panama. Nous prélèverons de la terre dans cette zone et appliquerons ensuite des techniques moléculaires pour identifier les mycorhizes présentes. Notre projet est réalisé en collaboration avec des collègues de l'Université du Panama qui développent des études botaniques dans la région, ce qui nous permettra de mettre en relation la communauté mycorhizienne avec la flore typique de ce type d'écosystème. Nos résultats nous permettront de connaître la diversité des mycorhizes dans une zone jamais étudiée, ainsi que leurs relations possibles avec les espèces de plantes vasculaires présentes dans la forêt tropicale sèche. Les informations produites nous aideront à motiver la poursuite des recherches et la conservation de cet écosystème unique.

La cascade de Kota est un habitat exceptionnel situé au nord du Bénin. Dans cette localité, un cours d'eau oligotrophe provenant de la chaîne de l'Atakora a creusé dans les granites quartzitiques et forme de nombreux paliers pouvant atteindre une dizaine de mètres de profondeur, sur lesquels le cours d'eau tombe en cascades, entouré d'une forêt riveraine à feuilles persistantes, dans laquelle Berlinia grandiflora (Vahl) Hutch. & Dalziel, Isoberlinia doka Craib & Stapf, I. tomentosa (Harms) Craib & Stapf, Uapaca togoensis Pax et Breonadia salicine (Vahl) Hepper et J.R.I., dominent et poussent dans les vallées du ravin. La cascade de Kota présente une forêt riveraine, structurellement riche et naturelle en raison de la cascade qui rend l'habitat humide tout au long de l'année et de la végétation, ce qui fait de Kota un site de référence pour les recherches mycologiques en tant que hotspot d'espèces fongiques endémiques au Bénin. Pour mettre en évidence la diversité fongique cachée dans le sol de la cascade de Kota et leur importance écologique, ce projet vise à (1) évaluer la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) en fonction de l'état de santé du sol et (2) analyser la présence et la densité des réseaux mycorhiziens en mettant en évidence l'évolution des associations mycorhiziennes en fonction de la composition de la communauté végétale présente. Pour notre échantillonnage, nous identifierons cinq microhabitats : Bois, savane, forêt mixte sèche, forêt galerie et forêt dense dans ce complexe. Dans chaque microhabitat, nous prélèverons des échantillons de sol dont nous extrairons l'ADN en ciblant, amplifiant et séquençant la région de l'ARN ribosomique SSU à l'aide d'une approche PCR imbriquée. Nous pensons que la remarquable diversité de la flore de Kota reflète la communauté microbienne souterraine des habitats et que de nombreux taxons inconnus jusqu'à présent pourront être découverts et identifiés. Les populations indigènes proches de la cascade de Kota participent à ce projet.

Cette recherche vise à déterminer la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules dans les prairies et arbustes montagnards protégés et non protégés du plateau de Jos. Le plateau de Jos couvre environ 8600^{km2 et} est délimité par 300 à 600 escarpements. Son altitude moyenne est de 1280 mètres. Son écobiome est constitué de prairies et d'arbustes montagnards qui abritent des communautés de plantes et d'animaux des basses terres environnantes et constituent l'écorégion mosaïque de la savane forestière du plateau de Jos. Au total, 36 échantillons seront prélevés pour l'extraction de l'ADN des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF). Cette extraction sera suivie d'une PCR et d'une amplification des régions ITS2 et SSU afin d'identifier les champignons mycorhiziens à arbuscules à partir de l'ADN génomique du sol extrait. Le kit de codage rapide 98 V14 (SQK-RBK 114.96) sera utilisé, ce qui me permettra de multiplexer jusqu'à 96 échantillons. Le séquençage sera effectué à l'aide de la plateforme Illumina MiSeq pour les échantillons de métabarcoding. L'importance de ces données à collecter et de ces idées est de fournir une représentation réelle de la zone d'étude, ce qui sera également essentiel pour prendre des décisions éclairées et faire des déductions précises concernant la diversité et l'interaction des champignons mycorhiziens à arbuscules dans la zone d'étude. Les résultats de la recherche seront diffusés par le biais de publications scientifiques évaluées par des pairs et de médias de vulgarisation réputés. Mon équipe est composée d'un expert en étude mycorhizienne (microbiologiste du sol), d'un géographe, d'un étudiant en dernière année de sylviculture et d'un phytologue. À la fin de la recherche, les communautés locales et nous-mêmes comprendrons clairement la dynamique mycorhizienne à arbuscules propre à leur écorégion. Ils proposeront également un guide approprié pour restaurer et soutenir l'interaction mycorhizienne dans les prairies et arbustes montagnards non protégés du plateau de Jos.

La désertification de la mer d'Aral, qui était autrefois le quatrième plus grand lac du monde, a entraîné une dévastation écologique en Asie centrale. Les fonds marins exposés et l'eau de mer concentrée, dont la salinité extrêmement élevée dépasse même le niveau de la mer Morte, représentent un défi unique pour la restauration de la végétation. Il est intéressant de noter qu'il existe encore des halophytes domestiques qui se sont adaptées avec succès et qui prospèrent dans la région. Avec le soutien de SPUN, notre équipe de recherche enthousiaste de l'Académie des sciences d'Ouzbékistan, dirigée par le Dr Ilyor Mustafaev, en collaboration avec le Dr Soon-Jae Lee de l'Université de Lausanne, a entamé la première exploration souterraine de la mer d'Aral. Dans cette étude, nous étudions les communautés fongiques du sol ainsi que les champignons mycorhiziens qui soutiennent la croissance des plantes dans les régions asséchées de la mer d'Aral. Nous visons à caractériser la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules et d'autres champignons du sol à travers différents gradients de salinité et habitats dans le bassin de la mer d'Aral. Notre travail sur le terrain implique la collecte d'échantillons de sol à différents endroits du bassin de la mer d'Aral. Nous travaillons en étroite collaboration avec des collaborateurs locaux pour partager notre expertise en mycologie, en écologie végétale et en biologie moléculaire. Les résultats scientifiques attendus serviront d'atouts essentiels pour les futurs efforts de recherche en vue de la conservation locale de la mer d'Aral. Nos efforts de sensibilisation permettront de diffuser les résultats auprès des communautés locales en Ouzbékistan et dans les pays adjacents par le biais d'articles dans les médias et de présentations à l'Institut de botanique de l'Académie des sciences. Cette étude pionnière apportera des données importantes pour une modélisation écologique réussie de la diversité souterraine dans les régions à forte salinité en vue de la conservation et de la prévention de l'effondrement de l'écosystème. Compte tenu de la sécheresse plus fréquente attendue dans le monde entier, qui accompagnera le stress de la salinité pour la végétation terrestre, les résultats de ce projet auront une valeur non seulement pour le cas de la mer d'Aral, mais aussi pour l'ensemble du globe.

Co-PIs :

Congrès international des mycologues arméniens ou ICAM : Claudia Victoroff-Bashian, Patricia Ononiwu Kaishian, PhD, Arik Joukhajian, Tania Kurbessoian, PhD

Le Congrès international des mycologues arméniens (ICAM) mène une enquête nationale sur les champignons du sol dans la République montagneuse d'Arménie, ciblant des microclimats uniques allant de la forêt mixte caducifoliée humide aux écosystèmes semi-désertiques regroupés sur une petite zone géographique. La région du Caucase et l'Asie du Sud-Ouest sont considérées comme des régions très importantes pour la conservation des champignons (Dahlberg et al., 2010), mais les menaces anthropogéniques qui pèsent sur les paysages arméniens ne cessent d'augmenter. Alors qu'il est toujours impossible ou peu pratique de se rendre dans certaines parties des régions touchées, l'imposante menace de guerre a créé une extrême urgence pour les études de biodiversité dans les écosystèmes adjacents. Comprendre l'identité et la distribution des champignons dans cette région est primordial pour la conservation des plantes et des champignons, et pour contribuer à une compréhension globale de la biogéographie des champignons du sol, mais peu d'études ont été menées dans la région du Caucase du Sud et encore moins en Arménie par rapport à ses voisins. En comparant la composition des espèces de champignons à travers un gradient environnemental marqué dans la petite zone géographique de l'Arménie, ce projet fournira des informations essentielles sur l'impact des conditions biotiques du sol sur la distribution des champignons mycorhiziens.

Le maintien de la productivité des cultures en Afrique est un défi majeur étant donné que les systèmes de culture reposent sur de faibles apports externes organiques et/ou inorganiques avec une culture continue, ce qui conduit à l'épuisement des éléments nutritifs du sol. La dégradation des sols est une caractéristique distinctive affectant la plupart des ménages pauvres de l'Afrique rurale et ses nombreuses conséquences sont une préoccupation mondiale, mais l'impact sur les petits exploitants africains est une question urgente et elle est considérée comme un facteur limitant majeur pour atteindre la suffisance alimentaire des ménages dans la plupart des systèmes agricoles tropicaux et subtropicaux. Parmi les principaux éléments nutritifs des plantes (N, P, K), la plupart des sols cultivés dans le Sud sont déficients en P, et ce scénario est aggravé dans les sols acides fixateurs de P avec des concentrations élevées d'aluminium et de fer, en particulier dans les ferralsols et les nitisols humiques. L'insuffisance de P est un défi pour un système agricole durable au Kenya, entravant la recherche d'une amélioration de la production alimentaire pour une population croissante. Le biochar a été suggéré comme une approche organique prometteuse et plus durable de l'amendement des sols. La symbiose des champignons mycorhiziens arbusculaires (AMF), quant à elle, est associée à une absorption accrue du phosphore et à une amélioration de l'apport de P dans les sols acides où le phosphore est principalement lié au Fe, à l'Al ou au Ca. Le maïs(Zea mays L.) est une culture vivrière importante, en particulier en Afrique subsaharienne, et les statistiques montrent qu'au Kenya, de plus en plus de terres sont utilisées pour la production de maïs (à petite échelle) afin de répondre à la demande alimentaire future. Les carences en P et en N dans les sols kenyans entraînent une réduction de 50 % et de 43 % du rendement du maïs, respectivement, ce qui explique que la production de maïs n'ait pas suivi le rythme de la croissance démographique annuelle. 

Cette recherche vise à établir les processus par lesquels les applications de biochar dans les sols à faible teneur en P amélioreraient les rendements de maïs des petits exploitants agricoles dans les régions côtières semi-arides et montagneuses du Kenya en utilisant les voies du mycobiome du sol. Plus précisément, nous isolerons, criblerons et identifierons les espèces d'AMF indigènes des sols témoins, des sols traités au biochar et des sols traités au biochar-engrais, puis nous étudierons les variations des fractions de P du sol causées par les AMF indigènes, le biochar et les traitements au biochar-engrais dans les deux sites. Pour ce faire, le projet respectera les directives de collecte d'échantillons du SPUN et utilisera des techniques moléculaires avancées, telles que le métabarcodage de la région de l'ADNr.

L'utilisation du biochar, de la mycobime et de la plante comme voie(s) de transformation du P pour l'efficacité d'acquisition du P (PAE) par la diversité des espèces AMF indigènes et l'utilisation des AMF indigènes serait la méthode alternative la plus efficace et la plus durable pour améliorer la nutrition du P dans les sols dans le système de culture du maïs, assurant ainsi la réalisation des objectifs de productivité maximale du maïs. De même, les connaissances acquises après avoir compris comment le biochar influence la colonisation racinaire de la diversité des AMF indigènes dans le système de culture du maïs et comment les AMF améliorent la disponibilité du P dans les sols, seront utilisées pour développer un produit/une technologie à l'usage des petits exploitants agricoles qui connaissent constamment une faible productivité du maïs, afin d'améliorer leurs rendements grâce à l'utilisation de méthodes de production moins coûteuses et durables. Les collaborateurs locaux du projet comprendront diverses parties prenantes telles que des petits exploitants agricoles, des agents de vulgarisation agricole, des chercheurs d'universités ou d'institutions agricoles locales et des organisations communautaires. Ces collaborateurs locaux bénéficieront d'une meilleure connaissance des types d'AMF indigènes présents dans leurs sols et comprendront comment des espèces spécifiques d'AMF peuvent aider à optimiser les pratiques agricoles, telles que la sélection des cultures, la gestion des engrais et les stratégies d'irrigation, ce qui permettra d'améliorer les rendements des cultures et la productivité globale de l'exploitation. En fin de compte, il sera important d'établir des méthodes de fertilisation alternatives utilisant des sources organiques pour promouvoir l'agriculture durable au Kenya, en raison des effets économiques et écologiques causés par l'utilisation excessive d'engrais inorganiques dans le sillage du changement climatique.

