La cartographie de la biodiversité vise à cartographier la répartition des espèces végétales, fongiques et animales dans une zone donnée. L'objectif est d'enregistrer la distribution des espèces et la dynamique spatiale de la diversité biologique et des habitats. Parce que la planète est en crise de biodiversité, l'approche du SPUN est de comparer la biodiversité afin de comprendre les changements dans le temps causés par des facteurs tels que l'expansion agricole et l'urbanisation. Il s'agit là d'un élément central de la mission du SPUN : cartographier et protéger les réseaux fongiques qui régulent le climat et les écosystèmes de la planète.