Lorsque les habitats sont détruits, la structure de la communauté fongique est considérablement modifiée en raison (i) des changements dans le microclimat local, (ii) de la perte de partenaires végétaux et (iii) de l'augmentation massive de l'érosion du sol. Le rétablissement des dommages peut prendre des décennies. La disparition des prairies et des forêts est particulièrement préoccupante. Les prairies contiennent 20 à 30 % du carbone du sol dans le monde, en grande partie grâce à des milliers de milliards de kilomètres de réseaux fongiques qui attirent activement le carbone dans les couches profondes du sol sous les racines des herbes. Mais la dégradation des prairies est généralisée et s'accélère. Les réseaux sous les forêts sont également en train de disparaître : l'exploitation forestière est associée à des diminutions massives de la diversité fongique, dont le rétablissement peut prendre plus de 50 ans.

L'agriculture industrielle repose sur le travail du sol et sur d'énormes apports d'engrais, de pesticides et de fongicides - autant de facteurs qui diminuent l'abondance, l'efficacité et la diversité des réseaux fongiques mycorhiziens. Une étude récente a révélé que l'abondance des réseaux fongiques était plus élevée dans les champs gérés biologiquement et que les communautés fongiques étaient également beaucoup plus complexes : vingt-sept espèces de champignons ont été identifiées comme hautement connectées, ou "espèces clés", contre aucune dans les champs gérés conventionnellement. Le travail du sol fréquent et agressif perturbe les communautés fongiques, entraînant des diminutions significatives de la biomasse et de la diversité par rapport aux systèmes sans travail du sol. L'application de fongicides nuit encore plus aux réseaux fongiques, réduisant de plus de 40 % l'absorption du phosphore dans les terres cultivées. Les effets négatifs des pratiques agricoles se répercutent bien au-delà des champs des agriculteurs. Une vaste étude publiée en 2018 a suggéré que la "détérioration alarmante" de la santé des arbres à travers l'Europe était due à une perturbation de leurs relations mycorhiziennes, provoquée par la pollution azotée.

Les incendies de forêt et autres phénomènes météorologiques extrêmes deviennent plus intenses et plus fréquents. Les incendies graves sont particulièrement destructeurs pour les organismes du sol comme les champignons. Après un incendie, il faut parfois plus d'une décennie pour que les micro-organismes du sol retrouvent les niveaux d'avant l'incendie. Les réseaux fongiques sont plus vulnérables aux incendies que les autres biotes du sol et subissent des réductions massives de leur diversité. Ces changements dans la composition des communautés fongiques peuvent altérer la structure des communautés végétales et avoir des effets en cascade sur les niveaux trophiques, diminuant la richesse des mangeurs de champignons, tels que les arthropodes, dans les forêts et les prairies. Les réseaux mycorhiziens dans les forêts deviennent encore plus importants avec l'augmentation des températures en raison de leur capacité à fournir de l'eau aux plantes hôtes. Les champignons mycorhiziens peuvent aider les plantes à résister à une sécheresse extrême.