Les écosystèmes forestiers tropicaux conservent les plus hauts niveaux de biodiversité, ce qui en fait de grands contributeurs à la biodiversité totale de la Terre. Le Mont Mabu est une montagne située dans le nord du Mozambique d'environ 1700 mètres couvrant approximativement plus de 7000 hectares. On estime que le mont Mabu est la plus grande forêt pluviale de moyenne altitude d'Afrique, abritant une faune diverse, inconnue des scientifiques. Jusqu'à présent, seule la végétation des pentes inférieures du sud-est a été décrite - bois, forêt et broussailles/plaques de roseaux sur la roche nue, le reste étant inconnu. Les champignons mycorhiziens, un groupe très important de micro-organismes du sol, sont présents dans de nombreux habitats mais les connaissances concernant leur présence dans les régions tropicales sont encore rares. Les structures de leurs communautés sont diverses entre les montagnes à différentes altitudes, en particulier dans les forêts tropicales humides. On s'attend donc à ce que le mont Mabu, en tant que forêt inexplorée, puisse représenter un hotspot pour de nombreuses espèces, y compris les micro-organismes du sol tels que les champignons mycorhiziens. Pour y remédier, l'échantillonnage, les efforts de collaboration et l'utilisation de méthodologies moléculaires sont encouragés. Notre projet a pour but d'échantillonner et d'isoler les champignons mycorhiziens en utilisant des techniques morphologiques et moléculaires et enfin d'essayer de les cultiver en laboratoire.

La région biogéographique du Chocó, en Colombie, est considérée comme l'un des points chauds de la biodiversité mondiale. Elle est fortement menacée par plusieurs actions anthropiques, telles que l'extraction de bois d'œuvre sans plans de gestion appropriés, l'exploitation minière et l'expansion des frontières agricoles. Pour ces raisons, il est nécessaire d'accroître les connaissances sur la zone, qui peuvent être utilisées dans les stratégies pour les plans de conservation et l'utilisation durable des ressources de cette région. Notre objectif est d'étudier les champignons ectomycorhiziens dans deux endroits du département de Chocó, l'un dans la forêt tropicale humide et pluviale de la municipalité de Nuquí, sous l'influence climatique de l'océan Pacifique, et l'autre dans la forêt tropicale humide de la baie de Capurganá, sous l'influence climatique de la mer des Caraïbes. Sur ces deux sites, nous travaillerons directement avec les communautés locales et les leaders environnementaux de la région pour renforcer le plaidoyer en faveur de la conservation et de la compréhension de la diversité fongique de cette zone biogéographique, afin que les communautés puissent s'approprier leurs ressources fongiques et les utiliser de manière appropriée. En outre, les informations seront partagées pour être utilisées dans de futures recherches sur la biodiversité, la systématique, la biogéographie, la restauration écologique ou même pour servir de base à la découverte de nouvelles espèces.

Humboldt a signalé que la richesse des espèces végétales tropicales diminuait avec l'augmentation de l'altitude et la diminution de la température. Les régions tropicales abritent la majorité de la biodiversité mondiale, mais, étonnamment, les schémas de la diversité végétale et fongique sur les montagnes tropicales n'ont pas encore été décrits. Alexander von Humboldt a fait l'ascension des volcans Chimborazo, Antisana et Pichincha en Équateur. Il a enregistré la distribution des espèces végétales et des zones de végétation le long de ses pentes et dans les parties environnantes des Andes. Nous proposons de suivre les étapes de ces trois expéditions de Humbold, en suivant un transect andin traversant 3,5 à 5 km d'altitude (équivalent à une gamme de températures annuelles moyennes de 6,5°-26,4°C) pour vérifier si les espèces fongiques du sol, en particulier les mycorhizes, la diversité et la composition suivent des modèles biogéographiques similaires avec des facteurs environnementaux partagés. Cette étude sera réalisée pour la première fois en Équateur. Avec l'aide des archives historiques de l'expédition de Humboldt.

On ne saurait trop insister sur le rôle crucial des champignons du sol dans le fonctionnement des écosystèmes et la biodiversité. Pourtant, leur diversité et leurs schémas de distribution restent encore inexplorés dans de nombreuses régions d'Afrique, y compris au Ghana. Ce projet vise à explorer la diversité des communautés de champignons du sol dans différents biomes terrestres au Ghana. Les réserves forestières d'Atewa Range, de Bobiri et d'Ankasa sont des réserves naturelles protégées situées respectivement dans le sud-est, le centre-sud et le sud-ouest du Ghana. Nous avons émis l'hypothèse que la diversité des champignons du sol varierait de manière significative dans ces habitats au Ghana. En utilisant le protocole d'échantillonnage du SPUN modifié à partir du protocole Silva Nova/SoilBon, nous collecterons des échantillons de sol dans ces endroits et utiliserons des techniques de séquençage à haut débit (PacBio) pour mieux comprendre les communautés fongiques complexes de ces mycobiomes. Certains membres de la communauté locale recevront une formation sur les protocoles d'échantillonnage des sols au cours de cette expédition. 

Les résultats de cette expédition seront d'une grande valeur à la fois pour les communautés locales étudiées et pour le monde entier, car la composition de la communauté fongique dans ces biomes sera révélée, ainsi que les moteurs de ces modèles de diversité. Cette étude servira également de référence pour plusieurs espèces fongiques endémiques et potentiellement nouvelles, qui mettront en évidence la biodiversité fongique riche mais encore peu explorée des sols ghanéens. Ces résultats seront également importants pour comprendre la santé de l'écosystème dans son ensemble, ainsi que pour éclairer les stratégies de conservation et améliorer les pratiques de gestion durable des terres face au changement climatique.

La restauration des prairies est une pratique de plus en plus répandue dans le monde entier, mais il est rare que l'on parvienne à obtenir une structure et une diversité des communautés végétales qui imitent les prairies anciennes. En fait, l'identification et la définition des prairies anciennes font l'objet d'un débat. Une structure de sol ancienne qui héberge diverses communautés microbiennes et fongiques peut être une caractéristique des prairies anciennes qui abritent une grande diversité de plantes et une structure complexe. L'homogénéisation de la structure du sol peut constituer une limite importante à la restauration des prairies, car l'environnement souterrain simplifié peut ne pas abriter une communauté souterraine diversifiée et de nombreuses plantes de prairies de "haute qualité" dépendent d'interactions mycorhiziennes spécialisées, plus que les espèces adventices répandues. En comprenant mieux comment la diversité mycorhizienne varie dans les prairies restantes, agricoles et restaurées, nous serons en mesure de comprendre si les prairies anciennes ont des communautés souterraines uniques et si la restauration peut augmenter la diversité des communautés du sol et dans quelle mesure cela est lié à la diversité des espèces végétales. Cela permettra d'identifier les prairies anciennes dans des endroits où l'historique de la gestion est incertain, fournissant ainsi des preuves pour soutenir la conservation d'écosystèmes de grande qualité. Ces résultats pourraient également guider les décisions concernant l'inoculation potentielle du sol tout au long du processus de restauration, afin de contribuer à la création de communautés pédologiques diversifiées. 

Les grandes plaines d'Amérique du Nord sont composées de vastes étendues de prairies à herbes courtes, mixtes et hautes. Chaque système est dominé par des espèces végétales uniques, comme Andropogon gerardii et Bouteloua gracilis . Les associations avec les champignons mycorhiziens à arbuscules jouent un rôle essentiel dans le maintien de la dominance des plantes dans ces systèmes, mais la distribution des champignons mycorhiziens à arbuscules dans cet important puits de carbone n'est pas bien connue. Avec l'augmentation de la fréquence et de la gravité des événements climatiques extrêmes, tels que la sécheresse, il est essentiel de comprendre comment ces événements modifient les associations plantes-fongus dans les Grandes Plaines. C'est pourquoi nous tirerons parti d'un réseau d'expériences de manipulation des précipitations récemment mises hors service pour étudier les effets potentiels de la sécheresse sur les communautés végétales et fongiques. Nous cherchons à mieux comprendre la distribution des genres AMF dominants, ainsi que la manière dont les sécheresses de différentes intensités influencent la composition de la communauté fongique à long terme. Nous nous associerons à des organisations locales à but non lucratif pour rencontrer les membres de la communauté, discuter de l'importance des champignons mycorhiziens dans la fourniture de services écosystémiques, et former les individus à étudier la diversité fongique autour d'eux.

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) jouent un rôle essentiel dans la restauration et la durabilité des écosystèmes. Ces champignons forment des relations symbiotiques avec les plantes afin d'améliorer leur croissance, de les protéger contre les pathogènes racinaires et le stress environnemental, et de promouvoir la stabilité de l'écosystème. Par conséquent, la compréhension de la diversité des AMF sera très importante pour les pratiques de gestion et de conservation de l'utilisation des terres, en particulier dans les régions semi-arides. Ce projet se concentrera sur la détermination de la diversité des champignons AMF dans la région semi-aride de Dodoma, en Tanzanie, en comparant trois sites : une réserve forestière naturelle, une plantation d'arbres et une prairie de pâturage. Les AMF seront identifiés sur 30 échantillons à l'aide de la région ITS de l'ADN et d'une technique de séquençage à haut débit utilisant la plateforme Illumina. Les données obtenues dans le cadre de cette étude permettront non seulement de comprendre comment les différentes utilisations des sols influencent la diversité des AMF, mais aussi de contribuer à la conservation et à la gestion de ces écosystèmes et, en fin de compte, de favoriser la résilience écologique.

La zone d'étude est constituée des fragments forestiers sacrés de Kaya Kauma et Kaya Chivara, classés au patrimoine de l'UNESCO, dans la région côtière du Kenya (38,5° E et 41,5° E, entre 0° et 5° S), à 300 m au-dessus du niveau de la mer. La région connaît des précipitations faibles et imprévisibles, avec des sécheresses sévères fréquentes. La région se caractérise par une grande variété de types de sols et de minéraux. Les deux fragments de forêt sacrée, distants de 10,7 km, formaient autrefois un paysage forestier continu. Ils sont interceptés par des terres agricoles et des habitations, par l'érosion des ruisseaux et des ravines profondes. Les communautés végétales forment des associations avec des mycorhizes ecto-mycorhiziens et arbusculaires. La plantation d'arbres est une activité courante dans la région, mais les preuves de réussite sont limitées. Les symbiotes racinaires sont négligés dans l'établissement des arbres, et pourtant la relation peut aller de facultative à obligatoire. L'intégration de l'association mycorhizienne dans la gestion des semis en pépinière est importante pour la survie et l'établissement ultérieur des semis d'arbres. L'utilisation de mycorhizes indigènes peut garantir un meilleur succès. 

Un total de 24 échantillons de sol et de corps de fruits ectomycorhiziens seront prélevés en différents points. Les échantillons et les spécimens seront transférés au laboratoire pour la caractérisation des espèces de mycorhizes ecto et arbusculaires et l'analyse des minéraux. Des méthodes morphologiques et moléculaires impliquant l'extraction d'ADN et l'amplification par PCR nichée seront utilisées pour l'identification. Une évaluation du potentiel de l'inoculum mycorhizien sera effectuée à l'aide de la méthode du nombre le plus probable (NPP). Une sensibilisation sera entreprise pour expliquer aux groupes de pépiniéristes communautaires le rôle des mycorhizes dans les fonctions de l'écosystème et la gestion des pépinières. Un questionnaire semi-structuré sera utilisé pour évaluer la gestion des plants. L'état mycorhizien des plants de quatre pépinières sera inoculé et planté près du paysage dégradé de la forêt sacrée. Des membres de la communauté et des écoliers seront sélectionnés pour participer à l'observation en laboratoire des champignons mycorhiziens.

Malgré l'importance des fonctions écologiques jouées par les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF), peu d'études ont été menées sur les AMF associés à des espèces végétales, en particulier le baobab au Malawi. En outre, l'écologie dans laquelle le baobab prospère ne supporte qu'un nombre limité d'espèces d'arbres. L'étude proposée vise donc à explorer le rôle possible des AMF sur la croissance et l'établissement des espèces de baobab dans les sites écologiques sélectionnés. L'étude sera menée au Malawi dans les districts suivants : Mangochi, Karonga et Salima. L'étude comprendra un échantillonnage du sol sur le terrain qui sera effectué en collaboration avec les communautés locales, suivi d'un travail en laboratoire. L'échantillonnage du sol sur le terrain suivra les protocoles standardisés de SPUN et il est prévu de collecter au moins 30 échantillons de sol. Le travail de laboratoire comprendra l'extraction de l'ADN, la quantification, l'amplification ainsi que la visualisation des produits PCR qui seront visualisés localement à l'aide d'une électrophorèse sur gel. En outre, l'ADN sera envoyé à un laboratoire externe pour un séquençage approfondi à l'aide de la plate-forme de séquençage nanopore d'Oxford. L'étude élucidera la diversité génétique des AMF associés au baobab et contribuera ainsi aux stratégies de conservation de la biodiversité. En outre, l'étude sensibilisera au rôle des AMF sur les espèces de baobab et contribuera à la science mondiale sur les AMF par le biais de publications et de clips vidéo.

Les Seychelles sont un archipel comprenant plusieurs sites uniques et importants sur le plan écologique : La Vallée de Mai sur Praslin, qui abrite la plus grande forêt de coco de mer intacte du monde et cinq autres espèces de palmiers endémiques ; l'atoll d'Aldabra, l'un des plus grands atolls coralliens surélevés du monde, avec d'importantes forêts de mangroves et des colonies d'oiseaux de mer ; et Mahé, où l'on trouve l'arbre à méduses, en danger critique d'extinction. Cependant, il existe peu de données sur la mycorhize dans les sols de ces écosystèmes. Des échantillons de sol seront collectés et analysés à l'aide du métabarcodage, en collaboration avec l'Université d'Oxford, afin d'étudier les associations mycorhiziennes dans ces espèces végétales endémiques clés et de comprendre leur rôle dans l'absorption des nutriments et la dynamique de l'écosystème. Plus précisément, ce projet vise à évaluer : a) les associations mycorhiziennes et leur contribution à l'absorption des nutriments dans les cocotiers qui prospèrent dans des sols pauvres en nutriments ; b) les associations mycorhiziennes avec la mangrove et les plantes terrestres dans les zones enrichies en nutriments pour les oiseaux de mer sur Aldabra ; et c) les associations mycorhiziennes avec l'arbre à méduses et leur rôle dans l'absorption des nutriments. 

Les forêts de Miombo sont des forêts tropicales saisonnières très répandues en Afrique, dominées par des espèces végétales appartenant aux genres Brachystegia, Isoberlinia et Julbernardia. Les forêts de Miombo sont économiquement importantes pour la production de bois, la collecte de bois de chauffage et la fourniture de produits forestiers non ligneux, entre autres. Les forêts de Miombo sont également importantes pour le cycle des nutriments en raison de leur capacité à former des associations symbiotiques avec des microbes tels que les champignons. Alors que les microbes tels que les champignons sont indispensables à la médiation des fonctions de l'écosystème, la diversité et la composition de ces microbes dans les forêts de Miombo sont mal comprises en raison de l'insuffisance ou de l'absence de connaissances. D'autres activités anthropogéniques telles que la déforestation, associées au changement climatique mondial, constituent des menaces pour les écosystèmes forestiers, y compris les forêts de Miombo. Par conséquent, dans notre projet, nous explorerons la diversité et la composition des champignons associés au sol et aux racines par le biais du barcodage de l'ADN fongique dans les forêts de Miombo, en intégrant des sites (inexplorés pour les microbes) en Zambie qui présentent des variations dans les facteurs abiotiques (par exemple, les conditions climatiques et la disponibilité des nutriments dans le sol). Les connaissances acquises dans le cadre de ce projet permettront de mieux comprendre l'interaction entre les espèces des forêts de Miombo et les microbes, contribuant ainsi à la gestion durable de ces forêts.

Nous cherchons à comprendre le rôle que jouent les champignons du sol et les associations plante-mycorhize dans la stabilisation de la limite des arbres dans la Cordillère des Andes orientale colombienne. La capacité des arbres des forêts andines à "migrer" et à trouver des températures adéquates dans un monde qui se réchauffe peut être limitée par l'absence de micro-organismes du sol appropriés et d'associations plante-mycorhize très spécifiques à des altitudes plus élevées. Pour comprendre le rôle que chacun de ces deux facteurs joue dans la détermination et la stabilisation de la limite des arbres, nous visiterons 10 sites autour de la ville de Bogota et, dans chacun d'eux, nous collecterons des échantillons de sol et de racines le long de 3 transects couvrant un gradient altitudinal allant de la forêt des hautes Andes (~3 000 m) à l'écorégion du Páramo (~3 400 m). Les écorégions de la haute forêt andine et du Páramo sont des points chauds de biodiversité gravement menacés par le changement climatique et les pressions exercées par de multiples activités humaines telles que l'agriculture, l'élevage et le développement urbain. Ces écosystèmes montagnards tropicaux sont également très importants en tant que stocks de carbone aériens et souterrains et peuvent servir de futurs "refuges de carbone" s'ils sont correctement préservés (Duque et al. 2021). Grâce au soutien de SPUN, nous découvrirons si l'absence des bons micro-organismes dans le sol met en péril les quelques vestiges de la forêt des hautes Andes en Colombie.

Ce projet se concentre sur la Colombie, qui est le deuxième pays le plus riche en biodiversité au monde, mais qui reste moins exploré en termes de communautés souterraines. La grande biodiversité de la Colombie peut être attribuée à sa situation géographique et à sa topographie uniques. Cette expédition SPUN explore différentes écorégions en collectant des échantillons de sol sur deux transects d'échantillonnage, allant des hautes terres (landes, 3 000 m d'altitude) jusqu'au niveau de la mer, en passant par les moyennes altitudes et les basses terres. Cette expédition englobera plusieurs écorégions : Páramo, forêts de montagne (bosque andino), llanos (savanes tropicales) et côte caraïbe.

Les deux transects distincts couvrent des conditions environnementales et des types de végétation variés qui, avec l'aide de différentes communautés locales, nous permettront de découvrir la biodiversité fongique en Colombie. L'expédition est confrontée à des défis en raison de la topographie difficile, des itinéraires limités et des autorisations nécessaires pour accéder à certains endroits. Cependant, en surmontant ces obstacles, nous pourrions découvrir de nouvelles espèces mycorhiziennes et améliorer notre compréhension de l'écologie et des interactions entre les plantes et les mycorhiziens.

D'une manière générale, l'exploration de ces écorégions permettra d'obtenir une représentation plus précise et plus réaliste des ressources souterraines dans le monde. De même, au niveau local, l'expédition permettra aux communautés locales, aux parties prenantes et aux autorités de comprendre l'importance de leurs ressources naturelles et de lancer des initiatives de conservation, de surveillance et de restauration.

Mon projet de recherche porte sur la présence et la variabilité des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) dans les prairies arides de Masai, situées dans les basses terres du lac Turkana, au Kenya. La région comprend une zone écologique distincte caractérisée par de vastes étendues de terrain herbeux ouvert et une couverture arborée minimale. Les températures moyennes dans la région peuvent dépasser les 30°C (86°F) pendant les mois les plus chauds, avec des pointes occasionnelles encore plus élevées. Dans cet environnement aride, les précipitations sont rares, souvent inférieures à 300 mm, ce qui limite la végétation et les ressources en eau. Les prairies sont peuplées d'une série d'espèces végétales robustes adaptées aux conditions arides, et elles constituent des pâturages vitaux pour la faune indigène, y compris les herbivores et les espèces migratrices. Le climat et la topographie uniques de la région créent un environnement où les champignons mycorhiziens pourraient jouer un rôle crucial dans la santé et la productivité des plantes, ce qui en fait un centre d'intérêt intéressant pour la recherche écologique.

Cette étude vise à évaluer quantitativement les espèces d'AMF, à comparer la composition de leurs communautés dans divers sites géographiques et habitats, à évaluer leur impact sur la productivité des plantes et à identifier les facteurs clés qui influencent la distribution des communautés d'AMF. En combinant l'échantillonnage du sol, l'extraction de l'ADN, la PCR, le séquençage, l'analyse statistique et la cartographie.

Les Ghats occidentaux de l'Inde sont d'une importance mondiale considérable pour la protection de la biodiversité et constituent des zones d'une grande valeur géologique, culturelle et esthétique. Il s'agit d'une chaîne de montagnes parallèle à la côte occidentale de l'Inde, qui s'étend sur environ 1 600 kilomètres, du Gujarat au nord jusqu'au Tamil Nadu et au Kerala au sud. Le système montagneux des Ghats occidentaux, plus ancien que l'Himalaya, présente des caractéristiques géomorphologiques d'une importance considérable et des processus biophysiques et biologiques distincts. Les écosystèmes forestiers de haute montagne du site ont un impact sur le régime climatique de la mousson indienne. Le site, qui tempère le climat tropical de la région, est l'un des exemples les plus remarquables du système de mousson mondial. Il présente également un niveau élevé de diversité biologique et d'endémisme et est considéré comme l'un des huit "points chauds" de la diversité biologique dans le monde. Les forêts du site contiennent certains des meilleurs exemples de forêts tropicales sempervirentes non équatoriales et au moins 325 espèces de flore, de faune, d'oiseaux, d'amphibiens, de reptiles et de poissons menacés au niveau mondial. Les approches de métabarcodage permettront une évaluation complète des communautés fongiques du sol dans les Ghats occidentaux, en Inde, ce qui permettra de démêler les assemblages fongiques complexes et diversifiés de cette région. Les résultats démontreront des associations significatives entre la diversité fongique du sol et les variables environnementales, soulignant l'impact de facteurs tels que l'altitude, les pratiques d'utilisation des terres et les caractéristiques du sol sur la composition de la communauté fongique. Cette recherche contribuera aux implications en matière de conservation et aux orientations futures pour la protection de la diversité fongique unique des Ghâts occidentaux, en aidant au développement de stratégies de conservation efficaces pour cette région sous-explorée.

Le projet Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi in agroecosystems established in Andisol soils of the department of Caldas, Colombia, explore les sols des exploitations de café de trois municipalités aux sols volcaniques ; En collaborant avec les producteurs de café propriétaires des exploitations et les étudiants de l'université, il est prévu, en plus de connaître la diversité des mycorhizes à l'aide de techniques d'enregistrement méta, de voir comment les champignons mycorhiziens à arbuscules peuvent être liés à la disponibilité du phosphore dans ces agroécosystèmes, qui sont connus pour leur forte fixation et leurs dépenses élevées en intrants d'engrais.

L'île de Santa Catarina, dans le sud du Brésil, est recouverte d'une forêt atlantique et possède des mangroves et des restinga qui agissent comme des tampons entre l'océan et la forêt tropicale. Les objectifs de ce projet sont de comprendre combien de taxons de champignons mycorhiziens sont partagés entre les restinga et la forêt et d'étudier la présence de mycorhizes dans les mangroves. Plusieurs espèces ligneuses poussent dans les conditions difficiles de la restinga, et quelques-unes d'entre elles poussent également dans la forêt adjacente. Ces plantes ont souvent des habitudes différentes, comme des arbustes dans le restinga et de grands arbres dans la forêt. Les mangroves ont leur propre flore distincte avec des espèces qui sont principalement limitées à cet environnement. Nous proposons deux hypothèses : 1) la communauté de champignons ectomycorhiziens dans le sol des restinga est similaire à celle de la forêt ; et 2) la diversité des champignons ectomycorhiziens dans les mangroves est faible. Les mangroves et les restinga sont menacés par le changement climatique et le développement immobilier. La propagation d'espèces exotiques de Pinus et d'Eucalyptus introduites sur l'île constitue un autre problème. On ne sait pas comment les communautés fongiques locales sont affectées par les champignons exotiques qui ont été introduits avec ces plantes. Connaître les communautés fongiques du sol nous permettra de mieux comprendre les effets des espèces envahissantes sur les plantes indigènes et de sélectionner des taxons indigènes potentiels à utiliser dans les projets de restauration.

Nous encouragerons les événements ouverts au public afin que les communautés locales et les étudiants puissent y participer. Par exemple, le Rick Foray et l'EctoSul comprendront des expéditions sur le terrain et des conférences qui souligneront l'importance des champignons dans le sol. Nous apprendrons également aux participants à rechercher des champignons ectomycorhiziens, à reconnaître et à collecter des ectomycorhizes sur le terrain, et nous leur montrerons des bouts de racines contenant des mycorhizes à l'aide de microscopes à dissection.

En Argentine, l'Espinal se caractérise par la présence de forêts xérophiles à feuilles caduques dont la hauteur dépasse rarement 10 mètres. Dans cette écorégion, le district de Caldén est constitué d'une forêt ouverte où l'espèce dominante est le Neltuma caldenia (Burkart) C.E. Hughes & G.P. Lewis (caldén). Plus de 90 espèces de plantes endémiques et 50 espèces de plantes médicinales font partie de cet écosystème unique au monde. Au cours des 150 dernières années, la couverture arbustive a augmenté dans différentes zones. Le pâturage bovin extensif à forte pression, les incendies de forêt, l'abattage des arbres et le changement climatique sont associés à la perte de la couverture végétale, à l'érosion des sols et aux processus d'aridification. Différentes pratiques de gestion sont mises en œuvre dans la région de La Pampa afin de restaurer les forêts de caldén, de rétablir leur biodiversité et leur potentiel en tant que fournisseurs de services écosystémiques.

L'étude de la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules contribuera à la compréhension du rôle écologique de ces micro-organismes dans la restauration des zones dégradées. En outre, elle permettra d'établir des relations entre les champignons et les espèces végétales caldénales, améliorant ainsi l'intégration des plantes mycotrophes et contribuant au développement et à la survie des espèces végétales dans ces environnements semi-arides.

Les prairies de la Pampa couvraient à l'origine près de 400 000 kilomètres carrés de plaines fertiles en Argentine. Aujourd'hui, elles sont fortement réduites et menacées par l'agriculture, la fragmentation et les plantes envahissantes. Il est essentiel de comprendre l'impact des activités actuelles sur le biote du sol pour repenser la gestion de ces prairies. Notre objectif est de caractériser les communautés d'AMF sur un gradient d'intensification de l'agriculture, allant des prairies pampéennes indigènes utilisées pour l'élevage extensif aux champs de soja hautement intensifiés. Les résultats du projet aideront à concevoir des paysages multifonctionnels qui équilibrent l'agriculture, la conservation et les services écosystémiques afin d'améliorer la production agricole et animale tout en favorisant la biodiversité.

Malgré un vaste échantillonnage de l'ECM et de l'AMF à travers l'Amérique du Nord, il subsiste des écorégions non échantillonnées, en particulier les régions côtières le long des océans Atlantique, Pacifique et Arctique. Les îles-barrières, qui abritent des communautés végétales de dunes côtières, constituent l'une des formes de relief uniques qui composent ces écorégions côtières sous-échantillonnées, en particulier dans l'est des États-Unis. Bien que de nombreuses îles-barrières américaines contiennent des terres publiques protégées par le gouvernement fédéral, ces îles ont subi une érosion côtière importante en raison de l'élévation du niveau de la mer et des ondes de tempête. Les communautés végétales et mycorhiziennes qu'elles abritent sont donc très vulnérables. Outre les facteurs abiotiques qui menacent ces communautés mycorhiziennes, les champignons chytrides peuvent également constituer une menace réelle pour les réseaux mycorhiziens, en particulier dans les communautés végétales mal drainées communes dans l'écorégion de la plaine côtière du centre du littoral atlantique. Notre projet vise à découvrir la diversité des communautés de champignons microscopiques dans les îles-barrières de l'est des États-Unis et les communautés de chytrides qui leur sont associées, afin de mieux comprendre les menaces contemporaines auxquelles les communautés mycorhiziennes sont confrontées dans un monde plus humide et plus chaud.

Il est essentiel de savoir comment le climat détermine la composition des champignons mycorhiziens à arbuscules dans les montagnes où le changement d'altitude correspond à des changements abiotiques importants sur des échelles spatiales relativement petites. Entre les basses et les hautes altitudes, les conditions deviennent plus fraîches et plus sèches (la température moyenne et les précipitations diminuent), ce qui peut influencer la distribution des champignons mycorhiziens dans le sol et la manière dont ils s'associent avec les plantes hôtes. Pour mieux comprendre le rôle écologique des AMF dans différents contextes abiotiques, nous devons également comprendre comment les AMF s'associent aux plantes hôtes à travers les gradients abiotiques. Cette étude permettra de découvrir les moteurs de la diversité et de la composition des AMF à travers un gradient d'altitude dans les Ghats occidentaux du Sud, qui font partie d'un point chaud de la biodiversité mondiale avec une grande diversité et un endémisme élevé des espèces de plantes. Nous documenterons les AMF dans le sol et enregistrerons les AMF associés aux racines pour six espèces d'arbres, deux avec une large gamme d'altitude et deux restreintes à des altitudes plus élevées et plus basses. Ces données constitueront la première documentation sur la diversité mycorhizienne dans cette région et ouvriront la voie à des évaluations approfondies de la manière dont les interactions plantes-fongus réagiront aux changements environnementaux mondiaux.

Les anciennes forêts pluviales tempérées de l'île de Vancouver et de Haida Gwaii (Colombie-Britannique, Canada) font partie de la zone biogéoclimatique de la pruche occidentale côtière, dans laquelle dominent le cèdre rouge de l'Ouest et la pruche occidentale. Ces forêts pluviales côtières produisent des arbres qui peuvent vivre plus de 1 000 ans et mesurer jusqu'à 5 mètres de diamètre. Les ours noirs de ces forêts utilisent couramment les arbres creux pour faire leur tanière, mais les grands arbres creux sont généralement enlevés lors des opérations d'exploitation forestière, ce qui laisse peu d'options convenables après l'exploitation forestière. Compte tenu du calendrier d'exploitation relativement court des forêts de la Colombie-Britannique, il y a peu de chances que de telles tanières persistent ou se développent dans les futures forêts. La compréhension des conditions écologiques nécessaires à la création de tanières d'ours arboricoles appropriées est essentielle à la gestion durable des ours en Colombie-Britannique. Ce projet représente la première caractérisation moléculaire des champignons de décomposition du bois responsables de la création de cavités propices à la mise en place de tanières. Connaître l'identité et la distribution des microbes responsables de ce processus est la première étape pour pouvoir prédire, protéger et créer les conditions nécessaires à la survie des tanières d'ours arboricoles en Colombie-Britannique, et des ours qui en dépendent.

Les réseaux de mycorhizes sont fondamentaux pour l'organisation des forêts car ils créent des conditions favorables à la croissance et à l'établissement des arbres. Les sites d'étude sont situés dans les Hautes Terres de l'Ouest du Cameroun sur une superficie de 13.890 km à une altitude de 2000 masl. Les forêts sacrées se trouvent dans le département de Bambouto. L'arrondissement de Batcham abrite la forêt de Mbing Mekoup tandis que les forêts de Bamendjinda et Bamendjo sont situées dans l'arrondissement de Mbouda. Mbing Mekoup est une forêt sacrée indépendante du chef-lieu établie sur des pentes et des vallées avec un nivellement rocheux par endroits et un relief marqué par des interfluves aux pentes abruptes, des plateaux et des plaines. Elle a une superficie de 27,7 ha. La forêt de Bamendjinda d'une superficie de 4,2 ha est marquée par un versant plat en partie entouré d'Eucalyptus. La forêt sacrée de Bamendjo est située sur une pente douce avec un couvert relativement fermé mesurant une superficie d'environ 1,8 ha avec un climat frais et humide. Il s'agit d'un climat de montagne "camerounais" caractérisé par une courte saison sèche de 4 mois (mi-novembre à mi-mars) et une longue saison des pluies de 8 mois (mi-mars à mi-novembre) caractérisées par des températures basses et constantes dues à l'altitude élevée. Les forêts sacrées, protégées en permanence, sont considérées comme les seuls témoins de l'élément forestier dans les zones où l'exploitation agricole se développe. Néanmoins, elles sont soumises à une pression humaine intense qui peut conduire à leur disparition complète. Les types de végétation comprennent des forêts humides et sèches à canopée fermée et des forêts ouvertes avec une variété de types de sol. Les groupes de conservation des forêts sacrées possèdent des pépinières pour l'agroforesterie, la restauration et le commerce, avec un taux de réussite très faible. À l'aide du protocole SPUN, les membres de l'équipe prélèveront 30 échantillons de sol répartis uniformément dans la forêt sacrée à partir de points distincts et 30 organes de fructification en fonction de leur disponibilité sur chaque site. La région ITS de l'ADN et la technique de séquençage à haut débit de l'Illumina MiSeq metabarcoding sur la région ITS2 du ribosome nucléaire seront effectuées. Les données de cette étude aideront les gestionnaires de pépinières à réduire les pertes de plants et les guideront pour produire des plants sains pour une meilleure survie lors de l'établissement. Des groupes de pépiniéristes communautaires seront sensibilisés au rôle de la mycorhize dans les fonctions de l'écosystème et des questionnaires semi-structurés seront utilisés pour évaluer la gestion des semis par les responsables des pépinières. Enfin, l'état mycorhizien des semis de quatre pépinières sera inoculé et planté à proximité du paysage dégradé de la forêt sacrée afin d'améliorer le taux de survie des semis.

Notre projet vise à échantillonner la diversité fongique et mycorhizienne dans les contreforts des Andes en Argentine, où l'on trouve une végétation sèche et arbustive - le Monte. Avec notre équipe, composée d'écologistes du paysage, d'experts en mycorhizes et d'étudiants, nous ciblerons des parcelles de Monte de Mendoza au nord de l'Argentine. Il est intéressant de noter que ces parcelles entourent les régions viticoles de l'Argentine et commencent à être considérées comme une niche majeure pour la biodiversité au niveau du paysage, devenant ainsi un pilier de l'agriculture durable. Le Monte est également un habitat où l'on trouve de nombreuses plantes médicinales et où les communautés locales prennent déjà soin des plantes et des sols. Nous discuterons de l'échantillonnage et des résultats avec les communautés locales et les viticulteurs afin de renforcer la conservation des sols, dans le Monte et dans leur paysage, et d'en savoir plus sur la grande diversité des AMF déjà observée dans nos résultats préliminaires. Nous nous attendons à trouver une plus grande diversité plus près des Andes, où les paysages sont plus continus. Nous espérons également en apprendre davantage sur la relation traditionnelle avec la conservation des sols dans les Andes et son impact potentiel sur la diversité fongique. Ce projet ajoutera des données cruciales aux cartes de la diversité fongique en Argentine, en ciblant les habitats les plus secs où les champignons souterrains n'ont jusqu'à présent jamais été explorés.

Le but de ce projet est de comprendre si les plantes invasives non indigènes sont capables de déplacer avec succès leurs congénères indigènes en interagissant avec leurs symbiotes obligatoires indigènes : les champignons ectomycorhiziens. Le projet se déroulera dans la région orientale de la Patagonie, en Argentine, un écosystème de steppe, dominé par des plantes herbacées et arbustives xérophiles. Même si la steppe est l'écosystème dominant dans le cône sud de l'Amérique du Sud, les études du sous-sol dans les zones sèches de Patagonie sont sous-représentées par rapport aux forêts tempérées des Andes. Nous échantillonnerons le sol sous des populations riveraines indigènes et non indigènes envahissantes de Salix spp. (saules). Ces espèces d'arbres sont les seuls hôtes ectomycorhiziens dans cet habitat, qui constitue la limite de leur distribution méridionale, où les mutualismes devraient être essentiels pour leur établissement et leur survie. Étudier si les espèces végétales envahissantes peuvent interagir avec les champignons indigènes et les changements potentiels dans la communauté fongique indigène provoqués par les invasions, permettra de faire la lumière sur les impacts souterrains des invasions de plantes dans la steppe, jusqu'alors négligés, et ouvrira de nouvelles possibilités de gestion, contribuant à prévenir les pertes économiques et de biodiversité. Nous travaillerons activement avec les parties prenantes locales, le secteur privé et les communautés locales et autochtones, en les sensibilisant à la composante fongique des invasions et en les encourageant à s'impliquer dans l'idée que les champignons peuvent également être envahissants et que nous devons protéger les champignons indigènes de la dégradation.

Ce projet vise à étudier comment les différentes utilisations des terres dans le golfe d'Urabá affectent les communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF). Les divers paysages de la région, qui vont des mangroves aux forêts tropicales, sont menacés par la déforestation, l'agriculture, l'urbanisation et la pollution. En étudiant ces impacts dans divers endroits - y compris les zones agricoles, les jardins urbains et les zones de conservation - le projet cherche à comprendre la santé des communautés microbiennes, la qualité du sol et la végétation. L'objectif est de fournir des indications pour une gestion durable et des stratégies de conservation. L'hypothèse est que la diversité et l'abondance des AMF sont plus faibles dans les zones d'agriculture intensive et augmentent vers les zones de conservation. Cela suggère un effet de gradient où les pratiques agricoles ont un impact négatif sur les champignons bénéfiques du sol tout en favorisant les micro-organismes nuisibles. L'hypothèse souligne l'importance des champignons microscopiques dans la santé des sols et leur utilisation potentielle en tant que bioindicateurs. Le projet favorisera la durabilité des écosystèmes, la conservation de la biodiversité et l'atténuation du changement climatique dans le golfe d'Urabá. Il vise à renforcer la sensibilisation et les capacités locales en matière de gestion durable des terres par le biais d'initiatives éducatives.

En tant qu'explorateur souterrain, Nkwi vise à piloter un cadre de gouvernance de la R&D et une méthodologie de recherche indigène, en élucidant la relation entre la gestion des communautés mycorhiziennes indigènes dans les systèmes agroécologiques andins conçus à partir de la bioculture et la question de savoir qui est habilité à poser les questions de recherche et à définir les résultats de la recherche. Cette recherche pilote est menée à Kinray Hub, Living Systems Lab, sur le territoire du clan Chichupampa dans les Andes Cotacachi, à Imbabura, en Équateur. Par ce travail, nous cherchons à développer une forme évoluée des dichotomies " conservation " vs. adaptation et atténuation en renforçant l'agence scientifique et les processus des communautés indigènes pour sauvegarder et améliorer leurs systèmes d'agroécologie conçus par la bioculture et la gestion de la santé des sols, en remettant en question la création actuelle " hyper-objet " du " savoir écologique traditionnel sur la conservation occidentale ".

Ce projet vise à explorer les champignons mycorhiziens associés à Quercus macdougallii, une espèce de chêne classée comme étant en danger (liste rouge de l'UICN). Présente exclusivement dans la région de la Sierra Juárez à Oaxaca, au Mexique, cette espèce de chêne habite une zone caractérisée par des niveaux élevés d'endémisme et de biodiversité, considérée comme l'une des zones les plus préservées du Mexique. Malgré son importance écologique, on sait peu de choses sur les communautés fongiques qui lui sont associées. En comparant des échantillons provenant de différentes zones biogéographiques et en ciblant le sol adjacent au chêne, nous prévoyons de révéler de nouvelles espèces fongiques et leurs rôles écologiques au sein de l'écosystème du chêne, ainsi que d'identifier des taxons mycorhiziens essentiels à la persistance du chêne. La méthodologie moléculaire du projet comprend l'extraction de l'ADN à l'aide du kit DNeasy PowerSoil Pro et le séquençage de la région ITS avec la plateforme HiSeq d'Illumina. Cette recherche ne se contente pas de combler des lacunes importantes dans les connaissances sur l'écologie mycorhizienne, elle contribue également aux efforts de conservation. La collaboration entre des institutions universitaires telles que l'Université nationale autonome du Mexique (UNAM), l'Université autonome métropolitaine (UAM) et l'Université de la Sierra Juárez (UNSIJ), ainsi que les communautés locales (Chinantec et Zapotec), souligne l'approche interdisciplinaire et communautaire du projet et enrichit son impact sociétal.

Cette étude se concentre sur les champignons mycorhiziens à arbuscules (AM) associés à ce qui est considéré par beaucoup comme l'écosystème tropical le plus menacé : les forêts arides hawaïennes indigènes. Ces forêts ont subi les effets négatifs de la conversion des terres, des espèces invasives et du changement climatique, notamment la sécheresse et l'augmentation de la fréquence des incendies. Ces impacts ont réduit l'étendue actuelle des forêts sèches indigènes à 5-10 % de leur aire de répartition historique. Hawaï est tristement célèbre pour être la capitale mondiale des espèces menacées. Plus de 25 % des espèces menacées d'Hawaï se trouvent dans ces forêts, mais seulement 3 % des forêts restantes sont considérées comme saines. Les forêts sèches revêtent également une grande importance culturelle pour les autochtones hawaïens. Des efforts de restauration actifs sont en cours pour préserver et restaurer ces écosystèmes, mais à ce jour, il n'y a pas eu d'évaluation des communautés fongiques mycorhiziennes associées aux plantes hôtes indigènes des forêts sèches, y compris de nombreuses espèces menacées et endémiques, dont la majorité devrait s'associer à des champignons MA. Les objectifs de ce projet sont les suivants 1) cataloguer la diversité des champignons MA trouvés à travers l'archipel hawaïen dans les dernières forêts sèches indigènes et 2) cultiver et préserver les champignons MA pour les essais d'inoculation de la végétation indigène et les projets de restauration.

La diversité des microbiomes du sol, en particulier des champignons mycorhiziens, n'a pas été suffisamment étudiée dans les régions méridionales de l'Iran. Cette région a une valeur écologique importante au-delà de ses écosystèmes terrestres, car elle fonctionne comme une écorégion qui relie les monts Zagros et les déserts centraux de l'Iran au golfe Persique. Elle présente des habitats uniques, tels que les forêts de mangroves, qui contribuent à son importance écologique. Les divers types d'habitats de cette écorégion en font un paysage fascinant et offrent une excellente occasion de tester diverses hypothèses écologiques. Ce projet vise à étudier la diversité fongique du sol dans les zones arbustives sèches continentales par rapport aux communautés fongiques trouvées sur les îles du golfe Persique. Les données recueillies amélioreront notre compréhension de la biodiversité des sols dans les régions arides et semi-arides. Il est impératif d'étudier et de prendre en compte les communautés écologiques rares et uniques des écosystèmes insulaires dans les plans régionaux globaux de conservation et de restauration afin d'éviter leur disparition. L'examen de la diversité fongique du sol de la plus grande île du golfe Persique et sa comparaison avec le continent sont essentiels pour améliorer la durabilité de ces écosystèmes fragiles. En outre, la caractérisation des communautés du sol dans des zones et écorégions inexplorées améliorera notre capacité à prédire la perte de biodiversité du sol dans le cadre du changement climatique.

Chez les espèces végétales terrestres, les relations symbiotiques entre les champignons et les racines sont courantes. Divers types de mycorhizes prévalent dans des biomes distincts, la colonisation des mycorhizes à arbuscules dépendant de contraintes évolutives et écologiques. Le Pérou s'enorgueillit d'une flore et d'une faune endémiques, nichées dans le point chaud de biodiversité mondialement reconnu des "Andes tropicales". Dans les Andes péruviennes se trouvent les prairies de la Puna et les forêts montagnardes, constituant l'écotone Puna-timberline, qui servent d'habitats à des espèces végétales et animales endémiques et abritent une biodiversité souterraine cachée. Notre projet SPUN vise à mettre en évidence ces régions en tant que points chauds potentiels de la biodiversité pour les champignons mycorhiziens, tout en reconnaissant qu'il s'agit de l'un des territoires les plus inexplorés pour la recherche sur les champignons du sol. Nous prévoyons d'observer des communautés fongiques distinctes, en particulier ectomycorhiziennes, avec un schéma de renouvellement de la diversité marqué dans les trois écosystèmes : forêts, écotones et prairies.

Le projet vise à produire des données de haute qualité sur la diversité et l'abondance du mycobiome du sol dans les plantations de cacao de Côte d'Ivoire. La Côte d'Ivoire (Afrique de l'Ouest) est le plus grand producteur de cacao (Theobroma cacao) au monde avec trois régions de production (Est, Centre-Ouest, et Sud-Ouest). Les plantations de cacao sont soumises à différents régimes de gestion, y compris des systèmes agroforestiers à proximité de forêts denses naturelles. Nous avons émis l'hypothèse que les plantations soumises à un régime de gestion à long terme (anciennes plantations) ont une structure altérée du mycobiome du sol qui a conduit à une diminution de la diversité des champignons du sol. Trois régimes de gestion différents (+ forêts naturelles) provenant de quatre sites du projet CacaoSAF en cours (Alliance Bioversity - CIAT), seront considérés. Sur chacun des 14 sites d'échantillonnage, des carottes de sol composite et des racines fines seront prélevées sur un total de 10 cacaoyers et sur l'arbre le plus dominant dans les forêts denses. La dépendance mycorhizienne et l'identification et la densité des spores d'AMF seront effectuées à l'Université de Parakou au Bénin. Un double d'échantillons de sol sera envoyé à l'Université agricole de Suède pour le métabarcodage (NGS). Des entretiens semi-structurés seront menés avec les agriculteurs du projet CacaoSAF afin de recueillir des informations sur l'âge de la plantation, le régime de gestion, la productivité dans le temps et la forêt naturelle. Pour chaque échantillon, nous remplirons le formulaire de métadonnées. A la fin du projet, les agriculteurs du projet CacaoSAF pourront apprécier comment leurs pratiques de gestion affectent le mycobiome du sol. Les scientifiques partenaires de l'Institut National Polytechnique Félix Houphouët-Boigny bénéficieront des données moléculaires et de l'identification des AMF des cacaoyers de Côte d'Ivoire. Nous espérons générer au moins un article dans une revue d'écologie appliquée ou dans une revue sur la diversité des organismes. Les données de séquence générées seront partagées avec l'outil CacaoSAF développé par l'Alliance Bioversity-CIAT, ainsi que sur des plateformes internationales accessibles.

Dans la Wallace indonésienne, l'une des écorégions les plus importantes d'Asie du Sud-Est et du monde, la plus grande zone terrestre est le Sulawesi central. On y trouve des espèces uniques et des espèces d'origine asiatique et australasienne. D'autre part, le Sulawesi central est également désigné comme une zone stratégique nationale, notamment pour l'exploitation du nickel et de l'or, ce qui est en contradiction avec la conservation des sols inférieurs et supérieurs. De longues études ont montré que les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) sont des associés des racines des plantes qui contribuent à la conservation des terres et de la végétation. Cependant, des informations biologiques plus fondamentales doivent être connues en ce qui concerne la diversité fonctionnelle des champignons mycorhiziens à arbuscules. Cette étude examinera la diversité des AMF dans les forêts tropicales et leurs écosystèmes de transformation : plantation de monoculture et écosystèmes agricoles mixtes. Elle évaluera également la diversité des AMF dans les écosystèmes agricoles proches de la zone d'extraction du nickel et dans la zone ex-minière replantée. L'hypothèse proposée est que l'intensification de la production de cultures commerciales et de l'exploitation minière entraîne une diminution de la diversité des AMF. Les échantillons de sol prélevés sur les sites d'étude constitueront les sources d'ADN. L'ADN génomique des AMF sera extrait du sol et utilisé comme modèle d'ADN pour la PCR et le séquençage de l'ADN. L'ADN sera également extrait de la spore unique de l'AMF. Pour cette partie, les caractéristiques morphologiques des spores seront certainement nommées après le séquençage de l'ADN de la spore de l'AMF. L'expédition se fera au sein d'une équipe composée du chercheur principal, de collaborateurs, d'étudiants, de la population locale et du garde forestier de l'autorité forestière. Cette étude contribuera à la base de données nationale et mondiale relative à la diversité des AMF le long de la transformation de la forêt tropicale en écosystèmes gérés.

La région subtropicale humide du nord-est de l'Argentine est une mosaïque de biomes divers, comprenant des prairies subtropicales, des savanes, des arbustes, des prairies inondables et des forêts humides. Cette région comprend des écorégions telles que le Chaco humide, la savane mésopotamienne, la savane inondée du Paraná, ainsi que la jungle de Misiones et la forêt humide d'Araucaria, riches en biodiversité. Ces régions abritent des producteurs locaux et des communautés indigènes qui pratiquent l'agriculture et l'élevage. Malgré leur importance écologique et culturelle, ces écorégions subissent la pression de la conversion des terres pour l'agriculture, l'élevage et la sylviculture. Ce projet vise à comprendre l'impact du remplacement de la végétation indigène par divers systèmes de production sur la diversité des champignons mycorhiziens. Nous comparerons des systèmes forestiers purs, des prairies naturelles, des pâturages ensemencés broutés par du bétail et des systèmes mixtes combinant la sylviculture et le bétail à des zones vierges représentatives de chaque écorégion. En comparant divers systèmes productifs à des sites vierges, nous cherchons à révéler les relations complexes entre l'utilisation des terres, la biodiversité et les services écosystémiques, en particulier dans ces régions subtropicales peu étudiées. Les résultats du projet guideront les pratiques de gestion des terres qui préservent la biodiversité tout en soutenant la productivité agricole et forestière. Il est essentiel de comprendre cette dynamique pour équilibrer la conservation et la production alimentaire dans cette région vitale de l'Amérique du Sud.

Le Matorral chilien présente un degré élevé d'endémisme végétal et une grande vulnérabilité due aux pressions anthropiques, principalement les incendies anthropiques, ce qui explique qu'il soit actuellement reconnu comme un point chaud de la biodiversité. Il est prouvé que les incendies peuvent réduire la richesse et l'abondance des micro-organismes dans le sol, y compris les champignons mycorhiziens, modifiant ainsi leur diversité. D'autre part, il est prouvé qu'après un incendie, il est possible de trouver des arbres qui survivent et sont capables de repousser, de sorte qu'ils fonctionnent comme des plantes nourricières et peuvent à leur tour être une source de champignons mycorhiziens pour une récupération potentielle du système affecté. Cela dit, dans cette étude, nous cherchons à tester l'effet du feu et des plantes nourricières sur la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules dans la forêt sclérophylle. Cette forêt est la formation végétale la plus représentative du Matorral chilien et les espèces végétales dominantes qui y sont présentes forment des mycorhizes à arbuscules. On s'attend à ce que la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules soit plus faible dans les sites touchés par les incendies et dépourvus de plantes nourricières que dans les sites non touchés par les incendies et pourvus de plantes nourricières en repousse. Ce projet comprend un travail avec les communautés locales afin de transférer les connaissances entre tous les participants.

La forêt de Kakamega est la seule forêt de ce type, vestige des forêts équatoriales guinéo-congoliennes du Kenya. Il s'agit d'une zone importante pour la conservation des oiseaux (IBA), riche en espèces d'arbres et abritant des plantes et des animaux endémiques. La forêt figure sur la liste prioritaire 2015 de l'UICN pour la conservation des forêts indigènes. Son importance mondiale a valu à Kakamega le titre de site du patrimoine mondial de l'UNESCO en 2010. Cependant, malgré cette importante reconnaissance mondiale, la biodiversité de cette zone est menacée par les activités humaines. Au cours des 100 dernières années, la forêt a subi d'importants changements dans l'utilisation des terres, tels que la conversion de la forêt indigène en plantations, la fragmentation de la forêt, la dégradation et diverses activités humaines. En conséquence, plus de 50 % de la couverture forestière a été perdue au cours des 38 dernières années et les habitats propices à la survie de la biodiversité sont fortement menacés. Actuellement, sept types d'habitats sont évidents. Il s'agit des forêts primaires et secondaires indigènes, des forêts de plantations secondaires (espèces d'arbres exotiques et indigènes), des prairies ouvertes, des sites fluviaux et marécageux et des terres agricoles adjacentes à cultures uniques et mixtes.  

Cette étude cherche à comprendre comment les changements d'utilisation des sols ont affecté la présence et la diversité des champignons mycorhiziens du sol dans la zone d'étude. Le projet utilisera les protocoles SPUN recommandés pour la collecte d'échantillons de sol et utilisera des techniques moléculaires pour quantifier les champignons mycorhiziens. Le projet impliquera la communauté et d'autres parties prenantes dans la collecte d'échantillons, le traitement et la formation sur les mycorhizes. Les résultats du projet seront diffusés par le biais d'ateliers, de conférences locales et internationales et de publications. Il est prévu que la communauté soit sensibilisée aux champignons mycorhiziens du sol, à leur rôle pour les plantes, aux menaces et à la nécessité de conserver les habitats, ce qui conduira à leur protection et à des actions de conservation.

Les champignons mycorhiziens forment des associations mutualistes avec les racines des plantes, ils fournissent des nutriments minéraux à la plante et obtiennent en retour des hydrates de carbone. Les champignons mycorhiziens sont également des indicateurs de la santé des écosystèmes forestiers et jouent un rôle clé dans la promotion de la croissance des plantes, augmentant ainsi leur diversité. De nombreuses communautés de champignons mycorhiziens à travers le monde restent sous-explorées, y compris dans des pays comme l'Ouganda. Ce projet vise à déterminer la diversité des champignons mycorhiziens dans l'un des écosystèmes forestiers de l'Ouganda, le parc national de Bwindi Impénétrable. Cette forêt est considérée comme l'un des écosystèmes forestiers les plus importants d'Ouganda, connu pour la conservation d'une grande biodiversité et abritant près de la moitié des gorilles de montagne du monde. Il s'agit d'une forêt afromontagnarde avec plusieurs écorégions/zones distinctes caractérisées par des bambous montagnards de haute altitude, des forêts mixtes matures de basse altitude et des forêts tropicales sempervirentes de moyenne altitude, qui devraient abriter une grande diversité de communautés fongiques. Nous émettons l'hypothèse que ces différents microclimats du parc national de Bwindi Impénétrable pourraient affecter la diversité des communautés de champignons mycorhiziens. Le projet devrait permettre d'atteindre les objectifs suivants : 1) Déterminer la diversité des champignons mycorhiziens dans le parc national de Bwindi Impénétrable sur la base d'un métabarcodage utilisant l'ADN du sol et des racines. 2) Cartographier la distribution des espèces de champignons mycorhiziens dans les trois zones altitudinales du parc national de Bwindi Impénétrable et 3) Déterminer les paramètres physico-chimiques du sol de la rhizosphère prélevé dans les régions climatiques du parc national de Bwindi Impénétrable. Au total, 36 échantillons de racines et de sol seront prélevés dans trois zones altitudinales de la forêt selon les protocoles standardisés de SPUN. Les communautés fongiques mycorhiziennes seront évaluées à l'aide du métabarcodage de l'ADNr ITS2. L'étude des communautés fongiques mycorhiziennes dans le parc national de Bwindi Impénétrable nous permettra de mieux comprendre le fonctionnement de l'écosystème forestier de Bwindi. En outre, les séquences fongiques mycorhiziennes du parc national de Bwindi Impénétrable fourniront pour la première fois des informations sur la diversité des communautés fongiques mycorhiziennes forestières de l'Ouganda.

L'augmentation des températures dans la toundra entraîne une recrudescence des incendies de forêt, ce qui affecte profondément les communautés fongiques. Des recherches récentes mettent en évidence l'influence significative des champignons sur le bilan carbone des écosystèmes nordiques. Les champignons influencent la production primaire par l'acquisition de nutriments par les plantes, la formation de matière organique dans le sol et les pertes de carbone par l'amorçage. Il est essentiel de comprendre les changements de la diversité fongique après les incendies pour prévoir les conséquences des incendies et les rétroactions climatiques. Le delta du Yukon-Kuskokwim en Alaska reste relativement peu étudié. En analysant la diversité fongique dans des sites non brûlés, récemment brûlés et historiquement brûlés, nous pouvons évaluer les effets du feu sur les communautés fongiques. Les premiers résultats suggèrent que l'abondance des arbustes augmente au cours de la première décennie suivant le feu, ce qui pourrait favoriser les champignons ectomycorhiziens et mycorhiziens éricoïdes, car les plantes hôtes réagissent positivement aux brûlages de faible intensité qui ont un fort impact sur l'accumulation de carbone dans le sol et sur les taux de recyclage. S'appuyant sur une étude en cours des impacts des feux de forêt sur les composantes du bilan carbone des écosystèmes, y compris les flux de gaz à effet de serre et le carbone stocké dans la biomasse végétale et les sols, cette étude révèlera les identités taxonomiques des champignons qui peuvent être d'importants régulateurs de la dynamique de ces écosystèmes. Notre étude fournira de nouvelles informations sur les liens entre les identités fongiques et le traitement biogéochimique dans une région de toundra critique mais peu étudiée, et soutiendra les opportunités de formation pour les étudiants de premier cycle.

Le projet sera réalisé dans le principal système montagneux biodiversifié du Guatemala, la Sierra de las Minas, un système géologique et naturel particulier issu de la rencontre d'anciens blocs de terre et de plaques tectoniques. C'est encore aujourd'hui la limite naturelle en Amérique des genres holartiques comme Abies et Acer, mais elle en contient beaucoup d'autres qui sont distribués en Amérique centrale ainsi que de nombreux genres néotropicaux. Le but de ce projet est d'identifier moléculairement la composition mycorhizienne de ses différentes forêts en fonction du gradient altitudinal. Ensuite, 1. identifier les genres et espèces fongiques dominants, 2. identifier ceux qui pourraient être utiles pour l'inoculum en sylviculture et 3. Déterminer ou confirmer l'identité taxonomique de nombreux corps fructifères de champignons ectomycorhiziens, principalement des basidiomycètes de l'ordre des Russulales, des Boletales et des Cantharellales, collectés avant et pendant l'échantillonnage. Il s'agit de la première étude moléculaire d'envergure qui fournira des informations sur la diversité fongique dans le pays.

Il s'agit d'un projet interdisciplinaire d'envergure nationale auquel participent plus de 30 scientifiques de l'UNAM (Université nationale autonome du Mexique). Il fait partie du programme universitaire d'études interdisciplinaires des sols (PUEIS) développé principalement à l'Institut de biologie, à l'Institut d'écologie, à la Faculté des sciences et à la Faculté d'enseignement supérieur d'Iztacala.

Le sol constitue l'interface écologique qui abrite la plus grande biodiversité des écosystèmes terrestres. Le sol régule les cycles biogéochimiques mondiaux, soutient la diversité, l'activité et la productivité biologiques, et fournit les nutriments nécessaires à la croissance des plantes. Un sol préservé est un sol biodivers qui maintient des fonctions écologiques telles que l'activité microbienne, la minéralisation du carbone et de l'azote et l'activité enzymatique. Malgré l'importance du sol, cette ressource n'est pas renouvelable, et sa conservation est menacée par une mauvaise gestion et l'absence de stratégies de communication efficaces à son sujet. Au Mexique, 45% du territoire a des sols dégradés, ce qui signifie qu'ils ont perdu la capacité de maintenir leur fonction écologique, leur biodiversité et leur productivité. Une partie du problème réside dans le manque de données et d'informations sur la biodiversité et la fonction des sols dans de vastes zones géographiques du Mexique pour renforcer la prise de décision visant à leur gestion durable.

L'Atlas de la biodiversité des sols du Mexique repose sur trois principes directeurs (recherche, enseignement et sensibilisation de la société), chacun ayant l'objectif suivant. Recherche - générer des connaissances de pointe en utilisant des bases de données publiques sur la biodiversité, des réseaux de collaboration et les technologies les plus modernes de séquençage de l'ADN afin de produire la plus grande quantité possible de connaissances dans les plus brefs délais et au moindre coût. Enseignement - Produire des éléments d'apprentissage pour les niveaux secondaire, universitaire et postuniversitaire afin de promouvoir la connaissance de la vie dans les sols mexicains et la nécessité de protéger cette ressource non renouvelable. Sensibilisation - Créer une interface pour l'affichage et l'analyse des données afin de fournir des informations aux décideurs qui encouragent des pratiques de gestion respectueuses de la diversité des sols, ainsi que des programmes pour leur conservation et leur surveillance.

Le Népal est un pays qui présente un gradient d'altitude abrupt, allant de 50 à 8848 mètres au-dessus du niveau de la mer, vers le nord, ce qui entraîne un climat et une formation d'habitats contrastés. Ce changement d'altitude et de climat permet la formation d'habitats diversifiés et la diversité de la flore et de la faune varie considérablement d'une région à l'autre. En outre, dans le gradient est-ouest, le régime des précipitations varie considérablement dans le pays. Pendant la saison de la mousson (juin-août), de fortes précipitations se produisent dans les régions de l'Est et la région de l'Ouest reçoit moins de précipitations. En hiver, la région occidentale reçoit plus de précipitations que la région orientale. Cependant, les précipitations totales de la saison hivernale sont inférieures à celles de la mousson. Cela crée un régime d'humidité du sol différent dans les régions Est-Ouest. Par conséquent, le gradient d'altitude et de climat vers le nord et le gradient de précipitations vers l'est et l'ouest font du Népal un pays riche en points chauds de la biodiversité de la flore et de la faune (au-dessus du sol), mais les points chauds de la biodiversité du sol (en dessous du sol) restent à déterminer. Nous supposons que le changement du gradient d'altitude et des types d'habitat a modifié la biodiversité du sol. L'échantillonnage du sol à travers les gradients d'altitude, de climat et de précipitations nous aidera à élucider la diversité de la flore et de la faune du sol. Nous aurons également l'occasion de comprendre et d'évaluer la biodiversité du sol dans les zones d'altitude supérieure, ce qui est unique dans les paysages népalais. Actuellement, nous collectons des échantillons de sol (volontairement) dans chacune des zones physiographiques. Nous n'avons que trois sites appariés pour cette évaluation. Nous avons suivi les protocoles du réseau de biodiversité des sols (SoilBON) pour collecter, préparer, stocker et expédier les échantillons. Ces sites couvrent largement l'état de la biodiversité des sols du Népal mais sont limités à la couverture de tous les types d'habitats vers les régions Nord-Sud et Est-Ouest. Par conséquent, nous aimerions étendre nos sites d'échantillonnage de 3 sites jumelés à 18 sites jumelés supplémentaires et les résultats contribueront directement à la réserve d'échantillons de SoilBON.

La réserve de biosphère du Mono au Bénin représente une composante importante du complexe des zones humides du Bénin. Parmi ce complexe, les mangroves représentent un écosystème riche en plantes, animaux et champignons. Au Bénin, la plupart des études menées sur les mangroves se sont concentrées uniquement sur les plantes et les animaux, sans s'intéresser aux champignons qui jouent un rôle important dans le fonctionnement de l'écosystème des mangroves. Cependant, les mangroves font face à des pressions importantes et leur superficie est passée de 5500 ha en 1995 à 1105 ha en 2015, soit une réduction de 80 % en 20 ans. Il devient donc urgent d'explorer la diversité fongique peu documentée jusqu'à présent. L'objectif de ce projet est d'identifier et de quantifier les taxons fongiques présents dans les écosystèmes de mangrove et de fournir ainsi des informations précieuses sur leur biodiversité et leur composition. Ces données sont cruciales pour des efforts de conservation et de restauration efficaces. Elles peuvent aider à évaluer l'impact des perturbations (humaines, qualité de l'eau, etc.) sur la diversité fongique, à identifier des espèces indicatrices et à guider le développement de stratégies de protection et de restauration des écosystèmes de mangrove.

Le projet vise à étudier la diversité souterraine des champignons ectomycorhiziens dans les forêts de feuillus subtropicales de l'Himalaya au Pakistan, une région caractérisée par des habitats divers et des niches écologiques uniques. Ces forêts, situées dans le nord du Pakistan, s'étendent sur des altitudes allant de 500 à 2 000 mètres au-dessus du niveau de la mer et sont dominées par des espèces de feuillus telles que le chêne, l'érable, le noyer et le rhododendron. En outre, de grands arbres, dont le Sal, le Terminalia, le Bauhinia, le Schima et le Castanopsis, contribuent à la densité de la canopée, créant des sous-bois ombragés idéaux pour la croissance des champignons. Les plantes grimpantes et les épiphytes renforcent encore la biodiversité de ces forêts.

Notre hypothèse propose que les variables environnementales, y compris l'altitude, le type de sol et la composition des espèces d'arbres, exercent une influence significative sur la diversité des champignons ectomycorhiziens dans ces forêts. Nous pensons que les sites de plus haute altitude abriteront des communautés fongiques adaptées aux températures plus froides, tandis que les zones de plus basse altitude pourront abriter des espèces différentes en raison des conditions plus chaudes. Les propriétés du sol, telles que le pH, les niveaux d'humidité et la disponibilité des nutriments, devraient également influencer la composition des communautés fongiques.

Les aspects moléculaires du projet comprennent le métabarcodage de la région de l'ADNr, ciblant à la fois les régions ITS et LSU à l'aide d'amorces spécifiques aux champignons. Cette approche facilitera l'identification et la classification précises des taxons fongiques présents dans les échantillons de sol, ce qui permettra de mieux comprendre la diversité ectomycorhizienne souterraine. Les procédures d'échantillonnage respectent des protocoles standardisés, garantissant une collecte et une préservation minutieuses des spécimens fongiques provenant de sites désignés dans les forêts de feuillus subtropicales de l'Himalaya. La caractérisation morphologique, anatomique et moléculaire des spécimens sera effectuée afin de fournir une compréhension complète de la diversité ectomycorhizienne.

Les résultats attendus du projet comprennent des publications évaluées par des pairs, des chapitres de thèse et des rapports documentant la diversité fongique et la structure de la communauté dans les forêts de feuillus subtropicales de l'Himalaya au Pakistan. Ces résultats contribueront à la connaissance scientifique, informeront les politiques de conservation et guideront les orientations futures de la recherche en mycologie et en écologie forestière. En outre, l'évaluation de l'état de conservation basée sur les évaluations de la diversité fongique soutiendra la prise de décision fondée sur des preuves et les efforts de priorisation de la conservation.

Les activités d'engagement et de sensibilisation de l'expédition comprendront la diffusion scientifique, des ateliers communautaires, des programmes éducatifs et la diffusion dans les médias sociaux. Grâce à ces initiatives, le projet vise à encourager la collaboration entre les chercheurs et les communautés locales, à sensibiliser à la diversité fongique et à la conservation des forêts, et à inspirer des actions en faveur de la préservation des écosystèmes forestiers subtropicaux à feuilles larges de l'Himalaya.

Globalement, le projet vise à faire progresser notre compréhension de la diversité ectomycorhizienne souterraine dans les forêts de feuillus subtropicales de l'Himalaya au Pakistan et à contribuer à la conservation et à la gestion durable de ces écosystèmes forestiers essentiels.

Cette recherche vise à remédier à la faible prise en compte des champignons dans les priorités de recherche et de conservation du Népal, en particulier dans le contexte plus large de la région himalayenne de l'Hindu-Kush. Elle vise à étudier la diversité et la composition des champignons mycorhiziens dans les forêts de conifères subalpines de l'Himalaya oriental du parc national de Sagarmatha, connu comme le royaume du mont Everest (8848 m). En examinant trois niveaux d'altitude (3000 m, 3400 m et 3800 m) et deux types d'utilisation des sols (forêts naturelles et prairies), l'étude cherche à comprendre comment les communautés mycorhiziennes varient en fonction de l'altitude et des modes d'utilisation des sols. Pour ce faire, le projet respectera les directives SPUN en matière de collecte d'échantillons et utilisera des techniques moléculaires avancées, telles que le métabarcodage de la région de l'ADNr. 

Un aspect important de cette étude est l'accent mis sur l'implication de la communauté dans le processus de recherche. Les résultats de la recherche seront diffusés par le biais de publications scientifiques évaluées par les pairs et de moyens de sensibilisation. En outre, le projet vise à contribuer au matériel pédagogique, notamment à la mise à jour des brochures du parc national de Sagarmatha et de la liste de contrôle nationale des champignons du Népal. En outre, en améliorant notre compréhension de la diversité mycorhizienne, cette recherche vise à souligner le rôle vital que jouent ces champignons dans l'écosystème himalayen et à plaider en faveur de leur préservation par le biais d'actions de conservation.

La succession écologique fournit des descriptions fondamentales des processus écosystémiques en étudiant la composition et la structure de la végétation, ainsi que les propriétés du sol. Toutefois, les informations sur les communautés microbiennes du sol, en particulier les champignons, et leur relation avec le processus de succession sont rares. Cette proposition vise à examiner la récupération de la diversité fongique du sol au cours du développement de l'écosystème après la culture itinérante dans les forêts subtropicales du nord-est de l'Inde (qui font partie des points chauds de la biodiversité de l'Himalaya et de l'Indo-Birmanie), avec un terrain en pente raide et une couverture forestière élevée. Sur le deuxième site, la proposition de projet couvre les âges croissants (jusqu'à 50 ans) depuis la culture itinérante sur la côte est de l'Inde (c'est-à-dire le centre de l'Odisha), et sur le troisième site, elle se concentrera sur un gradient d'altitude (s'étendant de 100 m à 2000 m de forêt tropicale à tempérée) dans le Mizoram (États du nord-est de l'Inde) avec des forêts non perturbées jumelées à des forêts secondaires perturbées de 40 ans en utilisant le séquençage du métagénome (selon les protocoles standardisés de SPUN). Nous testerons l'hypothèse selon laquelle les perturbations forestières influencent la composition de la communauté fongique du sol, mais que les champignons se reconvertissent sur la base d'une similarité avec les forêts primaires au fur et à mesure que les forêts secondaires vieillissent (cela prend environ 10 ans pour les bactéries). Nous prévoyons également que la reconversion des communautés prendra plus de temps dans les hautes terres que dans les basses terres en raison de la repousse plus lente de la végétation en altitude.

Ce projet fournira des indices sur les liens, les mécanismes et les rétroactions qui régulent l'assemblage des communautés fongiques du sol pendant le développement de l'écosystème après l'agriculture itinérante dans une région subtropicale très riche en biodiversité et sur les gradients d'altitude et de perturbation (dans les forêts tropicales, subtropicales et tempérées) du nord-est de l'Inde et de l'Odissa (forêt tropicale à feuilles caduques) qui n'ont pas encore été explorés. Le projet permettra de mieux comprendre : a) comment les perturbations forestières modifient les communautés fongiques ? b) comment les communautés fongiques sont façonnées pendant le rétablissement de l'écosystème ? et c) comment l'altitude de la forêt affecte la composition de la communauté fongique dans les forêts du nord-est de l'Inde de la région indo-birmane ? Nous prévoyons au moins deux publications de qualité pour ce travail, car les deux régions manquent de données moléculaires sur les champignons du sol et sur l'agriculture itinérante au niveau mondial. En outre, nous pensons que les résultats du projet pourraient fournir un lien utile pour développer des biofertilisants indigènes potentiels pour soutenir l'agriculture itinérante dans la région. 

S.K. Tripathi, écologiste des écosystèmes du département des forêts de l'université de Mizoram, et son équipe, le Dr Ghosh, microbiologiste expérimenté de l'institut Bose de Kolkata, et son équipe, et le Dr Hombegowda, qui travaille dans les forêts secondaires de l'État d'Odisha. L'équipe sera soutenue par le Dr Francis Brearley, qui a une grande expérience de l'écologie des plantes tropicales, du sol et des champignons et qui collabore déjà avec le professeur Tripathi, avec qui il a publié un certain nombre d'articles.

Le professeur Tripathi travaille déjà avec les communautés tribales et promeut les pratiques d'agriculture biologique dans la région par le biais de protocoles d'accord entre l'université de Mizoram et les sociétés agricoles (c'est-à-dire la Tachhip Organic Growers Society et la Tanhril Organic Growers Society) et leur fournit des paquets technologiques comprenant des biofertilisants afin d'améliorer les moyens de subsistance des communautés agricoles impliquées dans la culture itinérante dans le nord-est de l'Inde. Toutes les souches fongiques potentielles identifiées dans cette étude seront utiles pour développer des biofertilisants plus appropriés afin d'offrir une meilleure option aux communautés agricoles tribales et d'augmenter leurs revenus agricoles.

Ce projet vise à étudier l'abondance et la diversité des champignons du sol à partir d'échantillons prélevés en vrac et dans la rhizosphère à Wits Rural Facility, un écosystème de savane du Lowveld dans le Limpopo, en Afrique du Sud. Cet écosystème est économiquement important pour la région en raison de sa biodiversité animale et végétale, de son écotourisme, de son agriculture et de sa récolte de bois sec et humide. L'échantillonnage sera effectué selon le protocole d'échantillonnage SPUN sur deux parcelles forestières de Terminalia sericea (grappe argentée) et Dochrostyachys cinerea (buisson malade) et leurs parcelles d'herbe ouverte adjacentes. L'écosystème est un point chaud de la biodiversité avec des parcelles d'herbe ouverte composées d'Hyperthelia dissolute, Panicum maximum, Heteropogon contortus et Themeda triandra comme graminées communes avec peu d'études de biodiversité souterraine menées dans l'écosystème. Après l'extraction de l'ADN, l'amplification par PCR, le séquençage sera effectué sur l'ITS2 et le SSU en utilisant la plateforme Illumina MiSeq, afin d'explorer l'abondance et la diversité des champignons avec un intérêt particulier pour la mycorhize à arbuscules dans l'écosystème. L'impact scientifique de l'étude sera d'apporter un éclairage supplémentaire sur les effets descendants du feu et de l'empiètement sur l'écosystème et ses implications sur la diversité fongique souterraine, ainsi qu'une contribution significative à la cartographie de la diversité mondiale. Les avantages sociaux comprendront le partage des connaissances sur les champignons et les techniques d'échantillonnage du sol avec les communautés locales et la façon dont elles peuvent améliorer leur gestion de l'écosystème pour une durabilité future respectueuse de l'environnement. 

Le bassin amazonien s'étend des Andes à l'océan Atlantique. Il s'agit de l'un des biomes les plus diversifiés au monde, qui englobe une série d'écosystèmes et de types de végétation. Le littoral amazonien est influencé par le fleuve Amazone et son bassin hydrographique. Il abrite environ 85 % des mangroves et 35 % des plaines côtières sablonneuses ("restingas") du Brésil. Les mangroves et les restingas prospèrent en dépit de plusieurs facteurs environnementaux limitants et fournissent de nombreux services écosystémiques, notamment en matière de loisirs et de tourisme, de protection des sols, de piégeage du carbone et de cycle des nutriments. Elles abritent également des communautés indigènes qui ont un lien profond avec elles. Comme ces écosystèmes côtiers se développent dans des conditions environnementales uniques, ils sont extrêmement fragiles et sensibles aux perturbations humaines. L'objectif de ce projet est d'identifier la diversité moléculaire de la communauté fongique et son rôle fonctionnel potentiel dans les mangroves et les restingas du nord-est de l'Amazonie. Nous visons également à identifier des espèces indicatrices ou des groupes fonctionnels associés à leurs conditions pédologiques spécifiques, afin de soutenir les projets de conservation et de réhabilitation. L'analyse de la diversité fongique nous permettra de comprendre les aspects qui contribuent au maintien, à la tolérance et même à la résilience des mangroves et des restingas face aux changements environnementaux émergents.

Le nord-est de l'Inde est situé au confluent des domaines biogéographiques indo-malaisien, indochinois et indien, ce qui explique que la région abrite une culture riche et diversifiée, ainsi qu'une biodiversité et un endémisme élevés. Les types de végétation de la région vont de la forêt tropicale humide des contreforts aux prairies alpines et aux déserts froids, ce qui représente plus d'un tiers de la biodiversité totale du pays. La région est une partie importante du hotspot de biodiversité Indo-Myanmar, l'un des 12 méga hotspots de biodiversité du monde, et représente 50 % de la biodiversité indienne. Sept États montagneux, dont l'Arunachal Pradesh, le Manipur, le Meghalaya, le Mizoram, le Nagaland, le Sikkim et le Tripura, sont collectivement désignés sous le nom de région des collines du Nord-Est (North Eastern Hill Region - NEHR). Elle est située entre 21°58' et 29°30' de latitude nord et 88°58' et 97°30' de longitude est et s'étend sur une superficie de 1 83 741 km2. Le climat de la région varie du type tropical au type alpin, avec une très forte variation des précipitations. Les champignons MA sont des symbiotes obligatoires, dont la population et la diversité peuvent être déterminées par les espèces végétales présentes dans un écosystème donné. Le terrain vallonné du NEH est entrecoupé de vallées et de plaines ; l'altitude varie de presque le niveau de la mer à plus de 7 000 mètres au-dessus du niveau de la mer. Le changement d'altitude et de climat a permis à la végétation et aux forêts de se répartir en six grandes catégories : tropicale, subtropicale, tempérée, montagnarde, subalpine et alpine. La diversité floristique en surface a un impact sur le microbiome souterrain, en particulier sur les AMF. Les informations sur la distribution et la fréquence d'apparition de champignons AM spécifiques dans la biosphère Indo Myanmar de la région NEH sont très rares. Nous émettons donc l'hypothèse d'étudier l'abondance et la diversité des champignons AMF à travers les gradients de la biosphère de l'Indo Myanmar du NEH à la lumière des changements d'altitude et des variations climatiques en mode interactif et intra-actif avec la macroflore et la microflore indigènes, respectivement.

Les types d'utilisation des sols influencent la diversité des champignons mycorhiziens. Notre projet vise à échantillonner la diversité mycorhizienne dans trois types d'utilisation des terres (réserve forestière naturelle, plantation d'arbres et prairie de pâturage) dans les forêts des Hautes Terres du Cameroun. La région se compose de forêts mixtes et de prairies de savane présentant certains des niveaux d'endémisme les plus élevés des Hautes Terres de l'Ouest. Cette zone est un point chaud de biodiversité d'importance mondiale qui abrite une grande diversité d'espèces animales et végétales, un grand nombre d'entre elles ayant une aire de répartition restreinte, et dont beaucoup sont menacées ou en danger critique d'extinction. Les habitats naturels sont envahis et se réduisent. La recherche sur la diversité des champignons dans cette région est limitée et les études sont peu nombreuses. Avec notre équipe, composée d'écologistes paysagistes, d'experts en mycologie, de chercheurs postdoctoraux, d'étudiants en doctorat et en maîtrise, ainsi que de membres de la communauté locale, nous effectuerons un échantillonnage sur le terrain conformément au protocole standardisé SPUN. Au total, 30 échantillons de sol et 20 corps fructifères ectomycorhiziens seront prélevés dans trois types d'utilisation des sols. La région ITS de l'ADN et la technique de séquençage à haut débit de l'Illumina MiSeq metabarcoding sur la région ITS2 du ribosome nucléaire seront effectuées. L'échantillonnage sur le terrain et les résultats seront discutés avec les communautés locales et les groupes de conservation afin de renforcer la conservation des sols sur les hauts plateaux de Bamenda, et les communautés en apprendront davantage sur l'importance des mycorhizes en général. Les données scientifiques seront donc partagées avec les communautés des hauts plateaux de Bamenda pour parler plus fort de l'importance des réseaux mycorhiziens. Ce projet ajoutera des données cruciales à la carte de la diversité fongique au Cameroun, en ciblant les différents types d'utilisation des terres où les champignons souterrains n'ont jusqu'à présent jamais été explorés. Les données obtenues grâce à cette étude permettront non seulement de comprendre comment les différents types d'utilisation des sols influencent la diversité mycorhizienne, mais aussi de contribuer à la conservation et à la gestion de ces écosystèmes, favorisant ainsi la résilience écologique. Les résultats fourniront des informations utiles sur les composants fongiques clés qui pourront être exploités comme indicateurs dans une perspective de gestion durable des écosystèmes.

La Selva Paranaense abrite toute la forêt atlantique d'Argentine, l'une des plus grandes forêts vierges du monde. La Selva Paranaense abrite 52 % de la biodiversité argentine, avec plus de 150 espèces de mammifères, 564 espèces d'oiseaux, 260 espèces de poissons d'eau douce, 116 espèces de reptiles, 68 espèces d'amphibiens et des milliers d'espèces de plantes et de champignons. En raison des niveaux élevés de diversité biologique et de ses nombreuses espèces endémiques, elle est classée comme un point chaud de la biodiversité mondiale. La forêt de Paranaense est gravement menacée par la déforestation due à l'expansion de l'agriculture et par l'invasion d'espèces introduites et envahissantes. Au cours des 120 dernières années, 95 % de la forêt indigène a disparu, ce qui a gravement affecté la flore et la faune de la région. Il convient de noter qu'un grand nombre d'espèces végétales n'ont pas encore fait l'objet d'une classification complète. Le pendant de l'énorme diversité végétale reste à découvrir : les champignons mycorhiziens à arbuscules. Ces acteurs essentiels de la nature n'ont pas été étudiés jusqu'à présent dans les réserves nationales et provinciales cruciales. Grâce à SPUN, nous dévoilerons les réseaux souterrains des champignons mycorhiziens dans ces reliques inestimables.

Sulawesi est une île située entre deux fosses océaniques qui séparent les plateaux continentaux asiatique et australien. En raison de son isolement géographique et de sa géologie extraordinaire, Sulawesi a développé une flore et une faune très particulières, devenant un point chaud d'espèces endémiques (Whitten et al., 2002, Middleton et al 2019, Butarbutar et al., 2022). Deux écorégions distinctes peuvent être trouvées à Sulawesi : la forêt pluviale de plaine (LRF) et la forêt pluviale de montagne. Pour notre campagne d'échantillonnage, nous avons identifié un site pour sa concentration unique d'espèces endémiques et menacées : Le parc national de Rawa Aopa Watumohai (dans la LRF, au sud-est de Sulawesi). Le parc présente des forêts de mangroves, des forêts côtières, des savanes et des forêts marécageuses d'eau douce, qui sont notre principal objectif pour cette recherche. Nous collecterons des échantillons de sol, de végétation et de champignons. L'ADN sera extrait des échantillons de sol et les régions ITS, SSU et ARNr 16S seront amplifiées et séquencées avec le MinION d'Oxford Nanopore Technology (ONT). Nous pensons que la diversité remarquable de la flore et de la faune se reflète dans la communauté microbienne souterraine des forêts marécageuses de Sulawesi et que des taxons non découverts peuvent être trouvés dans les sites forestiers vierges. Des étudiants et des chercheurs de l'université de Tadulako, de l'université IPB et de la Fondation indonésienne pour les plantes indigènes collaboreront à ce projet.

Les interactions plantes-fongiques, telles que la symbiose mycorhizienne, sont des déterminants majeurs de la taille de l'aire de répartition biogéographique des plantes, de la dynamique des populations et de la composition des communautés végétales. Dans les écosystèmes forestiers tropicaux des îles océaniques, les communautés végétales indigènes et endémiques ont tendance à être remplacées par des communautés végétales introduites et invasives, ce qui entraîne des changements importants dans l'étage supérieur, le sous-étage et le sol forestier. Cependant, dans ces régions du monde, l'impact des invasions biologiques sur la biodiversité fongique du sol est peu documenté. Dans ce projet, nous proposons (1) de réaliser un inventaire moléculaire des champignons du sol dans les forêts humides de Mo'orea, une des îles hautes de la Polynésie française et (2) d'évaluer l'impact des plantes envahissantes Miconia calvescens et Spathodea campanulata sur ces communautés fongiques.

L'inventaire taxonomique des espèces fongiques sera basé sur des techniques de séquençage à haut débit de l'ADN ribosomal (métabarcoding). Il sera réalisé sur de l'ADN extrait des sols de la forêt pluviale de haute altitude dite " forêt nuageuse " et dans la forêt mésophile de basse altitude sur un site expérimental classé zone naturelle d'intérêt écologique et patrimonial (ENIEP d'Opunohu). Une meilleure connaissance des communautés fongiques dans les sols forestiers et les racines des arbres endémiques devrait nous informer sur les effets des communautés microbiennes fongiques sur la vulnérabilité et la résilience des forêts tropicales humides aux invasions végétales, dans un contexte de changement climatique.

Les falaises sont des environnements extrêmes qui abritent des communautés végétales uniques et diversifiées, dotées d'une grande capacité d'adaptation à leurs conditions particulièrement difficiles. Les falaises abritent des espèces végétales spécialisées, dont beaucoup sont endémiques et menacées. Les interactions mutualistes avec les champignons mycorhiziens peuvent favoriser leur adaptation, car ils peuvent aider les plantes à atténuer le stress biotique ou à acquérir efficacement les nutriments de l'eau. En outre, compte tenu de la sélectivité spécifique potentielle des champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) pour les plantes hôtes des falaises, la communauté mycorhizienne des falaises pourrait être unique. Toutefois, ces questions restent largement inexplorées. Une compréhension approfondie du microbiote des falaises et de ses interactions distinctives et spécifiques avec les plantes des falaises est essentielle pour comprendre ce système inexploré. Compte tenu de tous ces éléments, nous émettons l'hypothèse suivante : H1.-Les plantes spécialistes des falaises possèdent des communautés mycorhiziennes spécifiques qui favorisent leur adaptation à l'environnement des falaises. H2 - Les espèces généralistes habitant les falaises forment des symbioses mycorhiziennes différentes de celles des mêmes espèces poussant sur une strate horizontale à proximité de la falaise.

Les forêts tropicales de montagne des Andes sont des hauts lieux d'espèces végétales endémiques et fournissent un certain nombre de services écosystémiques en termes de biodiversité, d'eau et de piégeage du carbone. Les écosystèmes andins des forêts de montagne supérieures ont été habités depuis la préhistoire pour le pâturage et les activités agricoles des anciennes civilisations. Cependant, les activités anthropiques ont augmenté pour perpétrer l'exploitation minière illégale et les nouvelles frontières des terres cultivées, et les épisodes de sécheresse de longue durée causés par le changement climatique augmentent l'inflammabilité des lignes d'arbres en cas d'incendie. Cette étude remet en question la compréhension de la diversité du microbiote du sol dans les écosystèmes de forêts montagnardes et de prairies non perturbées et perturbées le long du flanc oriental des Andes péruviennes du sud-est. Les principales hypothèses de cette recherche ouvrent la voie à une meilleure compréhension du fait que la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules diminue de la forêt de nuages montagnarde aux écosystèmes de prairies de la puna, ce qui sera lié au pâturage, aux incendies, aux facteurs abiotiques et à la diversité des plantes, et dans quelle mesure ces schémas sont déterminés par la disponibilité des nutriments dans le sol. Nos résultats seront mis en relation avec des mycologues nationaux et internationaux afin d'élargir et de trouver de nouvelles frontières de connaissances sur le biote souterrain du sol dans les régions tropicales. Ce projet est ouvert à la collaboration avec d'autres projets afin de comprendre le fonctionnement de l'écosystème forestier.

L'idée de notre projet au sein du SPUN est de fournir des preuves de la biodiversité du mycobiome racinaire autour des arbres monumentaux qui forment l'épine dorsale de la réserve de biosphère des Carpates orientales. Des ONG polonaises nous ont fourni les coordonnées GPS de 3675 "arbres monumentaux" qui devraient être considérés comme les "points chauds" de la région, mais qui sont toujours exploités à un rythme alarmant.

Nous avons l'intention de soutenir l'initiative visant à inclure ces sites inestimables dans le parc national de Bieszczady. Par conséquent, nous voulons partager les données scientifiques avec les communautés activistes et artistiques en Pologne afin de parler plus fort de l'importance des réseaux mycorhiziens forestiers.